Giải trình tự khuếch đại 16S/18S/ITS - NGS
Tính năng dịch vụ
● Nền tảng giải trình tự: Illumina NovaSeq.
● Khuếch đại các vùng ngắn của 16S, 18S và ITS, cùng với các mục tiêu khuếch đại khác.
● Lựa chọn linh hoạt về đoạn khuếch đại.
● Kinh nghiệm làm việc trong các dự án trước đây với nhiều mục tiêu khuếch đại khác nhau.
Ưu điểm dịch vụ
●Không cần cách ly:Xác định nhanh thành phần vi sinh vật trong các mẫu môi trường.
●Độ phân giải cao: Có trong các thành phần có nồng độ thấp trong các mẫu môi trường.
●Ứng dụng rộng rãiNghiên cứu đa dạng về cộng đồng vi sinh vật.
●Phân tích tin sinh học toàn diện: Gói QIIME2 mới nhất (phân tích định lượng về sinh thái vi sinh vật) với nhiều phân tích đa dạng về cơ sở dữ liệu, chú thích, OTU/ASV.
●Kinh nghiệm chuyên môn sâu rộngVới 150 nghìn dự án giải trình tự amplicon được thực hiện hàng năm, BMKGENE mang đến hơn một thập kỷ kinh nghiệm, một đội ngũ phân tích tay nghề cao, nội dung toàn diện và dịch vụ hỗ trợ sau bán hàng xuất sắc.
Thông số kỹ thuật dịch vụ
| Thư viện | Chiến lược sắp xếp trình tự | Dữ liệu được đề xuất |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K thẻ (Cặp đọc) |
Yêu cầu dịch vụ
| Nồng độ (ng/µL) | Tổng lượng (ng) | Thể tích (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Đất/bùn: 1-2g
● Nội dung ruột động vật: 0,5-2g
● Nội dung ruột côn trùng: 0,1-0,25g
● Bề mặt thực vật (lớp trầm tích giàu dinh dưỡng): 0,1-0,5g
● Lượng cặn lắng giàu dịch lên men: 0,1-0,5g
● Phân (động vật lớn): 0,5-2g
● Phân (chuột): 3-5 hạt
● Dịch rửa phế nang phổi: giấy lọc
● Lấy mẫu dịch âm đạo: 5-6 que lấy mẫu
● Mẫu dịch da/sinh dục/nước bọt/mô mềm miệng/họng/trực tràng: 2-3 mẫu
● Vi sinh vật trên bề mặt: giấy lọc
● Thủy vực/không khí/màng sinh học: giấy lọc
● Vi sinh vật nội sinh: 1-2g
● Mảng bám răng: 0,5-1g
Quy trình công việc dịch vụ
Giao hàng mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ hậu mãi
Bao gồm các phân tích sau:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
- Phân cụm OTU / Khử nhiễu (ASV)
- Chú thích OTU
- Phân tích đa dạng alpha: nhiều chỉ số, bao gồm Shannon, Simpson và ACE.
- Phân tích đa dạng beta
- Phân tích giữa các nhóm
- Phân tích tương quan: giữa các yếu tố môi trường và thành phần cũng như sự đa dạng của OUT
- Dự đoán chức năng gen 16S
Biểu đồ phân bố theo hệ thống phân loại
bản đồ nhiệt phân cụm độ phong phú phân loại
Phân tích đa dạng alpha: đường cong suy giảm
Phân tích đa dạng beta: NMDS
Phân tích liên nhóm: Khám phá dấu ấn sinh học LEFSE
Khám phá những tiến bộ đạt được nhờ dịch vụ giải trình tự khuếch đại của BMKGene hợp tác với Illumina thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn kỹ lưỡng.
Dong, C. et al. (2022) 'Sự hình thành, hệ vi sinh vật cốt lõi và chức năng của hệ vi sinh vật đất và vỏ cây vùng rễ ở Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Cấy ghép quần thể vi khuẩn tổng hợp để điều trị viêm âm đạo do vi khuẩn Gardnerella vaginalis gây ra ở chuột', Microbiome, 11(1), trang 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. và Liu, H. (2022) 'Hệ vi sinh vật của bụi không khí được thu thập trong thí nghiệm hỗ trợ sự sống tái tạo sinh học khép kín trên mặt đất “Cung điện Mặt trăng 365”', Hệ vi sinh vật môi trường, 17(1), trang 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. và cộng sự (2022) 'Sự phong phú phụ thuộc vào nguyên liệu đầu vào của các gen chức năng liên quan đến quá trình chuyển hóa nitơ kiểm soát sự mất nitơ trong quá trình ủ phân', Công nghệ Tài nguyên Sinh học, 361, tr. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
