פול-לענג mRNA סיקווענסינג-נאַנאָפּאָר
פֿעיִטשערז
● כאַפּן פון פּאָלי-A mRNA נאכגעפאָלגט דורך cDNA סינטעז און ביבליאָטעק צוגרייטונג
● סיקווענסינג פון די פול-לענג טראַנסקריפּטן
● ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז באַזירט אויף אַליינמאַנט צו אַ רעפֿערענץ גענאָם
● ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז נעמט אַרײַן ניט נאָר אויסדרוק אויף גען און יסאָפאָרם-לעוועל, נאָר אויך אַנאַליז פון lncRNA, גען פוסיאָנס, פּאָלי-אַדענילאַטיאָן און גען סטרוקטור
סערוויס מעלות
●קוואַנטיפיקאַציע פון אויסדרוק אויף די יסאָפאָרם מדרגהערמעגליכן דעטאלירטע און גענויע אויסדרוק אנאליז, אויפדעקן ענדערונגען וואס קענען ווערן פארשטעקט ווען מען אנאליזירט די גאנצע גענע אויסדרוק
●רעדוצירטע דאַטן פאָדערונגען:קאַמפּערד צו נעקסט-גענעראַציע סיקוואַנסינג (NGS), ווייַזט נאַנאָפּאָר סיקוואַנסינג נידעריקערע דאַטן רעקווייערמענץ, וואָס אַלאַוז פֿאַר עקוויוואַלענט לעוועלס פון גען אויסדרוק קוואַנטיפאַקיישאַן סאַטוראַטיאָן מיט קלענערער דאַטן.
●העכערע אַקיעראַסי פון אויסדרוק קוואַנטיפיקאַציעסיי אויף גען און סיי אויף יסאָפאָרם לעוועל
●אידענטיפֿיקאַציע פֿון נאָך טראַנסקריפּטאָמישע אינפֿאָרמאַציעאַלטערנאַטיווע פּאָליאַדענילאַציע, פיוזשאַן גענעס און lcnRNA און זייערע ציל גענעס
●ברייטע עקספּערטיזאונדזער מאַנשאַפֿט ברענגט אַ רייַכטום פֿון דערפֿאַרונג צו יעדן פּראָיעקט, נאָכדעם וואָס זיי האָבן פֿאַרענדיקט איבער 850 נאַנאָפּאָר פֿול-לענג טראַנסקריפּטאָם פּראָיעקטן און פּראַסעסט איבער 8,000 מוסטערן.
●נאָך-פאַרקויף שטיצעאונדזער צוזאג גייט ווייטער ווי נאָר די פֿאַרענדיקונג פֿון פּראָיעקטן, מיט אַ 3-חודשיקן נאָך-פֿאַרקויף סערוויס פּעריאָד. בעת דעם צייט, אָפֿערן מיר פּראָיעקט נאָכפֿאָלגן, הילף מיט פּראָבלעם-לייזונג, און פֿראַגע-און-ענטפֿער סעסיעס צו אַדרעסירן יעדע פֿראַגע וואָס איז פֿאַרבונדן מיט די רעזולטאַטן.
מוסטער רעקווייערמענץ און ליפערונג
| ביבליאָטעק | סיקווענסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאָמענדירט | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| פּאָלי א ענריטשט | נאַנאָפּאָר פּראָמעטהיאָן 48 | 6/12 גיגאבייט | דורכשניטלעכע קוואַליטעט כעזשבן: Q10 |
מוסטער רעקווייערמענץ:
נוקלעאָטידן:
| קאָנצ. (נג/μל) | סומע (μg) | ריינקייט | אָרנטלעכקייט |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 באגרענעצטע אדער קיין פּראָטעין אדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פֿאַר געוויקסן: RIN≥7.0; פֿאַר חיות: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעליין הייך |
● פלאַנצן:
וואָרצל, שטאַם אָדער בלעטל: 450 מג
בלאַט אָדער זוימען: 300 מג
פרוכט: 1.2 ג
● חיה:
האַרץ אָדער קישקע: 300 מג
אינעווייניג אדער מוח: 240 מג
מוסקל: 450 מג
ביינער, האָר אָדער הויט: 1 ג
● אַרטראָפּאָדן:
אינסעקטן: 6 ג
קראַסטאַסעאַ: 300 מג
● גאַנצע בלוט1 רער
● צעלן: 106 צעלן
רעקאָמענדירטע מוסטער ליפערונג
קאַנטיינער: 2 מל צענטריפוגע רער (בלויע פאָליע איז נישט רעקאָמענדירט)
מוסטער באצייכענונג: גרופּירן+רעפּליקאַטן למשל A1, A2, A3; B1, B2, B3.
