Giải trình tự đoạn khuếch đại tại vị trí cụ thể (SLAF-Seq)
Quy trình làm việc
Dịch vụ này có một số bước thiết kế sơ bộ trên máy tính để đảm bảo lựa chọn enzyme tối ưu trong quá trình chuẩn bị thư viện.
Sơ đồ kỹ thuật
Tính năng dịch vụ
● Giải trình tự trên máy NovaSeq với PE150.
● Chuẩn bị thư viện với mã vạch kép, cho phép gộp hơn 1000 mẫu.
● Không phụ thuộc vào bộ gen tham chiếu:
Với bộ gen tham chiếu: Phát hiện SNP và InDel
Không cần bộ gen tham chiếu: phân cụm mẫu và phát hiện SNP
● Trongmô phỏng trên máy tínhỞ giai đoạn thiết kế ban đầu, nhiều tổ hợp enzyme cắt giới hạn được sàng lọc để tìm ra những tổ hợp tạo ra sự phân bố đồng đều các thẻ SLAF dọc theo bộ gen.
● Trong giai đoạn thí nghiệm sơ bộ, ba tổ hợp enzyme được thử nghiệm trên 3 mẫu để tạo ra 9 thư viện SLAF, và thông tin này được sử dụng để lựa chọn tổ hợp enzyme cắt tối ưu cho dự án.
Ưu điểm dịch vụ
●Phát hiện dấu ấn di truyền caoChúng tôi tích hợp hệ thống mã vạch kép tốc độ cao cho phép giải trình tự đồng thời trên số lượng lớn quần thể, và khuếch đại đặc hiệu vị trí giúp tăng hiệu quả, đảm bảo số lượng thẻ đáp ứng các yêu cầu đa dạng của nhiều câu hỏi nghiên cứu khác nhau.
● Ít phụ thuộc vào bộ genPhương pháp này có thể áp dụng cho các loài có hoặc không có bộ gen tham chiếu.
●Thiết kế sơ đồ linh hoạtCó thể lựa chọn phương pháp tiêu hóa bằng một enzyme, hai enzyme, nhiều enzyme, và nhiều loại enzyme khác nhau để phục vụ cho các mục tiêu nghiên cứu hoặc loài khác nhau.
● Hiệu quả cao trong quá trình tiêu hóa bằng enzyme: Sự dẫn truyền của mộtmô phỏng trên máy tínhViệc thiết kế trước và thử nghiệm sơ bộ đảm bảo thiết kế tối ưu với sự phân bố đồng đều các thẻ SLAF trên nhiễm sắc thể (1 thẻ SLAF/4Kb) và giảm thiểu trình tự lặp lại (<5%).
●Kinh nghiệm chuyên môn sâu rộngChúng tôi mang đến kinh nghiệm phong phú cho mọi dự án, với thành tích hoàn thành hơn 5000 dự án SLAF-Seq trên hàng trăm loài, bao gồm thực vật, động vật có vú, chim, côn trùng và sinh vật thủy sinh.
● Quy trình tin sinh học tự phát triểnChúng tôi đã phát triển một quy trình tin sinh học tích hợp cho SLAF-Seq để đảm bảo độ tin cậy và chính xác của kết quả cuối cùng.
Thông số kỹ thuật dịch vụ
| Loại phân tích | Quy mô dân số được đề xuất | Chiến lược sắp xếp trình tự | |
| Độ sâu của trình tự thẻ | Số thẻ | ||
| Bản đồ di truyền | 2 bố mẹ và hơn 150 con cái | Cha mẹ: 20x WGS Con cái: 10 lần | Kích thước bộ gen: <400 Mb: Nên sử dụng WGS. <1Gb: 100K thẻ 1-2Gb:: 200K thẻ >2Gb: 300K thẻ Tối đa 500.000 thẻ |
| Nghiên cứu liên kết toàn bộ hệ gen (GWAS) | ≥200 mẫu | 10 lần | |
| Tiến hóa di truyền | ≥30 mẫu, với >10 mẫu từ mỗi nhóm phụ | 10 lần | |
Yêu cầu dịch vụ
Nồng độ ≥ 5 ng/µL
Tổng lượng ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1.6-2.5
Gel agarose: không bị phân hủy hoặc nhiễm bẩn ở mức độ hạn chế.
Đề xuất giao mẫu
Vật chứa: Ống ly tâm 2 ml
(Đối với hầu hết các mẫu, chúng tôi khuyên không nên bảo quản trong ethanol)
Ghi nhãn mẫu: Các mẫu cần được ghi nhãn rõ ràng và giống hệt với thông tin trong phiếu thông tin mẫu đã nộp.
Vận chuyển: Đá khô: Các mẫu cần được đóng gói vào túi trước rồi chôn trong đá khô.
