条形banner-03

פּראָדוקטן

אַסיי פֿאַר טראַנספּאָזאַז-צוטריטלעך כראָמאַטין מיט הויך דורכפֿלוס סיקוואַנסינג (ATAC-seq)

ATAC-seq איז אַ הויך-דורכפֿלוס סיקווענסינג טעכניק געניצט פֿאַר גענאָם-ברייט כראָמאַטין צוטריטלעכקייט אַנאַליז. עס גיט אַ טיפֿער פֿאַרשטאַנד פֿון די קאָמפּלעקסע מעכאַניזמען פֿון גלאָבאַלע עפּיגענעטישע קאָנטראָל איבער גען אויסדרוק. די מעטאָדע ניצט אַ היפּעראַקטיווע Tn5 טראַנספּאָזאַזע צו סיימאַלטייניאַסלי פראַגמענטירן און טאַגן אָפֿענע כראָמאַטין געגנטן דורך ינסערטינג סיקווענסינג אַדאַפּטערז. דערנאָכפֿאָלגנדיקע PCR אַמפּליפֿיקאַציע רעזולטאַטן אין דער שאַפונג פֿון אַ סיקווענסינג ביבליאָטעק, וואָס אַלאַוז פֿאַר די קאָמפּרעהענסיוו אידענטיפֿיקאַציע פֿון אָפֿענע כראָמאַטין געגנטן אונטער ספּעציפֿישע פּלאַץ-צייט באַדינגונגען. ATAC-seq גיט אַ האָליסטישן בליק אויף צוטריטלעכע כראָמאַטין לאַנדשאַפֿטן, ניט ענלעך מעטאָדן וואָס בלויז פֿאָקוסירן אויף טראַנסקריפּציע פֿאַקטאָר ביינדינג זייטלעך אָדער ספּעציפֿישע היסטאָן-מאָדיפֿיצירטע געגנטן. דורך סיקווענסינג די אָפֿענע כראָמאַטין געגנטן, ATAC-seq אַנטפּלעקט געגנטן מער מסתּמא צו אַקטיוו רעגולאַטאָרישע סיקוואַנסן און פּאָטענציעלע טראַנסקריפּציע פֿאַקטאָר ביינדינג זייטלעך, אָפֿערינג ווערטפֿולע ינסייץ אין די דינאַמיש מאָדולאַציע פֿון גען אויסדרוק אַריבער די גענאָם.


סערוויס דעטאלן

ביאָאינפאָרמאַטיק

דעמאָ רעזולטאַטן

אויסגעצייכנטע אויסגאבעס

סערוויס פֿעיִטשערז

● סערוויס פארלאנגט געוועב מוסטערן, אנשטאט עקסטראקטירטע נוקלעאיק זויערן, צו קאנסערווירן די דנ״א-פראטעין אינטעראקציעס.

● די ATAC מעטאָדע נעמט אַרײַן געוועב דיסאָסיאַציע, און דערנאָך קערן איזאָלאַציע, Tn5 באַהאַנדלונג און רייניקונג, PCR אַמפּליפיקאַציע, גרייס סעלעקציע און סיקווענסינג.

● סיקווענסינג אין אילומינאַ נאָוואַסעק

סערוויס מעלות

הויך סענסיטיוויטי:נידעריגע סטאַרטינג צעל קוואַנטיטי איז גענוג פֿאַר ביבליאָטעק צוגרייטונג און סיקווענסינג.

העכסט אינפאָרמאַטיווע טעכניק: גלייכצייטיג אַנטפּלעקט די גענאָמישע לאָקאַציעס פון אָפֿענעם כראָמאַטין און אַקטיווע רעגולאַטאָרישע עלעמענטן ווי טראַנסקריפּציע פאַקטאָר ביינדינג זייטלעך.

גוטע עקספּערימענטאַלע רעפּראָדוסיביליטיטעכנישע רעפּליקאַטן ווייַזן ויסגעצייכנט ריפּיטאַביליטי. 

ברייטע עקספּערטיזמיט הונדערטער ATAC סיקווענסינג פראיעקטן וואס זענען ערפאלגרייך פארענדיגט געווארן, ברענגט BMKGENE איבער א יארצענדלינג דערפארונג, א העכסט באגאבטע אנאליז מאַנשאַפֿט, פולשטענדיק אינהאַלט, און אויסגעצייכנטע נאָך-פארקויף שטיצע.

מעגלעכקייט צו פאַרבינדן מיט טראַנסקריפּטאָמיקס אַנאַליסיסערמעגלעכן די אינטעגרירטע אנאליז פון ATAC seq מיט אנדערע אומיקס דאטן ווי RNA-seq.

