דנאַ / רנאַ סיקוואַנסינג - PacBio Sequencer
איינריכטונגען
צוויי סיקוואַנסינג מאָדעס אויף PacBio סעקווענסער: קעסיידערדיק לאנג לייענען (קלר) און סירקולאַר קאָנסענסוס לייענען (קקס)
| סיקוואַנסינג מאָדע | ביבליאָטעק גרייס | טעאָרעטיש דאַטעייעלדס (פּער צעל) | איין-באַזעאַקיעראַסי | אַפּפּליקאַטיאָנס |
| CLR | 20Kb, 30Kb, עטק. | 80 גיגאבייט צו 130 גיגאבייט | בעערעך.85% | De novo, SV רופן, עטק. |
| CCS | 15-20 קב | 14 צו 40 גיגאבייט / צעל (סיקוואַל וו) 70 צו 110 גיגאבייט / צעל (רעוויאָ) דעפּענדס אויף די סאַמפּאַלז | בעערעך.99% | De novo, SNP / Indel / SV פאַך, יסאָ-סעק, |
פאַרגלייַך פון די פאָרשטעלונג און פֿעיִקייטן פון Revio און Sequel II
| תּנאָים | סיקוואַל וו סיסטעם | רעוויאָ סיסטעם | העכערונג |
| העכער געדיכטקייַט | 8 מיליאָן זמווס | 25 מיליאָן זמווס | 3x |
| פרייַ סטאַגעס | 1 | 4 | 4x |
| קירצער לויפן צייט | 30 שעה | 24 שעה | 1.25x |
| 30X HiFi מענטש גענאָמעס / יאָר | 88 | 1,300 | 15x קוילעלדיק |
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
● איבער 8 יאָר דערפאַרונג אויף PacBio סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע מיט טויזנטער פון פארמאכט פּראַדזשעקס מיט פאַרשידן מינים.
● גאָר יקוויפּט מיט די לעצטע PacBio Sequencing פּלאַטפאָרמס, Revio צו גאַראַנטירן גענוג סיקוואַנסינג טרופּוט.
● פאַסטער קער-אַרום צייט, העכער דאַטן טראָגן און מער פּינטלעך דאַטן.
● קאַנטריביוטיד אין הונדערטער פון הויך-פּראַל פּאַקביאָ-באזירט אויסגאבעס.
מוסטער רעקווירעמענץ
| מוסטער טיפּ | סומע | קאַנסאַנטריישאַן (קווביט®) | באַנד | ריינקייַט | אנדערע |
| גענאָמיק דנאַ | אָפענגען אויף דאַטאַ רעקווירעמענץ | ≥50 נג/μל | ≥15μל | אָד260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5; קלאָר שפּיץ ביי 260 nm,קיין קאַנטאַמאַניישאַנז | קאַנסאַנטריישאַן דאַרף זיין געמאסטן דורך קוביט און קוביט / נאַנאָפּאָרע = 0.8-2.5 |
| גאַנץ רנאַ | ≥1.2μג | ≥120 נג/μל | ≥15μל | אָד260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5;קיין קאַנטאַמאַניישאַנז | RIN ווערט ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
סערוויס וואָרקפלאָוו
מוסטער צוגרייטונג
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
פּראָיעקט עקספּרעס
1.אין-הויז דאַטאַ ייעלדס
דאַטן דזשענערייטאַד פון 63 CCS סעלז (פון 26 מינים)
| DATA-PacBio-CCS-15 Kb | דורכשניטלעך | מאַקס | מין | מעדיאַן |
| Yield - סוברעדס (Gb) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| יילד - CCS(Gb) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| פּאָלימעראַסע נ50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| סוברעאַדס N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| CCS N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| דורכשניטלעך לענג - פּאָלימעראַסע | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| דורכשניטלעך לענג-סוברעאַדס | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| דורכשניטלעך לענג-קקס | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
דאַטן דזשענערייטאַד פון 16 CLR סעלז (פון 76 מינים)
| DATA-PacBio-CLR-30Kb | דורכשניטלעך | מאַקס | מין | מעדיאַן |
| Yield - סוברעדס (Gb) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| פּאָלימעראַסע נ50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| סוברעאַדס N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| דורכשניטלעך לענג - פּאָלימעראַסע | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| דורכשניטלעך לענג-סוברעאַדס | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.Data QC - דעמאָסטאַטיסטיק אויף דאַטן טראָגן
| מוסטער | ccs לייענט נומער | גאַנץ ccs באַסעס (בפּ) | ccs לייענען N50 (בפּ) | ccs מיטל לענג (בפּ) | ccs לאָנגעסט לייענען (בפּ) | סוברעאַדס באַסעס (בפּ) | ccs קורס (%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
