קאָמפּאַראַטיווע גענאָמיקס
סערוויס מעלות
●ברייטע עקספּערטיז און פּובליקאַציע רעקאָרדסמיט דעם אקומולירטן, האט BMKGene פארענדיגט איבער 90 פארגלייכנדיקע גענאמיק פראיעקטן, מיט א קומולאטיוון אימפאקט פאקטאר וואס האט דערגרייכט 900.
●קאָמפּרעהענסיוו ביאָאינפאָרמאַטיק אַנאַליזדער אנאליז פּעקל אנטהאלט די אכט מערסטנס פארלאנגטע אנאליזן, צושטעלנדיג גוט-געפלאנטע גרייט-צו-פארעפנטלעכן ציפערן און ערמעגליכנדיג אן גרינגע אינטערפרעטאציע פון די רעזולטאטן.
●העכסט קוואַליפֿיצירטע ביאָאינפאָרמאַטיק מאַנשאַפֿט און קורצע אַנאַליז ציקלמיט גרויס דערפאַרונג אין קאָמפּאַראַטיווער גענאָמיק אַנאַליז, BMKGene'ס מאַנשאַפֿט דערפילט פֿאַרשידענע פּערזענאַליזירטע אַנאַליז פאָדערונגען אין אַ קורצער צייט.
●נאָך-פאַרקויף שטיצע:אונדזער צוזאג גייט ווייטער ווי נאָר פּראָיעקט פֿאַרענדיקונג, מיט אַ 3-חודש נאָך-פֿאַרקויף סערוויס פּעריאָד. בעת דעם צייט, פאָרשלאָגן מיר פּראָיעקט נאָכפֿאָלגן, הילף מיט פּראָבלעם לייזונג, און פֿראַגע-און-ענטפֿער סעסיעס צו אַדרעסירן יעדע פֿראַגע וואָס איז פֿאַרבונדן מיט די רעזולטאַטן.
סערוויס ספּעציפֿיקאַציעס
| געשאצטע דריי-ארום צייט | נומער פון מינים | אנאליזן |
| 30 אַרבעט טעג | 6 - 12 | גענע משפּחה קלאַסטערינג גענע משפּחה יקספּאַנשאַן און קאָנטראַקשאַן פילאָגענעטישע בוים קאַנסטראַקשאַן דיווערדזשענס צייט שאַצונג (פאָסיל קאַליבראַציע פארלאנגט) LTR איינשטעקן צייט (פֿאַר פלאַנצן) גאַנצע גענאָם דופּליקאַציע (פֿאַר געוויקסן) סעלעקטיוו דרוק סינטעני אנאליז |
ביאָאינפאָרמאַטיק אַנאַליזעס
● גענע משפּחה
● פילאָגענעטיק
● דיווערגענץ צייט
● סעלעקטיוו דרוק
● סינטעני אנאליז
מוסטער רעקווייערמענץ און ליפערונג
מוסטער רעקווייערמענץ:
געוועב אדער דנאַ פֿאַר גענאָם סיקוואַנסינג און אַסעמבלי
פֿאַר געוועב
| מינים | געוועב | אנקעטע | פּאַקביאָ סי סי עס |
| כייַע | וויסעראַל געוועב | 0.5 ~ 1 ג | ≥ 3.5 ג |
| מוסקל געוועב | |||
| ≥ 5.0 ג | |||
| ≥ 5.0 מל | |||
| זויגערס בלוט | |||
| ≥ 0.5 מל | |||
| פּויליש/פיש בלוט | |||
| פלאַנצן | פרישע בלעטער | 1 ~ 2 ג | ≥ 5.0 ג |
| בלומען־בלאַט/שטאַם | 1 ~ 2 ג | ≥ 10.0 ג | |
| וואָרצל/זוימען | 1 ~ 2 ג | ≥ 20.0 ג | |
| צעלן | קולטורירטע צעל | - | ≥ 1 x 108 |
דאַטן
גענאָם סיקוואַנס טעקעס (.fasta) און אַנאָטאַציע טעקעס (.gff3) פון ענג פֿאַרבונדענע מינים
סערוויס אַרבעט פלוס
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער ליפערונג
ביבליאָטעק קאַנסטרוקציע
סיקווענסינג
דאַטן אַנאַליז
נאך-פארקויף סערוויסעס
*דעמאָ רעזולטאַטן וואָס ווערן דאָ געוויזן זענען אַלע פֿון גענאָמען פֿאַרעפֿנטלעכט מיט ביאָמאַרקער טעכנאָלאָגיעס.
1. LTR אריינשטעל צייט שאצונג: די פיגור ווייזט א אייגנארטיגע בימאדאלע פארשפרייטונג אין LTR-RTs אריינשטעל צייטן אין וויינינג ראגן גענאם, קאמפערד צו אנדערע מינים. די לעצטע שפיץ איז דערשינען בערך 0.5 מיליאן יאר צוריק.
לי גואַנג און אַנדערע,נאַטור גענעטיק, 2021
2. פילאגעני און גענע פאמיליע אנאליז אויף טשאיאטע (Sechium edule): דורך אנאליזירן טשאיאטע און די אנדערע 13 פארבינדענע מינים אין דער גענע פאמיליע, איז טשאיאטע געפונען געווארן צו זיין מערסט פארבינדן מיט שלאנג קירבעס (Trichosanthes anguina). טשאיאטע שטאמט פון שלאנג קירבעס אין ארום 27-45 מיליאנא יארהאלט און גאנצע גענאם דופליקאציע (WGD) איז באמערקט געווארן אין טשאיאטע אין 25±4 מיליאנא יארהאלט, וואס איז די דריטע WGD געשעעניש אין קוקואיביטאסעא.
