-
Trình tự giảm miễn dịch nhiễm sắc thể (ChIP-seq)
ChIP-Seq cung cấp hồ sơ DNA mục tiêu trên toàn bộ bộ gen để sửa đổi histone, các yếu tố phiên mã và các protein liên quan đến DNA khác.Nó kết hợp tính chọn lọc của quá trình kết tủa miễn dịch nhiễm sắc (ChIP) để phục hồi các phức hợp protein-DNA cụ thể, với sức mạnh của giải trình tự thế hệ tiếp theo (NGS) để giải trình tự thông lượng cao của DNA đã phục hồi.Ngoài ra, do phức hợp protein-DNA được thu hồi từ các tế bào sống nên các vị trí gắn kết có thể được so sánh ở các loại tế bào và mô khác nhau hoặc trong các điều kiện khác nhau.Các ứng dụng bao gồm từ điều hòa phiên mã đến con đường phát triển đến cơ chế gây bệnh và hơn thế nữa.
Nền tảng: Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Trình tự metagenomic -NGS
Metagenome đề cập đến một tập hợp tổng số vật liệu di truyền của một cộng đồng sinh vật hỗn hợp, chẳng hạn như metagenome môi trường, metagenome của con người, v.v. Nó chứa bộ gen của cả vi sinh vật có thể trồng trọt và không thể trồng trọt được.Giải trình tự metagenomic là một công cụ phân tử được sử dụng để phân tích các vật liệu gen hỗn hợp được chiết xuất từ các mẫu môi trường, cung cấp thông tin chi tiết về sự đa dạng và phong phú của loài, cấu trúc quần thể, mối quan hệ phát sinh gen, gen chức năng và mạng lưới tương quan với các yếu tố môi trường.
Nền tảng:Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Trình tự Metagenomic-Nanopore
Metagenomics là một công cụ phân tử được sử dụng để phân tích các vật liệu gen hỗn hợp được chiết xuất từ các mẫu môi trường, cung cấp thông tin chi tiết về sự đa dạng và phong phú của loài, cấu trúc quần thể, mối quan hệ phát sinh gen, gen chức năng và mạng lưới tương quan với các yếu tố môi trường, v.v. Nền tảng giải trình tự Nanopore gần đây đã được giới thiệu đến các nghiên cứu về metagenomic.Hiệu suất vượt trội của nó về độ dài đọc đã tăng cường phần lớn khả năng phân tích metagenomic xuôi dòng, đặc biệt là lắp ráp metagenome.Tận dụng lợi thế của nghiên cứu metagenomic dựa trên độ dài đọc, dựa trên Nanopore có thể đạt được sự lắp ráp liên tục hơn so với metagenomics súng bắn.Người ta đã công bố rằng metagenomics dựa trên Nanopore đã tạo thành công bộ gen vi khuẩn hoàn chỉnh và khép kín từ hệ vi sinh vật (Moss, EL, et. al,Công nghệ sinh học tự nhiên, 2020)
Nền tảng:Nanopore PromethION P48
-
Giải trình tự bisulfit toàn bộ bộ gen
Quá trình methyl hóa DNA ở vị trí thứ năm trong cytosine (5-mC) có ảnh hưởng cơ bản đến sự biểu hiện gen và hoạt động của tế bào.Các kiểu methyl hóa bất thường có liên quan đến một số tình trạng và bệnh tật, chẳng hạn như ung thư.WGBS đã trở thành tiêu chuẩn vàng để nghiên cứu quá trình methyl hóa toàn bộ gen ở độ phân giải cơ sở duy nhất.
Nền tảng: Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Xét nghiệm chất nhiễm sắc có thể truy cập bằng Transposease với trình tự thông lượng cao (ATAC-seq)
ATAC-seq là một phương pháp giải trình tự thông lượng cao để phân tích khả năng tiếp cận nhiễm sắc thể trên toàn bộ gen, điều này rất quan trọng để kiểm soát biểu hiện gen toàn cầu.Bộ điều hợp trình tự được chèn vào các vùng nhiễm sắc mở bằng transposease Tn5 siêu hoạt động.Sau khi khuếch đại PCR, một thư viện giải trình tự sẽ được xây dựng.Tất cả các vùng nhiễm sắc mở có thể thu được trong một điều kiện không-thời gian cụ thể, không chỉ giới hạn ở các vị trí liên kết của yếu tố phiên mã hoặc một vùng biến đổi histone nhất định.
-
Trình tự khuếch đại 16S/18S/ITS-PacBio
Tiểu đơn vị trên rRNA 16S và 18S chứa cả vùng có tính bảo tồn cao và vùng siêu biến đổi là dấu vân tay phân tử hoàn hảo để nhận dạng sinh vật nhân sơ và sinh vật nhân chuẩn.Tận dụng khả năng giải trình tự, các bộ khuếch đại này có thể được nhắm mục tiêu dựa trên các phần được bảo tồn và các vùng siêu biến có thể được mô tả đầy đủ để nhận dạng vi sinh vật góp phần vào các nghiên cứu bao gồm phân tích đa dạng vi sinh vật, phân loại, phát sinh loài, v.v. ) trình tự của nền tảng PacBio cho phép thu được số lần đọc dài có độ chính xác cao, có thể bao gồm các bộ khuếch đại có độ dài đầy đủ (khoảng 1,5 Kb).Tầm nhìn mở rộng về lĩnh vực di truyền đã nâng cao đáng kể độ phân giải trong chú thích loài trong cộng đồng vi khuẩn hoặc nấm.
