פּאַקביאָ 2+3 פול-לענג mRNA לייזונג
פֿעיִטשערז
● שטודיע פּלאַן:
צוזאַמענגעשטעלטע מוסטער סיקווענסט מיט פּאַקביאָ צו ידענטיפיצירן טראַנסקריפּט יסאָפאָרמס
באַזונדערע מוסטערן (רעפּליקאַטן און באַדינגונגען צו ווערן געטעסט) סיקווענסט מיטNGS צו קוואַנטיפיצירן טראַנסקריפּט אויסדרוק
● פּאַקביאָ סיקווענסינג אין CCS מאָדע, דזשענערייטינג HiFi לייענט
● סיקווענסינג פון די פול-לענג טראַנסקריפּטן
● אנאליז פארלאנגט נישט קיין רעפערענץ גענאם; אבער עס קען ווערן גענוצט
● ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז נעמט אַרײַן ניט נאָר אויסדרוק אויף גען און יסאָפאָרם-לעוועל, נאָר אויך אַנאַליז פון lncRNA, גען פיוזשאַנז, פּאָלי-אַדענילאַטיאָן, און גען סטרוקטור
מעלות
● הויכע גענויקייטHiFi לייענט מיט אקוראטקייט >99.9% (Q30), פארגלייכבאר צו NGS
● אַלטערנאַטיווע ספּלייסינג אַנאַליזסיקווענסינג אַלע טראַנסקריפּטן ערמעגליכט יסאָפאָרם אידענטיפיקאַציע און כאַראַקטעריזאַציע.
● קאָמבינאַציע פֿון PacBio און NGS שטאַרקייטןעס ערמעגליכט קוואַנטיפֿיקאַציע פֿון אויסדרוק אויף דער יסאָפֿאָרם מדרגה, אַנטפּלעקנדיק ענדערונגען וואָס קענען זיין פֿאַרשטעקט ווען מען אַנאַליזירט די גאַנצע גענע אויסדרוק.
● ברייטע עקספּערטיזמיר האָבן פּראַסעסט איבער 2300 מוסטערן, אונדזער מאַנשאַפֿט ברענגט אַ גרויסע רייַכקייט פון דערפאַרונג צו יעדן פּראָיעקט.
● שטיצע נאָך פארקויפונגאונדזער צוזאג גייט ווייטער ווי נאָר די פֿאַרענדיקונג פֿון פּראָיעקטן, מיט אַ 3-חודשיקן נאָך-פֿאַרקויף סערוויס פּעריאָד. בעת דעם צייט, אָפֿערן מיר פּראָיעקט נאָכפֿאָלגן, הילף מיט פּראָבלעם-לייזונג, און פֿראַגע-און-ענטפֿער סעסיעס צו אַדרעסירן יעדע פֿראַגע וואָס איז פֿאַרבונדן מיט די רעזולטאַטן.
מוסטער רעקווייערמענץ און ליפערונג
| ביבליאָטעק | סיקווענסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאָמענדירט | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| פּאָליאַ ענריטשט mRNA CCS ביבליאָטעק | פּאַקביאָ סיקוואַל 2 פּאַקביאָ רעוויאָ | 20/40 גיגאבייט 5/10 M CCS | ק30≥85% |
| פּאָלי א ענריטשט | אילומינאַ PE150 | 6-10 גיגאבייט | ק30≥85% |
נוקלעאָטידן
|
| קאָנצ. (נג/μל) | סומע (μg) | ריינקייט | אָרנטלעכקייט |
| אילומינאַ ביבליאָטעק | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 באגרענעצטע אדער קיין פּראָטעין אדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פֿאַר געוויקסן: RIN≥4.0; פֿאַר חיות: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעליין הייך |
| פּאַקביאָ ביבליאָטעק | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 באגרענעצטע אדער קיין פּראָטעין אדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | פלאַנצן: RIN≥7.5 חיות: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; לימיטעד אָדער קיין באַסעליין הייך |
רעקאָמענדירטע מוסטער ליפערונג
קאַנטיינער: 2 מל צענטריפוגע רער (בלויע פאָליע איז נישט רעקאָמענדירט)
מוסטער באצייכענונג: גרופּירן+רעפּליקאַטן למשל A1, A2, A3; B1, B2, B3.
שיפמענט:
1. טרוקן-אייז:מוסטערן דאַרפֿן זײַן פֿאַרפּאַקט אין זעקלעך און באַגראָבן אין טרוקן-אײַז.
