גאַנץ-לענג מרנאַ סיקוואַנסינג -PacBio
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
● דירעקט לייענען פון פול-לענג cDNA מאַלאַקיול פון 3'-סוף צו 5'-סוף
● יסאָ-פאָרעם מדרגה האַכלאָטע אין סיקוואַנס סטרוקטור
● טראַנסקריפּץ מיט הויך אַקיעראַסי און אָרנטלעכקייַט
● העכסט קאַמפּאַטאַבאַל מיט ווערייאַטיז
● גרויס סיקוואַנסינג קאַפּאַציטעט מיט 4 PacBio Sequel II סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס יקוויפּט
● העכסט יקספּיריאַנסט מיט איבער 700 פּאַקביאָ-באזירט רנאַ סיקוואַנסינג פּראַדזשעקס
● BMKCloud-באזירט רעזולטאַט עקספּרעס: קאַסטאַמייזד דאַטן-מיינינג בנימצא אויף פּלאַטפאָרמע.
● נאָך-פאַרקויף באַדינונגס גילטיק פֿאַר 3 חדשים נאָך פּרויעקט קאַמפּלישאַן
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
פּלאַטפאָרמע: PacBio Sequel II
סיקוואַנסינג ביבליאָטעק: פּאָלי א-ענריטשט מרנאַ ביבליאָטעק
רעקאַמענדיד דאַטן טראָגן: 20 גיגאבייט / מוסטער (דיפּענדינג אויף מינים)
FLNC (%): ≥75%
* FLNC: ניט-טשימעריק טראַנססיפּץ אין פול-לענג
ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס
● רוי דאַטן פּראַסעסינג
● טראַנסקריפּט לעגיטימאַציע
● סיקוואַנס סטרוקטור
● עקספּרעססיאָן קוואַנטיפיקאַטיאָן
● פונקציע אַנאָטאַטיאָן
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
מוסטער רעקווירעמענץ:
נוקלעאָטידע:
| קאָנס. (נג/μל) | סומע (μg) | ריינקייַט | אָרנטלעכקייַט |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 אָד260/230=0.5-2.5 לימיטעד אָדער קיין פּראָטעין אָדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פֿאַר געוויקסן: RIN≥7.5; פֿאַר אַנימאַלס: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעלינע הייך |
געוועב: וואָג (טרוקן):≥1 ג
* פֿאַר געוועב קלענערער ווי 5 מג, מיר רעקאָמענדירן צו שיקן פלאַש פאַרפרוירן (אין פליסיק ניטראָגען) געוועב מוסטער.
צעל סאַספּענשאַן:צעל ציילן = 3×106- 1×107
* מיר רעקאָמענדירן צו שיקן פאַרפרוירן צעל ליסאַטע.אין פאַל אַז צעל קאַונץ קלענערער ווי 5 × 105, בליץ פאַרפרוירן אין פליסיק ניטראָגען איז רעקאַמענדיד, וואָס איז בילכער פֿאַר מיקראָ יקסטראַקשאַן.
בלוט סאַמפּאַלז:באַנד≥1 מל
מייקראָואָרגאַניזאַמז:מאַסע ≥ קסנומקס ג
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאנטעינער:
2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)
מוסטער לייבלינג: גרופע + רעפּלאַקייט למשל A1, A2, A3;ב 1, ב 2, ב 3 ... ...
טראַנספּאָרט:
1. טרוקן-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס און בעריד אין טרוקן-אייז.
2. רנאַסטאַבלע טובז: רנאַ סאַמפּאַלז קענען זיין דאַר אין רנאַ סטייבאַלאַזיישאַן רער (למשל רנאַסטאַבלע®) און שיפּט אין צימער טעמפּעראַטור.
סערוויס אַרבעט לויפן
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער עקספּרעס
רנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
1.FLNC לענג פאַרשפּרייטונג
לענג פון פול-לענג ניט-טשימעריק לייענען (FLNC) ינדיקייץ די לענג פון cDNA אין ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן.FLNC לענג פאַרשפּרייטונג איז אַ קריטיש גראדן אין יוואַליוייטינג קוואַליטעט פון ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן.
