עוקאַריאָטיש mRNA סיקוואַנסינג-NGS
פֿעיִטשערז
● אפציאָנעלע דירעקציאָנעלע mRNA ביבליאָטעק צוגרייטונג צו געבן די מעגלעכקייט צו באַקומען סטראַנד-ספּעציפֿישע סיקווענסינג דאַטן
● פֿאַרשידענע BI אַנאַליזן דעקן אַלע אונדזערע קליענטן'ס באַדערפֿנישן
מעלות
●ברייטע עקספּערטיזמיר האָבן פּראַסעסט איבער 600,000 מוסטערן, וואָס דעקן פֿאַרשידענע מוסטער טיפּן ווי צעל קולטורן, געוועבן און גוף פליסיקייטן. מיר ברענגען דעם רייַכטום פון עקספּערטיז צו יעדן פּראָיעקט.
●שטרענגע קוואַליטעט קאָנטראָלמיר אימפּלעמענטירן קערן קאָנטראָל פּונקטן איבער אַלע סטאַגעס, פֿון מוסטער צוגרייטונג ביז ביבליאָטעק צוגרייטונג, סיקווענסינג און ביאָאינפֿאָרמאַטיק. אונדזער קערפֿול מאָניטאָרינג גאַראַנטירט די צושטעל פֿון קאָנסיסטענט הויך-קוואַליטעט רעזולטאַטן.
●קאָמפּרעהענסיוו אַנאָטאַציעמיר ניצן קייפל דאַטאַבייסעס צו פונקציאָנעל אַנאָטירן די דיפערענציעל אויסגעדריקטע גענעס (DEGs) און דורכפירן קאָרעספּאָנדירנדיקע ענריטשמענט אַנאַליזעס. די קאָמפּרעהענסיווע צוגאַנג גיט איינבליקן אין די צעלולאַרע און מאָלעקולאַרע פּראָצעסן וואָס ליגן אונטער דער טראַנסקריפּטאָם רעאַקציע, און זיכערט אַז איר באַקומט אַלע מעגלעכע אינפֿאָרמאַציע וועגן די דאַטן פון אייער עקספּערימענט.
●נאָך-פאַרקויף שטיצעמיר פֿאַרשטייען ווי וויכטיק עס איז צו זײַן אנוועזנד, דעריבער גייט אונדזער פֿאַרפֿליכטונג ווײַטער ווי נאָר די פֿאַרענדיקונג פֿון פּראָיעקטן, מיט אַ 3-חודשיקן נאָך-פֿאַרקויף סערוויס פּעריאָד. בעת דעם צײַט, אָפֿערן מיר פּראָיעקט נאָכפֿאָלגן, הילף מיט פּראָבלעם-לייזונג, און פֿראַגע-און-ענטפֿער סעסיעס צו אַדרעסירן יעדע פֿראַגע וואָס איז פֿאַרבונדן מיט די רעזולטאַטן.
מוסטער רעקווייערמענץ און ליפערונג
| ביבליאָטעק | סיקווענסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאָמענדירט | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| פּאָלי א ענריטשט | אילומינאַ PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 גיגאבייט | ק30≥85% |
מוסטער רעקווייערמענץ:
נוקלעאָטידן:
מינימום מוסטער רעקווייערמענץ:
| קאָנצ. (נג/μל) | סומע (μg) | ריינקייט | אָרנטלעכקייט | |
| סטאַנדאַרד ביבליאָטעק | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 באגרענעצטע אדער קיין פּראָטעין אדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פֿאַר געוויקסן: RIN≥4.0; פֿאַר חיות: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעליין הייך |
| ריכטונג־ביבליאָטעק | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 באגרענעצטע אדער קיין פּראָטעין אדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פֿאַר געוויקסן: RIN≥4.0; פֿאַר חיות: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעליין הייך |
| פלאַנצן | כייַע | אַרטראָפּאָדן | גאַנץ בלוט | צעלן |
| וואָרצל, שטאַם אָדער בלעטל: 450 מג בלאַט אָדער זוימען: 300 מג פרוכט: 1.2 ג | האַרץ אָדער קישקע: 300 מג אינעווייניג אדער מוח: 240 מג מוסקל: 450 מג ביינער, האָר אָדער הויט: 1 ג | אינסעקטן: 6 ג קראַסטאַסעאַ: 300 מג | 1 רער | 106 צעלן |
רעקאָמענדירטע מוסטער ליפערונג
קאַנטיינער: 2 מל צענטריפוגע רער (בלויע פאָליע איז נישט רעקאָמענדירט)
מוסטער לייבאַלינג: גרופּירן+רעפּליקאַטן למשל A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
שיפמענט:
1. טרוקן-אייז: מוסטערן דאַרפֿן זײַן פֿאַרפּאַקט אין זעקלעך און באַגראָבן אין טרוקן-אייז.
