עוקאַריאָטיק מרנאַ סיקוואַנסינג-יללומינאַ
אַדוואַנטאַגעס
Øהעכסט יקספּיריאַנסט: איבער 200,000 סאַמפּאַלז זענען פּראַסעסט אין BMK קאַווערינג פאַרשידן מוסטער טייפּס, אַרייַנגערעכנט צעל קולטור, געוועב, גוף פליסיק, אאז"ו ו און איבער 7,000 mRNA-Seq פּראַדזשעקס פֿאַרמאַכט קאַווערינג פאַרשידן פאָרשונג שטח.
Øשטרענג קוואַליטעט קאָנטראָל סיסטעם: קאָר קוואַליטעט קאָנטראָל ווייזט דורך אַלע סטעפּס אַרייַנגערעכנט מוסטער צוגרייטונג, ביבליאָטעק צוגרייטונג, סיקוואַנסינג און ביאָינפאָרמאַטיקס זענען אונטער נאָענט מאָניטאָרינג אין סדר צו צושטעלן הויך-קוואַליטעט רעזולטאַטן.
Øקייפל דאַטאַבייסיז בנימצא פֿאַר פונקציאָנירן אַנאָטאַציע און ענריטשמענט שטודיום צו מקיים פאַרשידן פאָרשונג גאָולז.
Øנאָך-פאַרקויף באַדינונגס: נאָך-פאַרקויף באַדינונגס גילטיק פֿאַר 3 חדשים נאָך די קאַמפּלישאַן פון די פּרויעקט, אַרייַנגערעכנט פּראַדזשעקס נאָכגיין-אַרויף, קאָנפליקט-שאָאָטינג, רעזולטאַטן ק&א, עטק.
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
| ביבליאָטעק | סיקוואַנסינג סטראַטעגיע | דאַטאַ רעקאַמענדיד | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| פּאָלי א ענריטשט | Illumina PE150 | 6 גיגאבייט | Q30≥85% |
מוסטער רעקווירעמענץ:
נוקלעאָטידע:
| ריינקייַט | אָרנטלעכקייַט | סומע |
| אָד260/280≥1.7-2.5 אָד260/230≥0.5-2.5לימיטעד אָדער קיין פּראָטעין אָדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פֿאַר געוויקסן: RIN≥6.5;פֿאַר אַנימאַלס: RIN≥7;28S/18S≥1.0;לימיטעד אָדער קיין באַסעלינע הייך | קאָנס.≥30 נג/μל;באַנד ≥ 10 μל;גאַנץ ≥ 1.5 μג |
געוועב: וואָג (טרוקן):≥1 ג
* פֿאַר געוועב קלענערער ווי 5 מג, מיר רעקאָמענדירן צו שיקן פלאַש פאַרפרוירן (אין פליסיק ניטראָגען) געוועב מוסטער.
צעל סאַספּענשאַן:צעל ציילן = 3×106- 1×107
* מיר רעקאָמענדירן צו שיקן פאַרפרוירן צעל ליסאַטע.אין פאַל אַז צעל קאַונץ קלענערער ווי 5 × 105, בליץ פאַרפרוירן אין פליסיק ניטראָגען איז רעקאַמענדיד, וואָס איז בילכער פֿאַר מיקראָ יקסטראַקשאַן.
בלוט סאַמפּאַלז:באַנד≥1 מל
מייקראָואָרגאַניזאַמז:מאַסע ≥ קסנומקס ג
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאַנטיינער: 2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)
מוסטער לייבלינג: גרופע + רעפּלאַקייט למשל A1, A2, A3;ב 1, ב 2, ב 3 ... ...
טראַנספּאָרט:
- טרוקן-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס און באַגראָבן אין טרוקן-אייז.
- רנאַסטאַבלע טובז: רנאַ סאַמפּאַלז קענען זיין דאַר אין רנאַ סטייבאַלאַזיישאַן רער (למשל רנאַסטאַבלע®) און שיפּט אין צימער טעמפּעראַטור.
סערוויס אַרבעט לויפן
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער עקספּרעס
רנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
ביאָינפאָרמאַטיקס
עוקאַריאָטיק mRNA סיקוואַנסינג אַנאַליסיס וואָרקפלאָוו
ביאָינפאָרמאַטיקס
Øרוי דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
Øרעפערענץ גענאָמע אַליינמאַנט
Øטראַנסקריפּט סטרוקטור אַנאַליסיס
Øאויסדרוק קוואַנטיפיקאַטיאָן
Øדיפפערענטשאַל אויסדרוק אַנאַליסיס
Øפונקציע אַנאָטאַציע און ענריטשמענט
1.mRNA דאַטאַ סאַטוראַטיאָן ויסבייג
2.אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַל אויסדרוק - ווולקאַן פּלאַנעווען
3.KEGG אַנאָטאַציע אויף DEG
4.GO קלאַסאַפאַקיישאַן אויף DEGs