Nền tảng:Phần tiếp theo của PacBio II
-
Trình tự khuếch đại 16S/18S/ITS-NGS
Giải trình tự khuếch đại 16S/18S/ITS nhằm mục đích tiết lộ phát sinh chủng loại, phân loại và sự phong phú của loài trong cộng đồng vi sinh vật bằng cách nghiên cứu các sản phẩm PCR của các dấu hiệu di truyền nội bộ có chứa cả các phần có khả năng trao đổi cao và có thể thay đổi được.Sự ra đời của dấu vân tay phân tử hoàn hảo này của Woeses và cộng sự (1977) đã cho phép lập hồ sơ hệ vi sinh vật không bị cô lập.Trình tự 16S (vi khuẩn), 18S (nấm) và bộ đệm phiên mã nội bộ (ITS, nấm) cho phép xác định cả các loài phong phú cũng như các loài quý hiếm và chưa xác định được.Công nghệ này đã trở thành một công cụ chính và được ứng dụng rộng rãi trong việc xác định thành phần vi sinh vật khác nhau trong các môi trường khác nhau, chẳng hạn như miệng, ruột, phân của con người, v.v..
Nền tảng:Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Tái lập trình tự toàn bộ bộ gen của vi khuẩn và nấm
Việc sắp xếp lại toàn bộ bộ gen của vi khuẩn và nấm là một công cụ quan trọng để hoàn thiện bộ gen của vi khuẩn và nấm đã biết, cũng như để so sánh nhiều bộ gen hoặc lập bản đồ bộ gen của các sinh vật mới.Điều quan trọng là phải giải trình tự toàn bộ bộ gen của vi khuẩn và nấm để tạo ra bộ gen tham chiếu chính xác, thực hiện nhận dạng vi khuẩn và các nghiên cứu bộ gen so sánh khác.
Nền tảng:Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Trình tự khuếch đại PacBio-Độ dài đầy đủ 16S/18S/ITS
Nền tảng Amplicon (16S/18S/ITS) được phát triển với nhiều năm kinh nghiệm trong phân tích dự án đa dạng vi sinh vật, bao gồm phân tích cơ bản được tiêu chuẩn hóa và phân tích được cá nhân hóa: phân tích cơ bản bao gồm nội dung phân tích chính thống của nghiên cứu vi sinh vật hiện tại, nội dung phân tích rất phong phú và toàn diện, và kết quả phân tích được trình bày dưới dạng báo cáo dự án;Nội dung phân tích được cá nhân hóa rất đa dạng.Các mẫu có thể được chọn và các tham số có thể được đặt linh hoạt theo báo cáo phân tích cơ bản và mục đích nghiên cứu để hiện thực hóa các yêu cầu được cá nhân hóa.Hệ điều hành Windows đơn giản và nhanh chóng.
-
PacBio-Bản ghi có độ dài đầy đủ (Không tham khảo)
Lấy dữ liệu giải trình tự Isoform của Pacific Biosciences (PacBio) làm đầu vào, Ứng dụng này có thể xác định các chuỗi bản ghi có độ dài đầy đủ (không cần lắp ráp).Bằng cách ánh xạ các chuỗi có độ dài đầy đủ dựa trên bộ gen tham chiếu, bản phiên mã có thể được tối ưu hóa bởi các gen, bản phiên mã, vùng mã hóa đã biết, v.v. Trong trường hợp này, có thể đạt được việc xác định chính xác hơn các cấu trúc mRNA, chẳng hạn như ghép nối thay thế, v.v..Phân tích chung với dữ liệu giải trình tự phiên mã NGS cho phép chú thích toàn diện hơn và định lượng chính xác hơn trong biểu thức ở cấp độ phiên mã, điều này phần lớn mang lại lợi ích cho phân tích chức năng và biểu thức vi phân ở hạ nguồn.
-
Giảm trình tự bisulfite đại diện (RRBS)
Nghiên cứu methyl hóa DNA luôn là chủ đề nóng trong nghiên cứu bệnh tật và liên quan chặt chẽ đến biểu hiện gen và đặc điểm kiểu hình.RRBS là một phương pháp chính xác, hiệu quả và tiết kiệm cho nghiên cứu methyl hóa DNA.Làm giàu vùng khởi động và vùng đảo CpG bằng cách phân tách enzyme (Msp I), kết hợp với giải trình tự Bisulfite, cung cấp khả năng phát hiện quá trình methyl hóa DNA có độ phân giải cao.
Nền tảng: Nền tảng Illumina NovaSeq
-
Giải trình tự mRNA của prokaryote
giải trình tự mRNA cho phép lập hồ sơ toàn diện về tất cả các bản phiên mã mRNA trong các ô trong các điều kiện cụ thể.Công nghệ tiên tiến này đóng vai trò như một công cụ mạnh mẽ, tiết lộ các cấu hình biểu hiện gen phức tạp, cấu trúc gen và cơ chế phân tử liên quan đến các quá trình sinh học đa dạng.Được áp dụng rộng rãi trong nghiên cứu cơ bản, chẩn đoán lâm sàng và phát triển thuốc, giải trình tự mRNA cung cấp những hiểu biết sâu sắc về sự phức tạp của động lực học tế bào và sự điều hòa di truyền.Quá trình xử lý mẫu mRNA của sinh vật nhân sơ của chúng tôi được thiết kế riêng cho các bản phiên mã của sinh vật nhân sơ, liên quan đến sự suy giảm rRNA và chuẩn bị thư viện định hướng.
Nền tảng: Illumina NovaSeq X