2. RNAs טיש טובעס: RNA מוסטערן קענען געטריקנט ווערן אין RNA סטאַביליזאַציע טוב (למשל RNAstable®) און געשיקט ווערן ביי צימער טעמפּעראַטור.
מוסטער רעקווייערמענץ און ליפערונג
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער ליפערונג
רנאַ עקסטראַקציע
ביבליאָטעק קאַנסטרוקציע
סיקווענסינג
דאַטן אַנאַליז
נאך-פארקויף סערוויסעס
ביאָאינפאָרמאַטיק
פֿאַר מוסטערן מיט אַ פֿאַראַן רעפֿערענץ גענאָם, איז די BI אַנאַליז ווי פֿאָלגט:
Øרוי דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
Øרעפערענץ גענאָם אַליינמענט
Øטראַנסקריפּט סטרוקטור אַנאַליז
Øאויסדרוק קוואַנטיפיקאַציע
Øדיפערענציעלע אויסדרוק אנאליז
Øפונקציע אנאטאציע און בארייכערונג
פֿאַר מוסטערן אָן אַ רעפֿערענץ גענאָם, איז דאָס די אָפּציע וואָס איז פֿאַראַן:
• רוי דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
•פֿאַרזאַמלונג מיט סטרוקטור אָפּטימיזאַציע
•דיפערענציעלע אויסדרוק אנאליז
•פונקציע אנאטאציע און בארייכערונג
רעפערענץ גענאָם אַליינמענט
דאַטן זעטיקונג
מוסטער קאָרעלאַציע און אַסעסמאַנט פון ביאָלאָגישע רעפּליקאַטן
דיפערענציעל אויסגעדריקטע גענעס (DEGs)
פונקציאָנעלע אַנאָטאַציע פון DEGs
פונקציאָנעלע באַרייַכערונג פון DEGs
אויספאָרשן די פֿאָרשריטן וואָס זענען געוואָרן ערמעגליכט דורך BMKGene'ס עוקאַריאָטישע NGS mRNA סיקוואַנסינג באַדינונגען דורך אַ קוראַטירטע זאַמלונג פֿון פּובליקאַציעס.
הואנג, ל. און אנדערע (2023) 'טריקלאסאן און טריקלאקארבאן שוואכן די שמעק-פעאיקייט פון גאלדפיש דורך באגרענעצן שמעק-דערקענונג, שטערן שמעק-סיגנאלן טראנסדוקציע, און שטערן שמעק-אינפארמאציע פראצעסירונג',וואַסער פאָרשונג, 233, ז. 119736. דוי: 10.1016/דזש.וואטרעס.2023.119736.
דזשיאַ, ל.דזש. און אַנדערע (2023) 'אַספּערגיללוס פומיגאַטוס כאַפּט מענטשלעכע פּ11 צו רידערעקטירן פונגאַל-האַלטיקע פאַגאָסאָמען צו אַ ניט-דעגראַדאַטיוון וועג',צעל באַלעבאָס און מיקראָב, 31 (3), זז 373-388.e10. דאָי: 10.1016/דזש.טשאָם.2023.02.002.
דזשין, ק. און אנדערע (2022) 'TCP טראַנסקריפּציע פאַקטאָרן ינוואַלווד אין שפּראָץ אַנטוויקלונג פון מאַ באַמבו (Dendrocalamus latiflorus Munro)',גרענעצן אין פלאַנצן וויסנשאַפֿט, 13, ז. 884443. דוי: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
ווען, קס. און אנדערע (2022) 'דער קריזאַנטאַם לאַוואַנדוליפאָליום גענאָם און דער מאָלעקולאַרער מעханіזם וואָס ליגט אונטער פֿאַרשידענע קאַפּיטולום טיפּן',גאָרטנצוכט פאָרשונג, 9. דוי: 10.1093/HR/UHAB022.
זשאַנג, יודזשי און אַנדערע (2023) 'אַ קאַסקאַדע נאַנאָרעאַקטאָר פֿאַר פֿאַרבעסערונג פֿון סאָנאָדינאַמישער טעראַפּיע אויף קאָלאָרעקטאַלן ראַק דורך סינערגיסטישער ROS פֿאַרגרעסערונג און אויטאָפֿאַגיע בלאַקידזש',נאַנאָ היינט, 49 , ז . 101798. דאָי: 10.1016/דזש.נאַנטאָד.2023.101798.