● קאָמפּרעהענסיווע ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז: ערמעגליכן ניט נאר די אידענטיפיקאציע פון ​​די אפענע ראיאנען פון די כראָמאַטין און זייער קארעספאנדירנדיקע פונקציאנאליטעט (פראמאטערס, UTs, עקסאָנס, אינטראנס) נאר אויך די אנאליז פון די אונטערשיידן צווישן כראָמאַטין אפענע ראיאנען צווישן מוסטערן.

סערוויס ספּעציפֿיקאַציעס

ביבליאָטעק

סיקווענסינג סטראַטעגיע

רעקאָמענדירטע דאַטן רעזולטאַט

קוואַליטעט קאָנטראָל

אַטאַק-סעק

אילומינאַ PE150

> 20 מיליאָן לייענט

דעפּענדינג אויף גענאָם גרייס (מענטש: 50 מיליאָן לייענונגען)

ק30≥85%

מוסטער רעקווייערמענץ

מוסטערן טיפּ: געוועבן, לעבעדיקע אָדער פאַרפרוירענע צעלן, בלוט

● צעל נומער: ≥ 106צעלן

● געוועב וואָג: ≥ 200 מג פריש געוועב

● בלוט: ≥ 4 מל

סערוויס ארבעט פלוס

מוסטער QC

עקספּערימענט פּלאַן

מוסטער ליפערונג

מוסטער ליפערונג

פּילאָט עקספּערימענט

דנאַ עקסטראַקציע

ביבליאָטעק צוגרייטונג

ביבליאָטעק קאַנסטרוקציע

סיקווענסינג

סיקווענסינג

דאַטן אַנאַליז

דאַטן אַנאַליז

נאך-פארקויף סערוויסעס

נאך-פארקויף סערוויסעס


  • פריערדיג:
  • ווייטער:

  • 表观-02

    כולל די פאלגענדע אנאליז:

    ● קאָנטראָל פון רוי דאַטן קוואַליטעט;

    ● שפּיץ־רוף באַזירט אויף מאַפּינג צו רעפֿערענץ־גענאָם;

    ● גענע אנאטאציע אויף שפּיץ לאָקאַציע;

    ● מאָטיוו אַנאַליז: אידענטיפֿיקאַציע פֿון טראַנסקריפּציע פֿאַקטאָר ביינדינג זייטלעך (TFBS);

    ● דיפערענציעלע שפּיץ אַנאַליז און אַנאָטאַציע.

    1. היץ־מאַפּע אויף ATAC לייענט די פֿאַרשפּרייטונג ביי TSS און שכנותדיקע געגנטן (±3 קב)

     

    3(1)2. פאַרשפּרייטונג פון אָפֿענע כראָמאַטין געגנט אין פֿאַרשידענע גענאָם קאָמפּאָנענטן

     

    4(1)

    3. דיפערענציעלע שפּיץ רופן צווישן גרופּעס

     

    5(1)

    אויספאָרשן די פאָרשונג פֿאָרשריטן וואָס זענען געוואָרן ערמעגליכט דורך BMKGene'ס ATAC סיקוואַנסינג באַדינונגען דורך אַ קוראַטירטע זאַמלונג פון פּובליקאַציעס.

     

    פו, א.און אנדערע.(2023) 'טעלאָמער-צו-טעלאָמער גענאָם פֿאַרזאַמלונג פֿון ביטערע מעלאָנע (מאָמאָרדיקאַ טשאַראַנטיאַ ל. וואַרי. אַבריוויאַטאַ סער.) אַנטפּלעקט פרוכט אַנטוויקלונג, זאַץ און רייפּאַנינג גענעטישע קעראַקטעריסטיקס',גאָרטנצוכט פאָרשונג, קסנומקס (קסנומקס). דאָי: 10.1093/HR/UHAC228.

    גאָנג, ב.און אנדערע.(2023) 'עפּיגענעטישע און טראַנסקריפּציאָנעלע אַקטיוואַציע פון ​​דער סעקרעטאָרישער קינאַזע FAM20C ווי אַן אָנקאָגענע אין גליאָמאַ',זשורנאַל פון גענעטיק און גענאָמיקס, 50 (6), זז 422-433. דאָי: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.

    ער, י.און אנדערע.(2023) 'בוטיראט קערט איבער פעראפטאסיס קעגנשטעל אין קאלעקטראלע קענסער דורך אינדוצירן c-Fos-אפהענגיקע xCT סאַפּרעשאַן',רעדאָקס ביאָלאָגיע, 65, ז. 102822. דוי: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.

     

    באַקומען אַ ציטאַט

    שרייב דיין מעסעדזש דא און שיקט עס צו אונז

    שיקט אייער מעסעדזש צו אונדז: