Trình tự dài không mã hóa-Illumina
Ưu điểm dịch vụ
● Ưu điểm của dịch vụ
● Tế bào và mô cụ thể
● Giai đoạn cụ thể thể hiện và thể hiện sự thay đổi biểu thức động
● Các mẫu biểu đạt không gian và thời gian chính xác
● Phân tích chung với dữ liệu mRNA.
● Cung cấp kết quả dựa trên BMKCloud: Khai thác dữ liệu tùy chỉnh có sẵn trên nền tảng.
● Dịch vụ sau bán hàng có giá trị trong 3 tháng sau khi hoàn thành dự án
Yêu cầu mẫu và giao hàng
| Thư viện | Nền tảng | Dữ liệu được đề xuất | Kiểm soát dữ liệu |
| sự suy giảm rRNA | Chiếu sáng PE150 | 10 Gb | Q30 ≥85% |
| Kết quả (ng/μl) | Số lượng (μg) | độ tinh khiết | Chính trực |
| ≥ 100 | ≥ 0,5 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Hạn chế hoặc không có ô nhiễm protein hoặc DNA hiển thị trên gel. | Đối với cây trồng: RIN ≥6,5; Đối với động vật: RIN ≥7,0; 5,0 ≥28S/18S ≥1,0; giới hạn hoặc không có độ cao cơ bản |
Nucleotide:
Khăn giấy: Trọng lượng (khô): ≥1 g
*Đối với mô nhỏ hơn 5 mg, chúng tôi khuyên bạn nên gửi mẫu mô đông lạnh nhanh (trong nitơ lỏng).
Huyền phù tế bào: Số lượng tế bào = 3×107
*Chúng tôi khuyên bạn nên vận chuyển dung dịch ly giải tế bào đông lạnh.Trong trường hợp số ô đó nhỏ hơn 5×105, nên đông lạnh nhanh trong nitơ lỏng.
Mẫu máu:
PA×genBloodRNATube;
6mLTRIzol và 2mL máu(TRizol:Máu=3:1)
Đề xuất giao hàng mẫu
Bình chứa: Ống ly tâm 2 ml (Không nên dùng giấy thiếc)
Ghi nhãn mẫu: Nhóm+sao chép ví dụ A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Lô hàng:
1.Đá khô: Mẫu cần được đóng gói trong túi và chôn trong đá khô.
2.Ống ổn định RNA: Các mẫu RNA có thể được làm khô trong ống ổn định RNA (ví dụ RNAstable®) và vận chuyển ở nhiệt độ phòng.
Quy trình công việc dịch vụ
Thiết kế thí nghiệm
Phân phối mẫu
Chiết xuất RNA
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ sau bán hàng
Tin sinh học
Phân loại 1.LncRNA
LncRNA được dự đoán bởi 4 phần mềm trên được phân thành 4 loại: lincRNA, anti-sense-LncRNA, intronic-LncRNA;giác quan-LncRNA.Phân loại LncRNA được hiển thị trong biểu đồ bên dưới.
Phân loại LncRNA
2. Các gen nhắm mục tiêu Cis của phân tích làm giàu DE-lncRNA
ClusterProfiler được sử dụng trong phân tích làm giàu GO trên các gen nhắm mục tiêu cis của lncRNA được biểu hiện khác nhau (DE-lncRNA), về mặt các quá trình sinh học, chức năng phân tử và các thành phần tế bào.Phân tích làm giàu GO là một quá trình để xác định các thuật ngữ GO được làm giàu đáng kể theo hướng DEG so với toàn bộ bộ gen.Các thuật ngữ phong phú được trình bày dưới dạng biểu đồ, biểu đồ bong bóng, v.v. như dưới đây.
Các gen nhắm mục tiêu cis của phân tích làm giàu DE-lncRNA -Biểu đồ bong bóng
3. Bằng cách so sánh độ dài, số exon, ORF và lượng biểu hiện của mRNA và lncRNA, chúng ta có thể hiểu được sự khác biệt về cấu trúc, trình tự, v.v. giữa chúng, đồng thời xác minh xem lncRNA mới mà chúng ta dự đoán có phù hợp với các đặc điểm chung hay không.
Vỏ BMK
Hồ sơ biểu hiện lncRNA đã được bãi bỏ quy định trong ung thư biểu mô tuyến phổi ở chuột có đột biến KRAS-G12D và loại bỏ P53
Được phát hành:Tạp chí Y học Tế bào và Phân tử,2019
Chiến lược tuần tự
Illumina
Bộ sưu tập mẫu
Các tế bào KP (shRNA-2) phân hủy NONMMUT015812 và các tế bào đối chứng âm tính (sh-Scr) đã thu được vào ngày thứ 6 của một đợt nhiễm virus cụ thể.
Kết quả chính
Nghiên cứu này điều tra các lncRNA được biểu hiện bất thường trong ung thư biểu mô tuyến phổi ở chuột với loại bỏ P53 và đột biến KrasG12D.
1.6424 lncRNA được biểu hiện khác nhau (thay đổi ≥ 2 lần, P <0,05).
2. Trong số tất cả 210 lncRNA (FC ≥8), biểu hiện của 11 lncRNA được điều chỉnh bởi P53, 33 lncRNA bởi KRAS và 13 lncRNA do thiếu oxy trong các tế bào KP chính, tương ứng.
3.NONMMUT015812, được điều chỉnh tăng đáng kể trong ung thư biểu mô tuyến phổi ở chuột và được điều chỉnh âm tính bởi sự biểu hiện lại P53, đã được phát hiện để phân tích chức năng tế bào của nó.
4. Việc loại bỏ NONMMUT015812 bởi shRNA đã làm giảm khả năng tăng sinh và di chuyển của các tế bào KP.NONMMUT015812 là một gen gây ung thư tiềm năng.
 Phân tích con đường KEGG của các gen được biểu hiện khác nhau trong các tế bào KP phân hủy NONMMUT015812 |  Phân tích bản thể gen của các gen được biểu hiện khác nhau trong các tế bào KP phân hủy NONMMUT015812 |
Thẩm quyền giải quyết
Hồ sơ biểu hiện lncRNA đã được bãi bỏ quy định trong ung thư biểu mô tuyến phổi ở chuột có đột biến KRAS-G12D và loại bỏ P53 [J].Tạp chí Y học Tế bào và Phân tử, 2019, 23(10).DOI: 10.1111/jcmm.14584
