Bộ gen vi khuẩn De novo
Chúng tôi cung cấp dịch vụ lắp ráp bộ gen vi khuẩn hoàn chỉnh, đảm bảo không có khoảng trống nào. Điều này có thể thực hiện được bằng cách tích hợp các công nghệ giải trình tự đọc dài, chẳng hạn như Nanopore và PacBio để lắp ráp, và giải trình tự đọc ngắn với Illumina để xác thực quá trình lắp ráp và sửa lỗi các đoạn đọc ONT. Dịch vụ của chúng tôi cung cấp quy trình tin sinh học hoàn chỉnh từ lắp ráp, chú thích chức năng và phân tích tin sinh học nâng cao, đáp ứng các mục tiêu nghiên cứu cụ thể. Dịch vụ này cho phép phát triển các bộ gen tham chiếu chính xác cho nhiều nghiên cứu di truyền và hệ gen khác nhau. Ngoài ra, nó tạo nền tảng cho các ứng dụng như tối ưu hóa chủng, kỹ thuật di truyền và phát triển công nghệ vi sinh, đảm bảo dữ liệu hệ gen đáng tin cậy và không có khoảng trống, rất quan trọng để thúc đẩy hiểu biết khoa học và đổi mới công nghệ sinh học.
Tính năng dịch vụ
● Có hai tùy chọn để lựa chọn tùy thuộc vào mức độ hoàn chỉnh bộ gen mong muốn.
● Phương án giải trình tự bộ gen: Giải trình tự đoạn ngắn bằng máy Illumina NovaSeq PE150.
● Bộ gen hoàn chỉnh không có khoảng trống.
● Giải trình tự chuỗi dài trên máy Nanopore PromethION 48 hoặc PacBio Revio để lắp ráp bộ gen.
● Giải trình tự đoạn ngắn trên Illumina NovaSeq để xác thực bộ gen và sửa lỗi (Nanopore) hoặc để tạo bản thảo bộ gen.
Ưu điểm dịch vụ
●Đảm bảo bộ gen không có khoảng trốngĐiều này là do sự tích hợp giữa công nghệ giải trình tự Illumina với công nghệ giải trình tự đọc dài (Nanopore hoặc PacBio).
●Quy trình tin sinh học hoàn chỉnh:Điều này bao gồm việc lắp ráp bộ gen và dự đoán nhiều yếu tố bộ gen, chú thích chức năng gen và trực quan hóa bộ gen như biểu đồ Circos.
●Kinh nghiệm chuyên môn sâu rộngVới hơn 20.000 bộ gen vi sinh vật được tập hợp, BMKGENE mang đến hơn một thập kỷ kinh nghiệm, một đội ngũ phân tích tay nghề cao, nội dung toàn diện và dịch vụ hỗ trợ sau bán hàng xuất sắc.
●Hỗ trợ sau bán hàng:Cam kết của chúng tôi không chỉ dừng lại ở việc hoàn thành dự án mà còn kéo dài đến 3 tháng sau khi dự án kết thúc. Trong thời gian này, chúng tôi sẽ theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và tổ chức các buổi hỏi đáp để giải đáp mọi thắc mắc liên quan đến kết quả.
●Có nhiều chiến lược sắp xếp trình tự khác nhau:Phù hợp với các mục tiêu nghiên cứu và yêu cầu khác nhau về độ hoàn chỉnh của bộ gen.
Thông số kỹ thuật dịch vụ
| Dịch vụ | Chiến lược sắp xếp trình tự |
| Bản thảo bộ gen | Illumina PE150 100x |
| 0 Khoảng trống bộ gen | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (tùy chọn) |
Ví dụ về các yêu cầu:
| Nồng độ (ng/µL) | Tổng lượng (µg) | Thể tích (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| Lỗ nano | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
• Vi khuẩn: ≥3,5x1010 tế bào
Quy trình công việc dịch vụ
Giao hàng mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ hậu mãi
Bao gồm các phân tích sau:
● Kiểm soát chất lượng dữ liệu trình tự
● Lắp ráp bộ gen
● Phân tích thành phần bộ gen: Dự đoán CDS và nhiều yếu tố bộ gen khác
● Chú thích chức năng với nhiều cơ sở dữ liệu tổng quát (GO, KEGG, v.v.) và cơ sở dữ liệu nâng cao (CARD, VFDB, v.v.)
● Trực quan hóa bộ gen
Chúng tôi cung cấp bộ gen ở định dạng fasta dễ truy cập và tệp chú thích bộ gen (gff).
Chú thích gen – GO
Chú thích gen – Carbohydrate CAZY
Hình ảnh trực quan hóa bộ gen – Biểu đồ Circos
Khám phá những tiến bộ đạt được nhờ dịch vụ lắp ráp bộ gen vi khuẩn của BMKGene thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn kỹ lưỡng.
Dai, W. et al. (2023) 'Phát hiện Bacteroides uniformis F18-22 như một loại vi khuẩn probiotic an toàn và mới để điều trị viêm loét đại tràng từ đại tràng người khỏe mạnh',Tạp chí Khoa học Phân tử Quốc tế, 24(19), tr. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. và cộng sự (2021) 'Các chủng Proteus mirabilis kháng đa thuốc mang gen blaOXA-1 và blaNDM-1 phân lập từ động vật hoang dã ở Trung Quốc: nguy cơ ngày càng tăng đối với sức khỏe cộng đồng',Động vật học tích hợp, 16(6), trang 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT và cộng sự (2017) 'Trình tự bộ gen hoàn chỉnh của vi khuẩn nội sinh Bacillus flexus KLBMP 4941 hé lộ cơ chế thúc đẩy tăng trưởng thực vật và cơ sở di truyền về khả năng chịu mặn',Tạp chí Công nghệ sinh học, 260, trang 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. và cộng sự (2021) 'Các plasmid kháng thuốc đa bản sao của Klebsiella làm trung gian cho sự lan truyền rộng rãi các gen kháng khuẩn',Những tiến bộ trong vi sinh học, 12, tr. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
