Phân tích liên kết toàn bộ bộ gen
Quy trình làm việc
Ưu điểm dịch vụ
●Kinh nghiệm chuyên môn sâu rộng và thành tích xuất bản đáng kểVới kinh nghiệm tích lũy trong lĩnh vực GWAS, BMKGene đã hoàn thành hàng trăm dự án nghiên cứu GWAS quần thể trên nhiều loài, hỗ trợ các nhà nghiên cứu công bố hơn 100 bài báo, và hệ số ảnh hưởng tích lũy đạt 500.
● Phân tích tin sinh học toàn diệnQuy trình này bao gồm phân tích liên kết SNP-đặc điểm, cung cấp một tập hợp các gen ứng cử viên và chú thích chức năng tương ứng của chúng.
●Đội ngũ tin sinh học có trình độ cao và chu kỳ phân tích ngắn.Với kinh nghiệm dày dặn trong phân tích gen học tiên tiến, đội ngũ của BMKGene cung cấp các phân tích toàn diện với thời gian hoàn thành nhanh chóng.
●Hỗ trợ sau bán hàng:Cam kết của chúng tôi không chỉ dừng lại ở việc hoàn thành dự án mà còn kéo dài đến 3 tháng sau khi dự án kết thúc. Trong thời gian này, chúng tôi sẽ theo dõi dự án, hỗ trợ khắc phục sự cố và tổ chức các buổi hỏi đáp để giải đáp mọi thắc mắc liên quan đến kết quả.
Thông số kỹ thuật và yêu cầu dịch vụ
| Loại trình tự | Quy mô dân số được đề xuất | Chiến lược sắp xếp trình tự | Yêu cầu về nucleotide |
| Giải trình tự toàn bộ bộ gen | 200 mẫu | 10 lần | Nồng độ: ≥ 1 ng/ µL Tổng lượng ≥ 30ng Mức độ xuống cấp hoặc ô nhiễm hạn chế hoặc không đáng kể. |
| Đoạn khuếch đại vị trí cụ thể (SLAF) | Độ sâu thẻ: 10x Số lượng thẻ: < 400 Mb: Nên sử dụng WGS. < 1Gb: 100K thẻ 1Gb > 2Gb: 300K thẻ Tối đa 500.000 thẻ | Nồng độ ≥ 5 ng/µL Tổng lượng ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1.6-2.5 Gel agarose: không bị phân hủy hoặc nhiễm bẩn ở mức độ hạn chế.
|
Lựa chọn vật liệu
Các giống khác nhau, phân loài, giống địa phương/ngân hàng gen/các dòng lai/nguồn tài nguyên hoang dã.
Các giống, phân loài, giống địa phương khác nhau
Gia đình anh chị em cùng cha khác mẹ/gia đình anh chị em ruột/tài nguyên hoang dã
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Giao hàng mẫu
chiết xuất RNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ hậu mãi
Bao gồm các phân tích sau:
- Phân tích liên kết toàn bộ hệ gen: Mô hình LM, LMM, EMMAX, FASTLMM
- Chú thích chức năng của các gen ứng cử viên
Phân tích liên kết SNP-đặc điểm – Biểu đồ Manhattan
Phân tích liên kết SNP-đặc điểm – Biểu đồ QQ
Khám phá những tiến bộ đạt được nhờ dịch vụ GWAS của BMKGene thông qua bộ sưu tập các ấn phẩm được tuyển chọn:
Lv, L. et al. (2023) 'Hiểu biết về cơ sở di truyền của khả năng chịu đựng amoniac ở loài trai Sinonovacula constricta thông qua nghiên cứu liên kết toàn bộ hệ gen',Nuôi trồng thủy sản, 569, tr. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. và cộng sự (2022) 'Phân tích đaomics của 398 mẫu kê đuôi cáo tiết lộ các vùng gen liên quan đến quá trình thuần hóa, đặc điểm chuyển hóa và tác dụng chống viêm',Thực vật phân tử, 15(8), trang 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. và cộng sự (2022) 'Lập bản đồ liên kết toàn bộ hệ gen của các kiểu hình lúa mạch không vỏ trong môi trường hạn hán',Những tiến bộ trong khoa học thực vật, 13, tr. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GmST1, mã hóa sulfotransferase, mang lại khả năng kháng lại các chủng virus khảm đậu nành G2 và G3',Thực vật, Tế bào & Môi trường, 44(8), trang 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