Quy trình dịch vụ
Kiểm tra chất lượng mẫu
Thí nghiệm thí điểm
Thí nghiệm SLAF
Chuẩn bị thư viện
Trình tự
Phân tích dữ liệu
Dịch vụ hậu mãi
Phân tích tin sinh học của chúng tôi bao gồm:
Kiểm tra chất lượng dữ liệu và cắt tỉa dữ liệu để loại bỏ các trình tự giàu N, trình tự adapter hoặc trình tự chất lượng thấp.
Bước kiểm soát chất lượng thứ hai đối với các trình tự đọc sạch là kiểm tra sự phân bố base, chất lượng trình tự và đánh giá dữ liệu, cũng như kiểm tra hiệu quả cắt và các đoạn chèn thu được.
Sau khi kiểm tra kết quả, có hai lựa chọn:
- Đối chiếu với bộ gen tham chiếu
- Không có bộ gen tham chiếu: phân cụm
Sau đó, việc phân tích các thẻ SLAF được sử dụng để thực hiện một số thao tác gọi biến thể nhằm hỗ trợ việc phát hiện dấu ấn: gọi và chú thích SNP, InDel, SNV, CV.
Phân bố các thẻ SLAF trên nhiễm sắc thể:
Phân bố SNP trên nhiễm sắc thể:
Chú thích SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X và Shi C (2023) Lập bản đồ QTL và phân tích transcriptome về hàm lượng đường trong quá trình chín của quả.Pyrus pyrifolia.Mặt trận Khoa học Thực vật.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Việc xác định st1 cho thấy quá trình chọn lọc liên quan đến sự tương tác giữa hình thái hạt và hàm lượng dầu trong quá trình thuần hóa đậu nành.Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.và cộng sựTrình tự bộ gen và sự đa dạng di truyền của cá chép thông thường.Cá chép (Cyprinus carpio).Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.và cộng sựBộ gen của lạc trồng trọt cung cấp những hiểu biết sâu sắc về kiểu nhiễm sắc thể của cây họ đậu, sự tiến hóa đa bội và quá trình thuần hóa cây trồng.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Năm | Tạp chí | IF | Tiêu đề | Ứng dụng |
| 2022 | Truyền thông tự nhiên | 17.694 | Cơ sở di truyền học của các nhiễm sắc thể khổng lồ và bộ gen khổng lồ của cây mẫu đơn thân gỗ Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Nhà thực vật học mới | 7.433 | Dấu vết thuần hóa neo giữ các vùng gen có tầm quan trọng về mặt nông nghiệp trong đậu nành | SLAF-GWAS |
| 2022 | Tạp chí Nghiên cứu Cao cấp | 12.822 | Sự lai tạo nhân tạo trên toàn bộ hệ gen của Gossypium barbadense vào G. hirsutum Xác định các locus ưu việt giúp cải thiện đồng thời chất lượng và năng suất sợi bông. đặc điểm | SLAF - Di truyền học tiến hóa |
| 2019 | Thực vật phân tử | 10,81 | Phân tích hệ gen quần thể và lắp ráp de novo hé lộ nguồn gốc của cỏ dại. Gạo như một trò chơi tiến hóa | SLAF - Di truyền học tiến hóa |
| 2019 | Di truyền học tự nhiên | 31,616 | Trình tự bộ gen và sự đa dạng di truyền của cá chép thường, Cyprinus carpio | Bản đồ liên kết SLAF |
| 2014 | Di truyền học tự nhiên | 25.455 | Bộ gen của lạc trồng trọt cung cấp thông tin chi tiết về kiểu nhiễm sắc thể của cây họ đậu, thể đa bội. sự tiến hóa và quá trình thuần hóa cây trồng. | Bản đồ liên kết SLAF |
| 2022 | Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật | 9.803 | Việc xác định ST1 cho thấy quá trình chọn lọc liên quan đến sự di truyền theo hình thái hạt giống. và hàm lượng dầu trong quá trình thuần hóa đậu nành | Phát triển SLAF-Marker |
| 2022 | Tạp chí Khoa học Phân tử Quốc tế | 6.208 | Xác định và phát triển dấu hiệu DNA cho giống lúa mì-Leymus mollis 2Ns (2D) Thay thế nhiễm sắc thể lưỡng bội | Phát triển SLAF-Marker |
| Năm | Tạp chí | IF | Tiêu đề | Ứng dụng |
| 2023 | Những tiến bộ trong khoa học thực vật | 6,735 | Phân tích định vị QTL và biểu hiện gen về hàm lượng đường trong quá trình chín quả của cây Pyrus pyrifolia. | Bản đồ gen |
| 2022 | Tạp chí Công nghệ sinh học thực vật | 8.154 | Việc xác định ST1 cho thấy quá trình chọn lọc liên quan đến sự tương đồng về hình thái hạt và hàm lượng dầu trong quá trình thuần hóa đậu nành.
| SNP kêu gọi |
| 2022 | Những tiến bộ trong khoa học thực vật | 6,623 | Phân tích liên kết toàn bộ hệ gen của các kiểu hình lúa mạch không vỏ trong môi trường hạn hán.
| GWAS |
