Giải trình tự Amplicon 16S/18S/ITS-NGS
Tính năng dịch vụ
● Nền tảng giải trình tự: Illumina NovaSeq.
● Khuếch đại các vùng ngắn của 16S, 18S và ITS, cùng với các mục tiêu khuếch đại khác.
● Lựa chọn amplicon linh hoạt.
● Kinh nghiệm thực hiện dự án trước đó với nhiều mục tiêu khuếch đại.
Ưu điểm dịch vụ
●Không cô lập:Xác định nhanh thành phần vi khuẩn trong các mẫu môi trường.
●Độ phân giải cao: Trong các thành phần có hàm lượng thấp trong các mẫu môi trường.
●Có thể áp dụng rộng rãi: Nghiên cứu về cộng đồng vi sinh vật đa dạng.
●Phân tích tin sinh học toàn diện: Gói QIIME2 mới nhất (phân tích định lượng về sinh thái vi sinh vật) với nhiều phân tích đa dạng về cơ sở dữ liệu, chú thích, OTU/ASV.
●Chuyên môn sâu rộng:Với 150 nghìn dự án giải trình tự amplicon được tiến hành hàng năm, BMKGENE mang đến hơn một thập kỷ kinh nghiệm, một đội ngũ phân tích có tay nghề cao, nội dung toàn diện và dịch vụ hỗ trợ sau bán hàng tuyệt vời.
Thông số kỹ thuật dịch vụ
| Thư viện | Chiến lược giải trình tự | Dữ liệu được đề xuất |
| Amplicon | Illumina PE250 | Thẻ 50/100/300K (Đọc cặp) |
Yêu cầu dịch vụ
| Nồng độ (ng/µL) | Tổng số tiền (ng) | Thể tích (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Đất/bùn: 1-2g
● Hàm lượng đường ruột - động vật: 0,5-2g
● Nội dung ruột-côn trùng: 0,1-0,25g
● Bề mặt thực vật (bùn giàu): 0,1-0,5g
● Nước dùng lên men làm giàu cặn): 0,1-0,5g
● Phân (động vật lớn): 0,5-2g
● Phân (chuột): 3-5 hạt
● Dịch rửa phế nang phổi: giấy lọc
● Tăm bông âm đạo: 5-6 tăm bông
● Lấy mẫu da/sinh dục/nước bọt/mô mềm miệng/hầu họng/trực tràng: 2-3 mẫu
● Vi sinh vật bề mặt: giấy lọc
● Nước/không khí/màng sinh học: giấy lọc
● Nội sinh: 1-2g
● Mảng bám răng: 0,5-1g
Quy trình làm việc của dịch vụ
Giao hàng mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Bao gồm các phân tích sau:
- Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
- Phân cụm OTU / Khử nhiễu (ASV)
- Chú thích OTU
- Phân tích đa dạng Alpha: nhiều chỉ số, bao gồm Shannon, Simpson và ACE.
- Phân tích đa dạng Beta
- Phân tích liên nhóm
- Phân tích tương quan: giữa các yếu tố môi trường và thành phần và tính đa dạng của OUT
- Dự đoán gen chức năng 16S
Biểu đồ phân bố phân loại
bản đồ nhiệt phân cụm phong phú phân loại
Phân tích đa dạng Alpha: đường cong thưa thớt
phân tích đa dạng beta: NMDS
Phân tích liên nhóm: Khám phá dấu ấn sinh học LEFSE
Khám phá những tiến bộ được tạo điều kiện thuận lợi bởi dịch vụ giải trình tự amplicon của BMKGene với Illumina thông qua bộ sưu tập ấn phẩm được tuyển chọn kỹ lưỡng.
Dong, C. et al. (2022) 'Cấu trúc, hệ vi sinh vật cốt lõi và chức năng của hệ vi sinh vật đất và vỏ cây rễ ở Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. et al. (2023) 'Cấy ghép nhóm vi khuẩn tổng hợp để điều trị viêm âm đạo do vi khuẩn Gardnerella vaginalis gây ra ở chuột', Microbiome, 11(1), trang 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. và Liu, H. (2022) 'Vi sinh vật của bụi không khí thu thập được trong quá trình thí nghiệm hỗ trợ sự sống tái tạo sinh học khép kín trên mặt đất “Lunar Palace 365”', Vi sinh vật môi trường, 17(1), trang 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Sự phong phú của các gen chức năng liên quan đến quá trình chuyển đổi nitơ phụ thuộc vào nguyên liệu đầu vào đã kiểm soát sự mất nitơ trong quá trình ủ phân', Công nghệ tài nguyên sinh học, 361, tr. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
