עוואָלוטיאָנאַרי גענעטיקס
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
טאקאגי עט על.,דער פאַבריק זשורנאַל, 2013
● עסטאַמאַץ מינים דייווערדזשאַנס צייט און גיכקייַט באזירט אויף ווערייישאַנז אין נוקלעאָטידע און אַמינאָ אַסאַדז מדרגה
● אנטפלעקונג פון מער פאַרלאָזלעך פילאָגענעטיק באַציונג צווישן מינים מיט מינאַמייזד השפּעה פון קאַנווערדזשאַנט עוואָלוציע און פּאַראַלעל עוואָלוציע
● קאַנסטראַקטינג פֿאַרבינדונגען צווישן גענעטיק ענדערונגען און פענאָטיפּעס צו ופדעקן טרייט-פֿאַרבונדענע גענעס
● עסטימאַטינג גענעטיק דייווערסיטי, וואָס ריפלעקס די עוואָלוטיאָנאַרי פּאָטענציעל פון מינים
● פאַסטער טורנאַראַונד צייט
● ברייט דערפאַרונג: BMK האט אַקיומיאַלייטיד מאַסיוו דערפאַרונג אין באַפעלקערונג און עוואָלוטיאָנאַרי שייַכות פּראַדזשעקס פֿאַר איבער 12 יאָר, קאַווערינג הונדערטער פון מינים, אאז"ו ו און קאַנטריביוטיד אין איבער 80 הויך-מדרגה פּראַדזשעקס ארויס אין נאַטור קאָמוניקאַציע, מאָלעקולאַר פּלאַנץ, פּלאַנט ביאָטעטשנאָלאָגי דזשאָורנאַל, אאז"ו ו.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
מאַטעריאַלס:
נאָרמאַללי, אין מינדסטער דריי סאַב-פּאַפּוליישאַנז (למשל סובספּעסיעס אָדער סטריינז) איז רעקאַמענדיד.יעדער סאַב-באַפעלקערונג זאָל אַנטהאַלטן ניט ווייניקער ווי 10 מענטשן (פּלאַנץ ± 15, קענען זיין רידוסט פֿאַר זעלטן מינים).
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:
* WGS קענען זיין געוויינט פֿאַר מינים מיט הויך-קוואַליטעט רעפֿערענץ גענאָמע, בשעת SLAF-Seq איז אָנווענדלעך צו מינים אָדער מיט אָדער אָן אַ רעפֿערענץ גענאָמע אָדער רעפֿערענץ גענאָמע פון נעבעך קוואַליטעט.
| אָנווענדלעך צו גענאָמע גרייס | WGS | SLAF-Tags (×10,000) |
| ≤ 500 מב | 10 × / יחיד | WGS איז מער רעקאַמענדיד |
| 500 מב - 1 גיגאבייט | 10 | |
| 1 גיגאבייט - 2 גיגאבייט | 20 | |
| ≥2 גיגאבייט | 30 |
ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס
● עוואָלוטיאָנאַרי אַנאַליסיס
● סעלעקטיוו ויסקערן
● גענע לויפן
● דעמאָגראַפיק געשיכטע
● דיווערדזשאַנס צייַט
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
מוסטער רעקווירעמענץ:
| מינים | געוועב | WGS-NGS | SLAF |
| כייַע
| וויסעראַל געוועב |
0.5 ~ 1 ג
|
0.5ג
|
| מוסקל געוועב | |||
| מאַממאַליאַן בלוט | 1.5 מל
| 1.5 מל
| |
| אָף / פיש בלוט | |||
| געוויקס
| פריש בלאַט | 1~2ג | 0.5 ~ 1 ג |
| פּעטאַל / סטעם | |||
| וואָרצל / זוימען | |||
| סעלז | קולטור צעל |
| גדנאַ | קאָנצענטראַציע | סומע (ווג) | OD260/OD280 |
| SLAF | ≥35 | ≥1.6 | 1.6-2.5 |
| WGS-NGS | ≥1 | ≥0.1 | - |
סערוויס אַרבעט לויפן
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער עקספּרעס
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
*דעמאָ רעזולטאַטן געוויזן דאָ זענען אַלע פֿון גענאָמעס ארויס מיט BMKGENE
1.עוואַלושאַן אַנאַליסיס כּולל די קאַנסטראַקשאַן פון פילאָגענעטיק בוים, באַפעלקערונג סטרוקטור און פּקאַ באזירט אויף גענעטיק ווערייישאַנז.
פילאָגענעטיק בוים רעפּראַזענץ טאַקסאָנאָמיק און עוואָלוטיאָנאַרי באציונגען צווישן מינים מיט פּראָסט אָוועס.
PCA יימז צו וויזשוואַלייז די נאָענטקייט צווישן סאַב-פּאַפּוליישאַנז.