2. RNAstable טובעס: RNA מוסטערן קענען געטריקנט ווערן אין RNA סטאַביליזאַציע טוב (למשל RNAstable®) און געשיקט ווערן ביי צימער טעמפּעראַטור.
כולל די פאלגענדע אנאליז:
- רויע דאַטן
- קוואַליטעט קאָנטראָל
- אַלטערנאַטיווע פּאָליאַדענילאַטיאָן אַנאַליז (APA)
- פיוזשאַן טראַנסקריפּט אַנאַליז
- אַלטערנאַטיווע ספּלייסינג אַנאַליז
- בענטשמאַרקינג אוניווערסאַל סינגל-קאָפּיע אָרטהאָלאָגס (BUSCO) אַנאַליז
- ראָמאַן טראַנסקריפּט אַנאַליז: פאָרויסזאָגן פון קאָדירונג סיקוואַנסן (CDS) און פאַנגקשאַנאַל אַנאָטאַציע
- lncRNA אנאליז: פאראויסזאגונג פון lncRNA און צילן
- מיקראָסאַטעליט אידענטיפיקאציע (SSR)
- דיפערענציעל אויסגעדריקטע טראַנסקריפּץ (DETs) אַנאַליז
- דיפערענציעל אויסגעדריקטע גענעס (DEGs) אנאליז
- פונקציאָנעלע אַנאָטאַציע פון DEGs און DETs
BUSCO אנאליז
אַלטערנאַטיווע ספּלייסינג אַנאַליז
אַלטערנאַטיווע פּאָליאַדענילאַטיאָן אַנאַליז (APA)
דיפערענציעל אויסגעדריקטע גענעס (DEGs) און טראַנסקריפּטן (DETs9 אַנאַליז)
פּראָטעין-פּראָטעין אינטעראַקציע נעטוואָרקס פון DETs און DEGs
אויספאָרשן די פֿאָרשריטן וואָס זענען געוואָרן ערמעגליכט דורך BMKGene'ס PacBio 2+3 פֿול-לענג mRNA סיקווענסינג דורך אַ קוראַטירטע זאַמלונג פֿון פּובליקאַציעס.
טשאַאָ, ק. און אַנדערע (2019) 'די אַנטוויקלונגס דינאַמיק פון די פּאָפּולוס שטאַם טראַנסקריפּטאָם',פלאַנצן ביאָטעכנאָלאָגיע זשורנאַל, 17(1), זז. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
דענג, ה. און אנדערע (2022) 'דינאמישע ענדערונגען אין אסקאָרביק זויער אינהאַלט בעת פרוכט אַנטוויקלונג און רייפּאַנינג פון אַקטינידיאַ לאַטיפאָליאַ (אַן אַסקאָרבאַט-רייַך פרוכט גערעטעניש) און די פֿאַרבונדענע מאָלעקולאַרע מעקאַניזמען',אינטערנאציאנאלער זשורנאַל פון מאָלעקולאַרע וויסנשאַפֿטן, 23(10), פּ. 5808. דאָי: 10.3390/IJMS23105808/S1.
הואַ, קס. און אַנדערע (2022) 'עפעקטיווע פאָרויסזאָגן פון ביאָסינטעטישע פּאַטוויי גענעס וואָס זענען ינוואַלווד אין ביאָאַקטיווע פּאָליפיללינס אין פּאַריזער פּאָליפיללאַ',קאָמוניקאַציע ביאָלאָגיע2022 5:1, 5(1), זז. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ליו, מ. און אנדערע (2023) 'קאמבינירטע PacBio Iso-Seq און Illumina RNA-Seq אנאליז פון די Tuta absoluta (Meyrick) טראַנסקריפּטאָם און Cytochrome P450 גענעס',אינסעקטן, 14(4), ז. 363. דוי: 10.3390/אינסעקטס14040363/ס1.
וואַנג, לידזשון און אַנדערע (2019) 'אַן איבערבליק פון טראַנסקריפּטאָם קאָמפּלעקסיטעט ניצנדיק PacBio איין-מאָלעקול רעאַל-צייט אַנאַליז קאַמביינד מיט Illumina RNA סיקוואַנסינג פֿאַר אַ בעסער פארשטאנד פון ריסינאָלעיק זויער ביאָסינטעז אין Ricinus communis',בי-עם-סי גענאמיקס, 20(1), זז. 1–17. דוי: 10.1186/S12864-019-5832-9/פיגורן/7.
