Phân tích phân tách hàng loạt
Ưu điểm dịch vụ
Takagi và cộng sự, Tạp chí thực vật, 2013
● Bản địa hóa chính xác: Trộn số lượng lớn với 30+30 đến 200+200 cá thể để giảm thiểu tiếng ồn xung quanh;dự đoán khu vực ứng cử viên dựa trên đột biến không đồng nghĩa.
● Phân tích toàn diện: Chú thích chức năng gen ứng cử viên chuyên sâu, bao gồm NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, v.v.
● Thời gian xử lý nhanh hơn: Định vị gen nhanh chóng trong vòng 45 ngày làm việc.
● Kinh nghiệm sâu rộng: BMK đã góp phần nội địa hóa hàng nghìn đặc điểm, bao gồm nhiều loài đa dạng như cây trồng, thủy sản, rừng, hoa, quả, v.v.
Thông số dịch vụ
Dân số:
Sự phân chia con cái của bố mẹ có kiểu hình trái ngược nhau.
ví dụ: thế hệ F2, lai chéo (BC), dòng cận huyết tái tổ hợp (RIL)
Bể trộn
Đối với đặc điểm định tính: 30 đến 50 cá thể (tối thiểu 20)/số lượng lớn
Đối với các đặc điểm định lượng: 5% đến 10% cá thể hàng đầu có kiểu hình cực đoan trong toàn bộ quần thể (tối thiểu 30+30).
Độ sâu trình tự được đề xuất
Ít nhất 20X/cá thể bố mẹ và 1X/cá thể con cái (ví dụ: đối với nhóm trộn con cái gồm 30+30 cá thể, độ sâu trình tự sẽ là 30X mỗi số lượng lớn)
Phân tích tin sinh học
● Sắp xếp lại toàn bộ bộ gen
● Xử lý dữ liệu
● Gọi SNP/Indel
● Sàng lọc khu vực ứng viên
● Chú thích chức năng gen ứng cử viên
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
Nucleotide:
| mẫu gDNA | Mẫu mô |
| Nồng độ: ≥30 ng/μl | Thực vật: 1-2 g |
| Số lượng: ≥2 μg (Thể tích ≥15 μl) | Động vật: 0,5-1 g |
| Độ tinh khiết: OD260/280= 1,6-2,5 | Máu toàn phần: 1,5 ml |
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Phân phối mẫu
Chiết xuất RNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
1. Phân tích liên kết dựa trên Khoảng cách Euclide (ED) để xác định khu vực ứng cử viên.Trong hình sau
Trục X: Số lượng nhiễm sắc thể;Mỗi dấu chấm đại diện cho một giá trị ED của SNP.Đường màu đen tương ứng với giá trị ED được trang bị.Giá trị ED cao hơn cho thấy mối liên quan có ý nghĩa hơn giữa vị trí và kiểu hình.Đường gạch ngang màu đỏ biểu thị ngưỡng liên kết quan trọng.
2. Phân tích liên kết không dựa trên chỉ số SNP
Trục X: Số lượng nhiễm sắc thể;Mỗi dấu chấm đại diện cho giá trị chỉ số SNP.Đường màu đen tượng trưng cho giá trị chỉ số SNP được trang bị.Giá trị càng lớn thì mối liên hệ càng có ý nghĩa.
Vỏ BMK
Locus đặc điểm định lượng có tác động chính Fnl7.1 mã hóa protein dồi dào tạo phôi muộn liên quan đến chiều dài cổ quả ở dưa chuột
Được phát hành: Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật, 2020
Chiến lược tuần tự:
Cha mẹ (Jin5-508, YN): Sắp xếp lại toàn bộ bộ gen cho 34× và 20×.
Nhóm DNA (50 cổ dài và 50 cổ ngắn): Sắp xếp lại trình tự cho 61× và 52×
Kết quả chính
Trong nghiên cứu này, quần thể phân ly (F2 và F2:3) được tạo ra bằng cách lai dòng dưa chuột cổ dài Jin5-508 và dưa chuột cổ ngắn YN.Hai nhóm DNA được xây dựng bởi 50 cá thể cực dài và 50 cá thể cực ngắn.QTL có tác dụng chính được xác định trên Chr07 bằng phân tích BSA và ánh xạ QTL truyền thống.Vùng ứng cử viên được thu hẹp hơn nữa bằng các thí nghiệm lập bản đồ tinh vi, định lượng biểu hiện gen và chuyển gen, cho thấy gen chủ chốt trong việc kiểm soát chiều dài cổ, CsFnl7.1.Ngoài ra, tính đa hình trong vùng quảng bá CsFnl7.1 được phát hiện có liên quan đến biểu hiện tương ứng.Phân tích phát sinh gen sâu hơn cho thấy locus Fnl7.1 rất có thể có nguồn gốc từ Ấn Độ.
 Lập bản đồ QTL trong phân tích BSA để xác định vùng ứng cử viên liên quan đến chiều dài cổ dưa chuột |  Hồ sơ LOD của QTL dài cổ dưa chuột được xác định trên Chr07 |
Xu, X., và cộng sự.“Locus đặc điểm định lượng có tác động chính Fnl7.1 mã hóa một loại protein dồi dào trong quá trình tạo phôi muộn liên quan đến chiều dài cổ quả ở dưa chuột.”Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật 18.7(2020).