באַפעלקערונג סטרוקטור ווייזט די בייַזייַן פון דזשאַנעטיקלי בוילעט סאַב-באַפעלקערונג אין טערמינען פון אַללע פריקוואַנסיז.
טשען, עט.על.,PNAS, 2020
2.סעלעקטיוו ויסקערן
סעלעקטיוו ויסקערן רעפערס צו אַ פּראָצעס דורך וואָס אַ אַדוואַנטיידזשאַס פּלאַץ איז אויסגעקליבן און פריקוואַנסיז פון לינגקט נייטראַל זייטלעך זענען געוואקסן און יענע פון אַנלינקד זייטלעך זענען דיקריסט, ריזאַלטינג אין רעדוקציע פון רעגיאָנאַל.
גענאָמע-ברייט דיטעקשאַן אויף סעלעקטיוו ויסקערן מקומות איז פּראַסעסט דורך קאַלקיאַלייטינג באַפעלקערונג גענעטיק אינדעקס (π, Fst, Tajima's D) פון אַלע SNPs אין אַ סליידינג פֿענצטער (100 Kb) אין זיכער שריט (10 Kb).
נוקלעאָטידע דייווערסיטי (π)
טאַדזשימאַ ד
פיקסיישאַן אינדעקס (Fst)
ווו, עט.על.,מאָלעקולאַר פּלאַנט, 2018
3.גענע פלאָו
ווו, עט.על.,מאָלעקולאַר פּלאַנט, 2018
4.דעמאָגראַפיק געשיכטע
זשאַנג, עט.על.,נאַטור עקאָלאָגי & עוואָלוציע, 2021
5.דיווערדזשענסע צייַט
זשאַנג, עט.על.,נאַטור עקאָלאָגי & עוואָלוציע, 2021
BMK קאַסע
א גענאָמיק ווערייישאַן מאַפּע גיט ינסייץ אין די גענעטיק יקער פון פרילינג כינעזיש קרויט (Brassica rapa ssp. Pekinensis) סעלעקציע
ארויס: מאָלעקולאַר פּלאַנט, 2018
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:
רעסעקווענסינג: סיקוואַנסינג טיפקייַט: 10×
שליסל רעזולטאַטן
אין דעם לערנען, 194 כינעזיש קאַבידזשיז זענען פּראַסעסט פֿאַר שייַעך-סיקוואַנסינג מיט אַ דורכשניטלעך טיפקייַט פון 10 ×, וואָס האט 1,208,499 סנפּס און 416,070 ינדעלס.פילאָגענעטיק אַנאַליסיס אויף די 194 שורות געוויזן אַז די שורות קענען זיין צעטיילט אין דריי עקאָטיפּעס, פרילינג, זומער און האַרבסט.אין אַדישאַן, באַפעלקערונג סטרוקטור און פּקאַ אַנאַליסיס אנגעוויזן אַז פרילינג כינעזיש קרויט איז ערידזשאַנייטאַד פון אַ האַרבסט קרויט אין שאַנדאָנג, טשיינאַ.די זענען דערנאָך באַקענענ צו קארעע און יאַפּאַן, קראָסט מיט היגע שורות און עטלעכע שפּעט-באָלטינג ווערייאַטיז פון זיי זענען באַקענענ צוריק צו טשיינאַ און לעסאָף געווארן פרילינג כינעזיש קרויט.
גענאָמע-ברייט סקאַנינג אויף פרילינג כינעזיש קאַבידזשיז און האַרבסט קאַבידזשיז אויף סעלעקציע אנטפלעקט 23 גענאָמיק לאָקי וואָס האָבן דורכגעקאָכט אַ שטאַרק סעלעקציע, צוויי פון וואָס זענען אָוווערלאַפּט מיט באָולטינג צייט קאַנטראָולינג געגנט באזירט אויף QTL-מאַפּינג.די צוויי מקומות זענען געפֿונען צו אַנטהאַלטן שליסל גענעס וואָס רעגולירן פלאַוערינג, BrVIN3.1 און BrFLC1.די צוויי גענעס זענען נאָך באשטעטיקט צו זיין ינוואַלווד אין באָלטינג צייט דורך טראַנסקריפּטאָמע לערנען און טראַנסגעניק יקספּעראַמאַנץ.
 באַפעלקערונג סטרוקטור אַנאַליסיס אויף כינעזיש קאַבידזשיז |  גענעטיק אינפֿאָרמאַציע אויף כינעזיש קרויט סעלעקציע |
טאָנגבינג, עט על."א גענאָמיק ווערייישאַן מאַפּע גיט ינסייץ אין די גענעטיק יקער פון פרילינג כינעזיש קרויט (Brassica rapa ssp.pekinensis) סעלעקציע."מאָלעקולאַר געוויקסן,11 (2018): 1360-1376.
