פּראָדוקטן

גאַנץ-לענג מרנאַ סיקוואַנסינג-נאַנאָפּאָרע

רנאַ סיקוואַנסינג איז געווען אַן ינוואַליאַבאַל געצייַג פֿאַר פולשטענדיק טראַנסקריפּטאָמע אַנאַליסיס.סאָפעק, טראדיציאנעלן קורץ-לייענען סיקוואַנסינג אַטשיווד פילע וויכטיק אַנטוויקלונג אין דאָ.פונדעסטוועגן, עס אָפט ינקאַונטערז לימיטיישאַנז אין פול-לענג יסאָפאָרם לעגיטימאַציע, קוואַנטאַפאַקיישאַן, פּקר פאָרורטייל.

נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסינג דיסטינגגווישיז זיך פון אנדערע סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמס, אין אַז די נוקלעאָטידעס זענען לייענען גלייַך אָן דנאַ סינטעז און דזשענערייץ לאַנג לייענען אין טענס פון קילאָבאַסעס.דאָס ימפּאַוערז דירעקט לייענען-אויס אַריבער פול-לענג טראַנסקריפּץ און טאַקלינג די טשאַלאַנדזשיז אין יסאָפאָרם-מדרגה שטודיום.

פּלאַטפאָרמע:נאַנאָפּאָרע פּראָמעטיאָן

ביבליאָטעק:cDNA-PCR

רוף אונז

סערוויס דעטאַילס

דעמאָ רעזולטאַטן

קאַסע סטודיע

סערוויס אַדוואַנטאַגעס

● נידעריק סיקוואַנס פאָרורטייל

● רעוועאַלינג פול-לענג קדנאַ מאַלאַקיולז

● ווייניקער דאַטן פארלאנגט צו דעקן די זעלבע נומער פון טראַנסקריפּץ

● לעגיטימאַציע פון קייפל יסאָפאָרמס פּער דזשין

● עקספּרעססיאָן קוואַנטיפיקאַטיאָן אין יסאָפאָרם מדרגה

סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז

ביבליאָטעק

פּלאַטפאָרמע

רעקאָממענדעד דאַטן טראָגן (גב)

קוואַליטעט קאָנטראָל

cDNA-PCR (Poly-A ענריטשט)

נאַנאָפּאָרע פּראָמעהיאָן פּ48

6 גיגאבייט / מוסטער (דיפּענדינג אויף מינים)

גאַנץ-לענג פאַרהעלטעניש - 70%

דורכשניטלעך קוואַליטעט כעזשבן: ק10

ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס

●רוי דאַטן פּראַסעסינג

● טראַנסקריפּט לעגיטימאַציע

● אַלטערנאַטיווע ספּלייינג

● עקספּרעססיאָן קוואַנטאַפאַקיישאַן אין דזשין מדרגה און יסאָפאָרם מדרגה

● דיפפערענטשאַל אויסדרוק אַנאַליסיס

● פונקציע אַנאָטאַציע און ענריטשמענט (DEGs און DETs)

מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס

מוסטער רעקווירעמענץ:

נוקלעאָטידע:

קאָנס. (נג/μל)

סומע (μg)

ריינקייַט

אָרנטלעכקייַט

≥ 100

≥ 0.6

OD260/280=1.7-2.5

אָד260/230=0.5-2.5

לימיטעד אָדער קיין פּראָטעין אָדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל.

פֿאַר געוויקסן: RIN≥7.0;

פֿאַר אַנימאַלס: RIN≥7.5;

5.0≥28S/18S≥1.0;

לימיטעד אָדער קיין באַסעלינע הייך

געוועב: וואָג (טרוקן): ≥1 ג

* פֿאַר געוועב קלענערער ווי 5 מג, מיר רעקאָמענדירן צו שיקן פלאַש פאַרפרוירן (אין פליסיק ניטראָגען) געוועב מוסטער.

צעל סאַספּענשאַן: צעל ציילן = 3 × 10⁶- 1×10⁷

* מיר רעקאָמענדירן צו שיקן פאַרפרוירן צעל ליסאַטע.אין פאַל אַז צעל קאַונץ קלענערער ווי 5 × 10⁵, בליץ פאַרפרוירן אין פליסיק ניטראָגען איז רעקאַמענדיד, וואָס איז בילכער פֿאַר מיקראָ יקסטראַקשאַן.

בלוט סאַמפּאַלז: באַנד≥1 מל

רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס

קאַנטיינער: 2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)

מוסטער לייבלינג: גרופע + רעפּלאַקייט למשל A1, A2, A3;ב 1, ב 2, ב 3 ... ...

טראַנספּאָרט: 2、 טרוקן-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס און בעריד אין טרוקן-אייז.

