Hi-C באזירט גענאָמע אַסעמבלי
סערוויס אַדוואַנטאַגעס
איבערבליק פון Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,וויסנשאַפֿט, 2009)
● ניט דאַרפֿן אין קאַנסטראַקטינג גענעטיק באַפעלקערונג פֿאַר קאָנטיג אַנגקערינג;
● העכער מאַרקער געדיכטקייַט לידינג צו העכער קאָנטיגס אַנגקערינג פאַרהעלטעניש העכער 90%;
● ינייבאַלז אפשאצונג און קערעקשאַנז אויף יגזיסטינג גענאָמע אַסעמבליז;
● קירצער קער-אַרום צייט מיט העכער אַקיעראַסי אין גענאָמע פֿאַרזאַמלונג;
● שעפעדיק דערפאַרונג מיט איבער 1000 הי-C לייברעריז קאַנסטראַקטאַד פֿאַר איבער 500 מינים;
● איבער 100 געראָטן קאַסעס מיט אַקיומיאַלאַטיוו ארויס פּראַל פאַקטאָר פון איבער 760;
● הי-C באזירט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג פֿאַר פּאָליפּלאָיד גענאָמע, 100% אַנגקערינג קורס איז אַטשיווד אין פרייַערדיק פּרויעקט;
● אין-הויז פּאַטענץ און ווייכווארג קאַפּירייץ פֿאַר הי-C יקספּעראַמאַנץ און דאַטן אַנאַליסיס;
● זיך-דעוועלאָפּעד וויזשוואַלייזד דאַטן טונינג ווייכווארג, ינייבאַלז מאַנואַל בלאָק מאָווינג, ריווערסינג, ריוואָוקינג און רידוינג.
סערוויס ספּעסאַפאַקיישאַנז
|
ביבליאָטעק טיפּ
|
פּלאַטפאָרמע | לייענען לענג | רעקאָמענדירן סטראַטעגיע |
| הי-סי | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
ביאָינפאָרמאַטיקס אַנאַליסיס
● רוי דאַטן קוואַליטעט קאָנטראָל
● הי-C ביבליאָטעק קוואַליטעט קאָנטראָל
● הי-C באזירט גענאָמע פֿאַרזאַמלונג
● פּאָסט-פֿאַרזאַמלונג אפשאצונג
מוסטער רעקווירעמענץ און עקספּרעס
מוסטער רעקווירעמענץ:
| כייַע | פונגוס | פּלאַנץ
|
| פאַרפרוירן געוועב: 1-2 ג פּער ביבליאָטעק סעלז: 1x 10^7 סעלז פּער ביבליאָטעק | פאַרפרוירן געוועב: 1 ג פּער ביבליאָטעק | פאַרפרוירן געוועב: 1-2 ג פּער ביבליאָטעק
|
| * מיר שטארק רעקאָמענדירן צו שיקן בייַ מינדסטער 2 אַליקוואַץ (1 ג יעדער) פֿאַר די Hi-C עקספּערימענט. | ||
רעקאַמענדיד מוסטער עקספּרעס
קאַנטיינער: 2 מל סענטריפודזש רער (צין שטער איז נישט רעקאַמענדיד)
פֿאַר רובֿ סאַמפּאַלז, מיר רעקאָמענדירן נישט צו ופהיטן אין עטאַנאָל.
מוסטער לייבלינג: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין קלאר לייבאַלד און יידעניקאַל צו דערלאנגט מוסטער אינפֿאָרמאַציע פאָרעם.
טראַנספּאָרט: טרוקן-אייז: סאַמפּאַלז דאַרפֿן צו זיין פּאַקט אין באַגס ערשטער און בעריד אין טרוקן-אייז.
סערוויס אַרבעט לויפן
עקספּערימענט פּלאַן
מוסטער עקספּרעס
דנאַ יקסטראַקשאַן
ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן
סיקוואַנסינג
דאַטאַ אַנאַליסיס
נאָך-פאַרקויף באַדינונגען
*דעמאָ רעזולטאַטן געוויזן דאָ זענען אַלע פֿון גענאָמעס ארויס מיט Biomarker Technologies
1.הי-C ינטעראַקשאַן היץ מאַפּע פוןCamptotheca acuminataגענאָמע.ווי געוויזן אויף דער מאַפּע, די ינטענסיטי פון ינטעראַקשאַנז איז נעגאַטיוולי קאָראַלייטאַד מיט די לינעאַר דיסטאַנסע, וואָס ינדיקייץ אַ העכסט-פּינטלעך כראָמאָסאָם-מדרגה פֿאַרזאַמלונג.(אַנקערינג פאַרהעלטעניש: 96.03%)
Kang M et al.,נאַטור קאָמוניקאַציע, 2021
2.Hi-C פאַסילאַטייטיד די וואַלאַדיישאַן פון ינווערזשאַנז צווישןGossypium hirsutumל טמ-1 אַ06 אוןדזשי אַרבאָרעוםChr06
יאַנג ז עט על.,נאַטור קאָמוניקאַציע, 2019
3. אַסעמבלי און ביאַלעלליק דיפערענשייישאַן פון די קאַססאַוואַ גענאָמע סק205.Hi-C העאַטמאַפּ געוויזן קלאָר שפּאַלטן אין האָמאָלאָגאָוס טשראָמאָסאָומז.