FLNC לייענען לענג פאַרשפּרייטונג
2.קאָמפּלעטע אָרף געגנט לענג פאַרשפּרייטונג
מיר נוצן TransDecoder צו פאָרויסזאָגן פּראָטעין קאָודינג מקומות און קאָראַספּאַנדינג אַמינאָ זויער סיקוואַנסיז צו דזשענערייט ונידזשינע סעץ, וואָס כּולל גאַנץ ניט-יבעריק טראַנסקריפּט אינפֿאָרמאַציע אין אַלע סאַמפּאַלז.
גאַנץ פאַרשפּרייטונג פון ORF געגנט לענג
3.KEGG פּאַטוויי ענריטשמענט אַנאַליסיס
דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט טראַנסקריפּץ (DETs) קענען זיין יידענאַפייד דורך אַליינינג NGS-באזירט רנאַ סיקוואַנסינג דאַטן אויף פול-לענג טראַנסקריפּט שטעלט דזשענערייטאַד דורך PacBio סיקוואַנסינג דאַטן.די DETs קענען ווייַטער פּראַסעסט פֿאַר פאַרשידן פאַנגקשאַנאַל אַנאַליסיס, למשל KEGG פּאַטוויי ענריטשמענט אַנאַליסיס.
DET KEGG פּאַטוויי ענריטשמענט - פּונקט פּלאַנעווען
BMK קאַסע
די אַנטוויקלונג דינאַמיק פון די פּאָפּולוס סטעם טראַנסקריפּטאָמע
ארויס: פּלאַנט ביאָטעטשנאָלאָגי זשורנאַל, 2019
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:
מוסטער זאַמלונג:סטעם מקומות: שפּיץ, ערשטער ינטערנאָדע (IN1), רגע ינטערנאָדע (IN2), דריט ינטערנאָדע (IN3), ינטערנאָדע (IN4) און ינטערנאָדע (IN5) פֿון Nanlin895
NGS-סעקוואַנס:רנאַ פון 15 מענטשן זענען פּאָאָלד ווי איין בייאַלאַדזשיקאַל מוסטער.דריי בייאַלאַדזשיקאַל רעפּלאַקייטן פון יעדער פונקטן זענען פּראַסעסט פֿאַר NGS סיקוואַנס
TGS-סעקוואַנס:סטעם מקומות זענען צעטיילט אין דרייַ מקומות, ד"ה אַפּעקס, IN1-IN3 און IN4-IN5.יעדער געגנט איז פּראַסעסט פֿאַר PacBio סיקוואַנסינג מיט פיר טייפּס פון לייברעריז: 0-1 קב, 1-2 קב, 2-3 קב און 3-10 קב.
שליסל רעזולטאַטן
1.א גאַנץ פון 87150 פול-לענג טראַנסקריפּץ זענען יידענאַפייד, אין וואָס, 2081 ראָמאַן יסאָפאָרמס און 62058 ראָמאַן אַלטערנאַטיווע ספּלייסט יסאָפאָרמס זענען יידענאַפייד.
2.1187 lncRNA און 356 פוסיאָן גענעס זענען יידענאַפייד.
3. פֿון ערשטיק וווּקס צו צווייטיק וווּקס, 15838 דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט טראַנסקריפּץ פון 995 דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט גענעס זענען יידענאַפייד.אין אַלע דעגס, 1216 זענען טראַנסקריפּציע סיבות, רובֿ פון וואָס איז נאָך נישט רעפּאָרטעד.
4.GO ענריטשמענט אַנאַליסיס גילוי וויכטיקייט פון צעל אָפּטייל און אַקסאַדיישאַן-רעדוקציע פּראָצעס אין ערשטיק און צווייטיק וווּקס.
אַלטערנאַטיווע ספּלייסינג געשעענישן און פאַרשידענע יסאָפאָרמס
WGCNA אַנאַליסיס אויף טראַנסקריפּציע סיבות
רעפערענץ
Chao Q, Gao ZF, Zhang D, et al.די אַנטוויקלונג דינאַמיק פון די פּאָפּולוס סטעם טראַנסקריפּטאָמע.פּלאַנט ביאָטעטשנאָל י 2019; 17 (1): 206-219.דאָי: 10.1111/פּבי.12958