רנאַסטאַבלע טובז: רנאַ סאַמפּאַלז קענען זיין דאַר אין רנאַ סטייבאַלאַזיישאַן רער (למשל רנאַסטאַבלע®) און שיפּט אין צימער טעמפּעראַטור.

סערוויס אַרבעט לויפן

נוקלעאָטידע:

מוסטער עקספּרעס

ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן

סיקוואַנסינג

דאַטאַ אַנאַליסיס

נאָך-פאַרקויף באַדינונגען

סערוויס אַרבעט לויפן

געוועב:

עקספּערימענט פּלאַן

מוסטער עקספּרעס

רנאַ יקסטראַקשאַן

ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן

סיקוואַנסינג

דאַטאַ אַנאַליסיס

נאָך-פאַרקויף באַדינונגען

פֿריִער: גאַנץ-לענג מרנאַ סיקוואַנסינג -PacBio

ווייַטער: 10x Genomics Visium ספּיישאַל טראַנסקריפּטאָמע

1.אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַל אויסדרוק - ווולקאַן פּלאַנעווען

אַנאַליסיס פון דיפערענטשאַל אויסדרוק קענען זיין פּראַסעסט אין ביידע דזשין מדרגה צו ידענטיפיצירן דיפערענטשאַלי אויסגעדריקט גענעס (DEGs) און אין יסאָפאָרם מדרגה צו ידענטיפיצירן דיפערענטשאַלי

3(1)

אויסגעדריקט טראַנסקריפּץ (DETs)

2.כייראַרקאַקאַל קלאַסטערינג העאַטמאַפּ

3.אָלטערנאַטיוו ספּליסינג לעגיטימאַציע און קלאַסאַפאַקיישאַן

פינף טייפּס פון אָלטערנאַטיוו ספּלייינג געשעענישן קענען זיין פּרעדיקטעד דורך Astalavista.

4.אָלטערנאַטיוו פּאָלי-אַדענילאַטיאָן (APA) געשעענישן לעגיטימאַציע און מאָטיוו ביי 50 בפּ אַפּסטרים פון פּאָלי-א

BMK קאַסע

אַלטערנאַטיווע ספּלייינג לעגיטימאַציע און יסאָפאָרם-מדרגה קוואַנטאַפאַקיישאַן דורך נאַנאָפּאָרע פול-לענג טראַנסקריפּטאָמע סיקוואַנסינג

ארויס:נאַטור קאָמוניקאַציע, 2020

סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:

גרופּינג: 1. קלל-ספ3ב1 (ווט);2. CLL-SF3B1 (K700E מיוטיישאַן);3. נאָרמאַל ב-סעלז

סיקוואַנסינג סטראַטעגיע: MinION 2D ביבליאָטעק סיקוואַנסינג, PromethION 1D ביבליאָטעק סיקוואַנסינג;קורץ-לייענען דאַטן פון זעלביקער סאַמפּאַלז

סיקוואַנסינג פּלאַטפאָרמע: נאַנאָפּאָרע מיניאָן;נאַנאָפּאָרע פּראָמעהיאָן;

שליסל רעזולטאַטן

1.יסאָפאָרם-מדרגה אַלטערנאַטיווע ספּליסינג לעגיטימאַציע

לאַנג-לייענען סיקוואַנסיז ימפּאַוערז לעגיטימאַציע פון מוטאַנט SF3B1^K700E- אָלטערד ספּלייס זייטלעך אין יסאָפאָרם-מדרגה.35 אָלטערנאַטיוו 3′SSs און 10 אַלטערנאַטיווע 5′SSs זענען געפֿונען צו זיין באטייטיק דיפערענטשאַלי ספּלייסט צווישן SF3B1^K700Eאון SF3B1^WT.33 פון די 35 אָלטעריישאַנז זענען ניי דיסקאַווערד דורך לאַנג-לייענען סיקוואַנסיז.

2.יסאָפאָרם-מדרגה אַלטערנאַטיווע ספּליסינג קוואַנטיפיקאַטיאָן

אויסדרוק פון ינטראָן ריטענשאַן (יר) יסאָפאָרמס אין SF3B1^K700Eאון SF3B1^WTזענען קוואַנטאַפייד באזירט אויף נאַנאָפּאָרע סיקוואַנסיז, ריווילינג אַ גלאבאלע אַראָפּ-רעגולירן פון יר יסאָפאָרמס אין SF3B1^K700E.

רעפערענץ

Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, עט על.גאַנץ-לענג טראַנסקריפּט קעראַקטעריסטיקס פון SF3B1 מיוטיישאַן אין כראָניש לימפאָסיטיק לוקימיאַ ריווילז דאַונרעגולאַטיאָן פון ריטיינד ינטראָנס [J].נאַטור קאָמוניקאַציע.