הו ועט על.,מאָלעקולאַר פּלאַנט, 2021
4.Hi-C העאַטמאַפּ אויף צוויי פיקוס מינים גענאָמע פֿאַרזאַמלונג:פ.מיקראָקאַרפּאַ(אַנקערינג פאַרהעלטעניש: 99.3%) אוןפ.היספּידאַ (אַנקערינג פאַרהעלטעניש: 99.7%)
זשאַנג X עט על.,צעל, 2020
BMK קאַסע
גענאָמעס פון די באַניאַן בוים און פּאַלינאַטאָר וועספּ צושטעלן ינסייץ אין פייַג-וועספּ קאָעוואַלושאַן
ארויס: צעל, 2020
סיקוואַנסינג סטראַטעגיע:
עף מיקראָקאַרפּאַ גענאָמע: בעערעך.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidaגענאָמע: בעערעך.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillataגענאָמע: בעערעך.170 X PacBio RSII (65 גיגאבייט)
שליסל רעזולטאַטן
1.צוויי באַניאַן בוים גענאָמעס און איין פּאַלינאַטאָר וועספּ גענאָמע זענען קאַנסטראַקטאַד ניצן PacBio סיקוואַנסינג, הי-C און לינגקאַדזש מאַפּע.
(1)עף מיקראָקאַרפּאַגענאָמע: אַ פֿאַרזאַמלונג פון 426 מב (97.7% פון עסטימאַטעד גענאָמע גרייס) איז געגרינדעט מיט אַ קאָנטיג N50 פון 908 Kb, BUSCO כעזשבן פון 95.6%.אין גאַנץ 423 מב סיקוואַנסיז זענען אַנגקערד צו 13 טשראָמאָסאָומז דורך Hi-C.גענאָמע אַנאַטיישאַן האט 29,416 פּראָטעין-קאָדינג גענעס.
(2)פ היספידאגענאָמע: אַ פֿאַרזאַמלונג פון 360 מב (97.3% פון עסטימאַטעד גענאָמע גרייס) איז געווען טראָגן מיט קאַנטיג N50 פון 492 קב און BUSCO כעזשבן פון 97.4%.א גאַנץ פון 359 מב סיקוואַנסיז זענען אַנגקערד אויף 14 טשראָמאָסאָומז דורך Hi-C און העכסט יידעניקאַל צו הויך-געדיכטקייַט לינגקאַדזש מאַפּע.
(3)Eupristina verticillataגענאָמע: אַ פֿאַרזאַמלונג פון 387 מב (עסטימאַטעד גענאָמע גרייס: 382 מב) איז געגרינדעט מיט אַ קאָנטיג N50 פון 3.1 מב און BUSCO כעזשבן פון 97.7%.
2.קאָמפּאַראַטיווע גענאָמיקס אַנאַליסיס אנטפלעקט גרויס נומער פון סטרוקטור ווערייישאַנז צווישן צווייפיקוסגענאָמעס, וואָס צוגעשטעלט ינוואַליאַבאַל גענעטיק מיטל פֿאַר אַדאַפּטיוו עוואָלוציע שטודיום.דעם לערנען, פֿאַר די ערשטער מאָל, צוגעשטעלט ינסייץ אין פייג-וועספּ קאָעוואַלושאַן אויף גענאָמיק מדרגה.
 סירקאָס דיאַגראַמע אויף גענאָמיק פֿעיִקייטן פון צווייפיקוסגענאָמעס, אַרייַנגערעכנט טשראָמאָסאָומז, סעגמענטאַל דופּליקיישאַנז (SDs), טראַנספּאָסאָנס (LTR, TEs, DNA TEs), דזשין אויסדרוק און סינטעני |  לעגיטימאַציע פון די י כראָמאָסאָם און געשלעכט באַשטימונג קאַנדידאַט דזשין |
זשאַנג, X., עט על."גענאָמעס פון די באַניאַן בוים און פּאַללינאַטאָר וועספּ צושטעלן ינסייץ אין פייג-וואַספּ קאָעוואַלושאַן."צעל 183.4 (2020).