פו א און אנדערע,גאָרטנצוכט פאָרשונג, 2021
3. סינטעני אנאליז: עטלעכע גענעס פארבונדן מיט פיטאהארמאנען אין פרוכט אנטוויקלונג זענען געפונען געווארן אין טשאיאטע, שלאנג גארב און קירבעס. די קארעלאציע צווישן טשאיאטע און קירבעס איז עטוואס העכער ווי די צווישן טשאיאטע און שלאנג גארב.
פו א און אנדערע,גאָרטנצוכט פאָרשונג, 2021
4. גען משפּחה אַנאַליז: KEGG באַרייַכערונג אויף גען משפּחה יקספּאַנשאַן און קאָנטראַקשאַן אין G.thurberi און G.davidsonii גענאָמען האט געוויזן אַז סטערויד ביאָסינטעז און בראַססינאָסטערויד ביאָסינטעז-פֿאַרבונדענע גענען זענען יקספּאַנדיד.
יאַנג ז און אַנדערע,בי-עם-סי ביאָלאָגיע, 2021
5. גאנצע גענאָם דופּליקאַציע אַנאַליז: 4DTV און Ks פאַרשפּרייטונג אַנאַליז האט געוויזן גאנצע גענאָם דופּליקאַציע געשעעניש. שפּיצן פון אינטראַספּעסיעס האבן געוויזן דופּליקאַציע געשעענישן. שפּיצן פון אינטערספּעסיעס האבן געוויזן ספּעסיאַציע געשעענישן. די אַנאַליז האט געוויזן אַז קאַמפּערד מיט די אנדערע דריי ענג פֿאַרבונדענע מינים, O. europaea איז לעצטנס דורך אַ גרויס-מאָסשטאַב גענע דופּליקאַציע.
ראַאָ ג. און אַנדערע,גאָרטנצוכט פאָרשונג, 2021
BMK פאַל
רויז אָן שטעכלעך: גענאָמישע איינזיכטן פֿאַרבונדן מיט פֿײַכטקייט אַדאַפּטאַציע
ארויסגעגעבן: נאציאנאלע וויסנשאפט איבערבליק, 2021
סיקווענסינג סטראַטעגיע:
באַסיע'סדאָרנעלאָס' (ר.וויטשעריינאַן) גענאָם:
אומגעפער 93 X PacBio + אומגעפער 90 X Nanopore + 267 X Illumina
שליסל רעזולטאַטן
1. א הויך-קוואַליטעט R.wichuraiana גענאָם איז קאָנסטרויִרט געוואָרן ניצנדיק לאַנג-לייען סיקווענסינג טעקניקס, וואָס גיבן אַן אַסעמבלי פון 530.07 מעגאבייט (געשאַצטע גענאָם גרייס איז געווען אַרום 525.9 מעגאבייט דורך פלאָו סיטאָמעטרי און 525.5 דורך גענאָם יבערבליק; העטעראָזיגאָסיטי איז געווען אַרום 1.03%). BUSCO געשאַצטע כעזשבן איז געווען 93.9%. אין פאַרגלייך מיט "Old blush" (haploOB), די קוואַליטעט און פולשטענדיקייט פון דעם גענאָם איז באַשטעטיקט דורך באַזע איין-באַזע אַקיעראַסי און LTR אַסעמבלי אינדעקס (LAI=20.03). R.wichuraiana גענאָם כּולל 32,674 פּראָטעין קאָדירנדיקע גענעס.
2. מולטי-אומיקס דזשוינט אנאליז, באשטייענדיק פון קאמפאראטיווע גענאמיק, טראנסקריפטאמיקס, QTL אנאליז פון גענעטישע באפעלקערונג, האט אנטפלעקט די קריטישע ספעציאציע צווישן R. wichuraiana און Rosa chinensis. אויך, אויסדרוק וועריאציע פון פארבינדענע גענעס אין QTL איז מסתּמא פארבונדן מיט סטעם שטעכלעך פּאַטערנינג.
א פארגלייכנדיקע גענאמיק אנאליז צווישן באסיע'ס טהארנלעס און ראוזא טשינענסיס, אריינגערעכנט סינטעני אנאליז, גענע פאמיליע קלאסטער, אויסברייטונג און קאנטראקציע אנאליז, האט אנטפלעקט א גרויסע צאל וועריאציעס, וואס זענען פארבונדן מיט וויכטיגע אייגנשאפטן אין רויזן. די אייגנארטיגע אויסברייטונג אין די NAC און FAR1/FRS גענע פאמיליעס איז זייער מסתמא פארבונדן מיט קעגנשטעל צו שווארצע פלעקן.
פאַרגלייַכנדיקע גענאָמיק אַנאַליז צווישן BT און haploOB גענאָמען.
זשאָנג, מ., און אַנדערע. "רויז אָן שטעכלעך: גענאָמישע איינזיכטן פֿאַרבונדן מיט פֿײַכטקייט אַדאַפּטאַציע"נאציאנאלע וויסנשאפט איבערבליק, 2021;, נואב092.
