Giải trình tự RNA nhân sơ
Thông số dịch vụ
Nền tảng: Nền tảng Illumina NovaSeq, PE150
Loại thư viện: Thư viện cDNA chèn 350bp (phụ thuộc vào phân phối đỉnh)
Chiến lược giải trình tự: Kết thúc theo cặp 150 bp
Lượng dữ liệu đề xuất: 2 Gb dữ liệu thô/mẫu
Tin sinh học
(1) Kiểm soát chất lượng dữ liệu tuần tự: Phân phối nucleotide, Phân phối chất lượng cơ sở, đánh giá tỷ lệ rRNA;
(2) Phân tích căn chỉnh trình tự: Thống kê kết quả căn chỉnh, Độ bão hòa của trình tự, Phạm vi của trình tự;
(3) Chú thích bộ gen tham chiếu (NR, Swiss-Prot, Pfam, COG, GO, KEGG);
(4) Phân tích biểu thức: Phân phối biểu thức (Với hai mẫu trở lên), Phân tích biểu thức giữa các mẫu (phân tích Venn, phân tích tương quan, phân tích PCA);
(5) Phân tích biểu thức vi phân (Với hai mẫu trở lên);
(6) Phân tích bộ gen: Phân tích Venn, Phân tích cụm, Phân tích chú thích chức năng (COG, GO, KEGG), Phân tích làm giàu chức năng (GO, KEGG), Biểu đồ hợp âm làm giàu chức năng, phân tích Ipath;
(7) phân tích sRNA: dự đoán sRNA, chú thích sRNA (Blast, sRNAMap, sRNATarBase, SIPHT, Rfam), dự đoán cấu trúc thứ cấp sRNA, dự đoán gen mục tiêu sRNA;
(8) Phân tích cấu trúc bản phiên mã: Phân tích toán tử, Dự đoán vị trí bắt đầu và kết thúc phiên mã, chú thích và phân tích UTR, dự đoán trình tự Promoter, phân tích SNP/InDel (chú thích SNP/InDel, phân phối khu vực SNP/InDel, thống kê SNP).
Quy trình công việc dịch vụ
Phân phối mẫu
Xây dựng thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
