16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
● אפגעזונדערטקייט-פֿרייַ און גיך לעגיטימאַציע פון מייקראָוביאַל זאַץ אין ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז
● הויך האַכלאָטע אין נידעריק-שעפעדיק קאַמפּאָונאַנץ אין ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז
● לעצטע QIIME2 אַנאַלייזינג לויפן מיט דייווערס אַנאַליזעס אין טערמינען פון דאַטאַבייס, אַנאָטאַציע, OTU / ASV.
● הויך-דורכקייט, העכער אַקיעראַסי
● אָנווענדלעך צו דייווערס מיקראָביאַל קהל שטודיום
● BMK אָונז ברייט דערפאַרונג מיט איבער 100,000 סאַמפּאַלז / יאָר, קאַווערינג באָדן, וואַסער, גאַז, סלאַדזש, פעסעס, ינטעסטינז, הויט, פערמאַנטיישאַן יויך, ינסעקץ, געוויקסן, אאז"ו ו.
● BMKCloud פאַסילאַטייטיד דאַטן ינטערפּריטיישאַן מיט 45 פערזענליכען אַנאַלייזינג מכשירים
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
| סיקוואַנסינגפּלאַטפאָרמע | ביבליאָטעק | רעקאַמענדיד דאַטן טראָגן | עסטימאַטעד קער-אַרום צייט |
| Illumina NovaSeq פּלאַטפאָרמע | PE250 | 50K/100K/300K טאַגס | 30 טעג |
ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס
● רוי דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
● OTU קלאַסטערינג / דע-ראַש (אַסוו)
● OTU אַנאָטאַציע
● אַלף דייווערסיטי
● ביתא דייווערסיטי
● ינטער-גרופּע אַנאַליסיס
● אַססאָסיאַטיאָן אַנאַליסיס קעגן יקספּערמענאַל סיבות
● פֿונקציע דזשין פּראָגנאָז
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
מוסטער רעקווירעמענץ:
פֿאַרדנאַ אויסצוגן:
| מוסטער טיפּ | סומע | קאָנצענטראַציע | ריינקייַט |
| דנאַ אויסצוגן | ＞ 30 נג | ＞ קסנומקס נג / μל | אָד260/280 = 1.6-2.5 |
פֿאַר ינווייראַנמענאַל סאַמפּאַלז:
| מוסטער טיפּ | רעקאַמענדיד מוסטערונג פּראָצעדור |
| באָדן | מוסטערונג סומע: בעערעך.5 ג;רימיינדינג פאַרדאַרט מאַטעריע דאַרף צו זיין אַוועקגענומען פון ייבערפלאַך;מאָל גרויס ברעקלעך און פאָרן דורך 2 מם פילטער;אַליקוואָט סאַמפּאַלז אין סטערילע עפּ-רער אָדער סיראָטובע פֿאַר רעזערוואַציע. |
| פעסעס | מוסטערונג סומע: אַפּפּראָקס.5 ג;קלייַבן און אַליקוואָט סאַמפּאַלז אין סטערילע עפּ-רער אָדער קריאָטובע פֿאַר רעזערוואַציע. |
| ינטעסטאַנאַל אינהאַלט | סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּראַסעסט אונטער אַסעפּטיק צושטאַנד.וואַשן געזאמלט געוועב מיט פּבס;סענטריפיודזש די פּבס און זאַמלען די פּרעסיפּיטאַנט אין עפּ-טובז. |
| סלאַדזש | מוסטערונג סומע: בעערעך.5 ג;קלייַבן און אַליקוואָט סלאַדזש מוסטער אין סטערילע עפּ-רער אָדער קריאָטובע פֿאַר רעזערוואַציע |
| וואַטערבאָדי | פֿאַר אַ מוסטער מיט אַ לימיטעד סומע פון מייקראָוביאַל, אַזאַ ווי צאַפּן וואַסער, געזונט וואַסער, אאז"ו ו, קאַלעקט בייַ מינדסטער 1 ל וואַסער און פאָרן דורך 0.22 μם פילטער צו באַרייַכערן מייקראָוביאַל אויף די מעמבראַנע.סטאָר די מעמבראַנע אין אַ סטערילע רער. |
| הויט | קערפאַלי סקראַפּ הויט ייבערפלאַך מיט סטערילע וואַטע ווישער אָדער כירורגיש בלייד און שטעלן עס אין סטערילע רער. |
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
פרירן די סאַמפּאַלז אין פליסיק ניטראָגען פֿאַר 3-4 שעה און קראָם אין פליסיק ניטראָגען אָדער -80 גראַד צו לאַנג-טערמין רעזערוואַציע.מוסטער שיפּינג מיט טרוקן-אייז איז פארלאנגט.
סערוויס אַרבעט לויפן
מוסטער עקספּרעס
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
1.ספּעסיעס פאַרשפּרייטונג
2.העאַט מאַפּע: מינים ריטשנאַס קלאַסטערינג
3. זעלטן פאַקשאַן ויסבייג
4.נמדס אַנאַליסיס
5.לעפסע אַנאַליסיס
BMK קאַסע
אַביס מענטשן מיט און אָן טיפּ 2 צוקערקרענק ווייַזן פאַרשידענע קישקע מייקראָוביאַל פאַנגקשאַנאַל פיייקייט און זאַץ
ארויס:צעל האָסט און מיקראָבע, 2019
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:
דאַר ניט-צוקערקרענק (n=633);אַביס ניט-צוקערקרענק (n=494);אַביס-טיפּ 2 צוקערקרענק (n=153);
ציל געגנט: 16S rDNA V1-V2
פּלאַטפאָרמע: Illumina Miseq (NGS-באזירט אַמפּליקאָן סיקוואַנסינג)
סובסעט פון דנאַ עקסטראַקץ זענען אונטערטעניק צו מעטאַגענאָמיק סיקוואַנסינג אויף Illumina Hiseq
שליסל רעזולטאַטן
מיקראָביאַל פּראָפילינגס פון די מעטאַבאַליק חולאתן זענען הצלחה דיפערענשיייטאַד.
דורך קאַמפּערינג מייקראָוביאַל פֿעיִקייטן דזשענערייטאַד דורך 16S סיקוואַנסינג, אַביסאַטי איז געפונען צו פארבונדן מיט ענדערונגען אין מייקראָוביאַל זאַץ, יחיד פֿעיִקייטן, ספּעציעל באַטייטיק פאַרקלענערן אין אַקקערמאַנסיאַ, פאַעקאַליבאַקטעריום, אָססיליבאַקטער, אַליסטיפּעס, עטק. .
רעפערענץ
טהינגהאָלם, לב, עט על."אַביס מענטשן מיט און אָן טיפּ 2 צוקערקרענק ווייַזן פאַרשידענע פאַנגקשאַנאַל פאַנגקשאַנאַל קאַפּאַציטעט און קאַמפּאַזישאַן פון די קישקע."צעל האָסט & מיקראָבע26.2 (2019).
