Bộ gen dựa trên Hi-C
Ưu điểm dịch vụ
Tổng quan về Hi-C
(Lieberman-Aiden E và cộng sự,Khoa học, 2009)
● Không cần xây dựng quần thể di truyền để neo giữ contig;
● Mật độ điểm đánh dấu cao hơn dẫn đến tỷ lệ neo đường viền cao hơn ở mức trên 90%;
● Cho phép đánh giá và chỉnh sửa các tập hợp bộ gen hiện có;
● Thời gian hoàn thành ngắn hơn với độ chính xác cao hơn trong quá trình lắp ráp bộ gen;
● Kinh nghiệm dồi dào với hơn 1000 thư viện Hi-C được xây dựng cho hơn 500 loài;
● Hơn 100 trường hợp thành công với hệ số tác động tích lũy được công bố trên 760;
● Tập hợp bộ gen dựa trên Hi-C cho bộ gen đa bội, tỷ lệ cố định 100% đã đạt được trong dự án trước đó;
● Bằng sáng chế nội bộ và bản quyền phần mềm cho các thử nghiệm và phân tích dữ liệu Hi-C;
● Phần mềm điều chỉnh dữ liệu trực quan tự phát triển, cho phép di chuyển, đảo ngược, thu hồi và làm lại khối thủ công.
Thông số dịch vụ
|
Loại thư viện
|
Nền tảng | Đọc chiều dài | Đề xuất chiến lược |
| Hi-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Phân tích tin sinh học
● Kiểm soát chất lượng dữ liệu thô
● Kiểm soát chất lượng thư viện Hi-C
● Tập hợp bộ gen dựa trên Hi-C
● Đánh giá sau lắp ráp
Yêu cầu mẫu và giao hàng
Yêu cầu mẫu:
| Động vật | Nấm | Thực vật
|
| Khăn giấy đông lạnh: 1-2g mỗi thư viện Ô: 1x 10^7 ô trên mỗi thư viện | Khăn giấy đông lạnh: 1g mỗi thư viện | Khăn giấy đông lạnh: 1-2g mỗi thư viện
|
| *Chúng tôi thực sự khuyên bạn nên gửi ít nhất 2 phần (mỗi phần 1 g) cho thử nghiệm Hi-C. | ||
Đề xuất giao hàng mẫu
Bình chứa: Ống ly tâm 2 ml (Không nên dùng giấy thiếc)
Đối với hầu hết các mẫu, chúng tôi khuyên bạn không nên bảo quản trong ethanol.
Ghi nhãn mẫu: Mẫu cần phải được dán nhãn rõ ràng và giống với phiếu thông tin mẫu đã gửi.
Vận chuyển: Đá khô: Các mẫu trước tiên cần được đóng gói trong túi và chôn trong đá khô.
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Phân phối mẫu
trích xuất DNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
*Các kết quả demo hiển thị ở đây đều lấy từ bộ gen được xuất bản bằng Biomarker Technologies
1.Bản đồ nhiệt tương tác Hi-C củaCamptotheca acuminatabộ gen.Như được hiển thị trên bản đồ, cường độ tương tác có mối tương quan nghịch với khoảng cách tuyến tính, điều này cho thấy sự tập hợp ở cấp độ nhiễm sắc thể có độ chính xác cao.(Tỷ lệ neo: 96,03%)
Kang M và cộng sự,Truyền thông thiên nhiên, 2021
2.Hi-C tạo điều kiện thuận lợi cho việc xác nhận sự đảo ngược giữaGossypium hirsutumL. TM-1 A06 vàG. arboreumChr06
Yang Z và cộng sự,Truyền thông Thiên nhiên, 2019
3. Lắp ráp và phân biệt song song bộ gen cây sắn SC205.Bản đồ nhiệt Hi-C cho thấy sự phân chia rõ ràng ở các nhiễm sắc thể tương đồng.
Hu W và cộng sự,thực vật phân tử, 2021
4.Bản đồ nhiệt độ Hi-C trên tập hợp bộ gen của hai loài Ficus:F.microcarpa(tỷ lệ neo: 99,3%) vàF.hispida (tỷ lệ neo: 99,7%)
Zhang X và cộng sự,Tế bào, 2020
Vỏ BMK
Bộ gen của cây đa và ong thụ phấn cung cấp cái nhìn sâu sắc về quá trình đồng tiến hóa của ong vò vẽ
Được phát hành: Tế bào, 2020
Chiến lược tuần tự:
F. microcarpa bộ gen: Khoảng.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidabộ gen: Khoảng.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatabộ gen: Khoảng.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Kết quả chính
1. Hai bộ gen của cây đa và một bộ gen của ong bắp cày thụ phấn được xây dựng bằng cách sử dụng trình tự PacBio, Hi-C và bản đồ liên kết.
(1)F. microcarpabộ gen: Một tập hợp 426 Mb (97,7% kích thước bộ gen ước tính) đã được thiết lập với contig N50 là 908 Kb, điểm BUSCO là 95,6%.Tổng cộng có 423 Mb chuỗi được Hi-C gắn vào 13 nhiễm sắc thể.Chú thích bộ gen mang lại 29.416 gen mã hóa protein.
(2)F. Hispidabộ gen: Một tập hợp 360 Mb (97,3% kích thước bộ gen ước tính) đã mang lại hiệu suất với contig N50 là 492 Kb và điểm BUSCO là 97,4%.Tổng cộng có 359 Mb chuỗi được Hi-C neo trên 14 nhiễm sắc thể và rất giống với bản đồ liên kết mật độ cao.
(3)Eupristina verticillatabộ gen: Một tập hợp 387 Mb (Kích thước bộ gen ước tính: 382 Mb) đã được thành lập với contig N50 là 3,1 Mb và điểm BUSCO là 97,7%.
2. Phân tích bộ gen so sánh cho thấy số lượng lớn các biến thể cấu trúc giữa haiFicusbộ gen, cung cấp nguồn gen vô giá cho các nghiên cứu tiến hóa thích nghi.Nghiên cứu này, lần đầu tiên, đã cung cấp những hiểu biết sâu sắc về sự đồng tiến hóa của ong bắp cày ở cấp độ gen.
 Sơ đồ vòng tròn về đặc điểm bộ gen của haiFicusbộ gen, bao gồm nhiễm sắc thể, nhân đôi đoạn (SD), transposon (LTR, TE, DNA TE), biểu hiện gen và tổng hợp |  Xác định nhiễm sắc thể Y và gen ứng cử viên xác định giới tính |
Zhang, X., và cộng sự.“Bộ gen của cây đa và ong thụ phấn cung cấp cái nhìn sâu sắc về sự hợp tác của Fig-Wasp.”Ô 183.4(2020).