שיפמענט:
1. טרוקן-אייז: מוסטערן דאַרפֿן זײַן פֿאַרפּאַקט אין זעקלעך און באַגראָבן אין טרוקן-אייז.
2. RNAstable טובעס: RNA מוסטערן קענען געטריקנט ווערן אין RNA סטאַביליזאַציע טוב (למשל RNAstable®) און געשיקט ווערן ביי צימער טעמפּעראַטור.
סערוויס אַרבעט פלוס
נוקלעאָטידן:
מוסטער ליפערונג
ביבליאָטעק קאַנסטרוקציע
סיקווענסינג
דאַטן אַנאַליז
נאך-פארקויף סערוויסעס
סערוויס אַרבעט פלוס
געוועב:
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער ליפערונג
רנאַ עקסטראַקציע
ביבליאָטעק קאַנסטרוקציע
סיקווענסינג
דאַטן אַנאַליז
נאך-פארקויף סערוויסעס
● רויע דאַטן פּראַסעסינג
● טראַנסקריפּט אידענטיפֿיקאַציע
● אַלטערנאַטיווע ספּלייסינג
● אויסדרוק קוואַנטיפיקאַציע אין גען לעוועל און יסאָפאָרם לעוועל
● דיפערענציעלע אויסדרוק אנאליז
● פונקציע אנאטאציע און אנרייכערונג (DEGs און DETs)
אַלטערנאַטיווע ספּלייסינג אַנאַליז
אַלטערנאַטיווע פּאָליאַדענילאַטיאָן אַנאַליז (APA)
lncRNA פּראָגנאָז
אַנאָטאַציע פון ראָמאַן גענעס
קלאַסטערינג פון DETs
פּראָטעין-פּראָטעין נעטוואָרקס אין DEGs
אויספאָרשן די פֿאָרשריטן וואָס זענען געוואָרן ערמעגליכט דורך BMKGene'ס Nanopore פֿול-לענג mRNA סיקוואַנסינג באַדינונגען דורך אַ קוראַטירטע זאַמלונג פֿון פּובליקאַציעס.
גאָנג, ב. און אַנדערע (2023) 'עפּיגענעטישע און טראַנסקריפּציאָנעלע אַקטיוואַציע פון דער סעקרעטאָרישער קינאַזע FAM20C ווי אַן אָנקאָגענע אין גליאָמאַ', זשורנאַל פון דזשענעטיקס און גענאָמיקס, 50(6), זז. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
ער, ז. און אנדערע (2023) 'פול-לענג טראַנסקריפּטאָם סיקווענסינג פון לימפאָסיטעס רעאַגירן צו IFN-γ אַנטפּלעקט אַ Th1-סקיוד ימיון ענטפער אין פלאַנדער (Paralichthys olivaceus)', פיש און שעלפיש ימיונאָלאָגי, 134, ז. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
מאַ, י. און אַנדערע (2023) 'פאַרגלייַכנדיקע אַנאַליז פון PacBio און ONT RNA סיקווענסינג מעטאָדן פֿאַר נעמאָפּילעמאַ נאָמוראַי גיפט אידענטיפיקאַציע', גענאָמיקס, 115(6), ז. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
יו, ד. און אנדערע (2023) 'נאנא-סיקוו אנאליז ווייזט אויף אן אנדער פונקציאנעלער טענדענץ צווישן עקסאסאמען און מיקראוועסיקלען דעריוואטירט פון hUMSC', סטעם צעל פארשונג און טעראפיע, 14(1), זז. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/טאבלעטן/6.
