פּראָקאַריאָטיש רנאַ סיקווענסינג
פֿעיִטשערז
● רנאַ מוסטער פּראַסעסינג האָט אַרייַנגענומען rRNA דיפּלישאַן און דערנאָך דירעקשאַנאַל רנאַ ביבליאָטעק צוגרייטונג.
● ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז באַזירט אויף אַליינמאַנט צו אַ רעפֿערענץ גענאָם
● אנאליז נעמט אריין גען אויסדרוק און DEGs אבער אויך טראנסקריפט סטרוקטור און sRNA אנאליז
סערוויס מעלות
●שטרענגע קוואַליטעט קאָנטראָלמיר אימפּלעמענטירן קערן קאָנטראָל פּונקטן איבער אַלע סטאַגעס, פֿון מוסטער און ביבליאָטעק צוגרייטונג ביז סיקווענסינג און ביאָאינפֿאָרמאַטיק. די קערפֿולע מאָניטאָרינג גאַראַנטירט די צושטעל פֿון קאָנסיסטענט הויך-קוואַליטעט רעזולטאַטן.
●סטראַנד-ספּעציפֿיש סיקווענסינג דאַטןווײַל די RNA ביבליאָטעק צוגרייטונג איז דירעקציאָנעל, וואָס ערמעגליכט די אידענטיפֿיקאַציע פֿון אַנטי-זענס טראַנסקריפּטן.
●פולשטענדיקע אנאליז צוגעפאסט צו פראקאריאטישע טראנסקריפטאמעןדי ביאָאינפאָרמאַטישע פּייפּליין נעמט אַרײַן ניט נאָר אַנאַליז פֿון דער גענע אויסדרוק, נאָר אויך אַנאַליז פֿון דער טראַנסקריפּט סטרוקטור, אַרײַנגערעכנט אידענטיפֿיקאַציע פֿון אָפּעראָנס, UTRs און פּראָמאָטערס. עס נעמט אויך אַרײַן אַנאַליז פֿון sRNAs, נעמלעך אַנאָטאַציע און פּראָגנאָז פֿון צווייטיקער סטרוקטור און צילן.
●נאָך-פאַרקויף שטיצעאונדזער צוזאג גייט ווייטער ווי נאָר די פֿאַרענדיקונג פֿון פּראָיעקטן, מיט אַ 3-חודשיקן נאָך-פֿאַרקויף סערוויס פּעריאָד. בעת דעם צייט, אָפֿערן מיר פּראָיעקט נאָכפֿאָלגן, הילף מיט פּראָבלעם-לייזונג, און פֿראַגע-און-ענטפֿער סעסיעס צו אַדרעסירן יעדע פֿראַגע וואָס איז פֿאַרבונדן מיט די רעזולטאַטן.
מוסטער רעקווייערמענץ און ליפערונג
| ביבליאָטעק | סיקווענסינג סטראַטעגיע | דאַטן רעקאָמענדירט | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| rRNA אויסגעשעפּט ריכטונגס-ביבליאָטעק | אילומינאַ PE150 | 1-2 גיגאבייט | ק30≥85% |
מוסטער רעקווייערמענץ:
| קאָנצ. (נג/μל) | סומע (μg) | ריינקייט | אָרנטלעכקייט |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 באגרענעצטע אדער קיין פּראָטעין אדער דנאַ קאַנטאַמאַניישאַן געוויזן אויף געל. | RIN≥6.5 |
רעקאָמענדירטע מוסטער ליפערונג
קאַנטיינער: 2 מל צענטריפוגע רער (בלויע פאָליע איז נישט רעקאָמענדירט)
מוסטער באצייכענונג: גרופּירן+רעפּליקאַטן למשל A1, A2, A3; B1, B2, B3.
שיפמענט:
1. טרוקן-אייז: מוסטערן דאַרפֿן זײַן פֿאַרפּאַקט אין זעקלעך און באַגראָבן אין טרוקן-אייז.
2. RNAstable טובעס: RNA מוסטערן קענען געטריקנט ווערן אין RNA סטאַביליזאַציע טוב (למשל RNAstable®) און געשיקט ווערן ביי צימער טעמפּעראַטור.
סערוויס ארבעט פלוס
מוסטער ליפערונג
ביבליאָטעק קאַנסטרוקציע
סיקווענסינג
דאַטן אַנאַליז
נאך-פארקויף סערוויסעס
ביאָאינפאָרמאַטישע אַנאַליז וואָרקפלאָו
כולל די פאלגענדע אנאליז:
● קאָנטראָל פון רוי דאַטן קוואַליטעט
● אויסגלייַך צום רעפערענץ גענאָם
● ביבליאָטעק קוואַליטעט אַסעסמענט: RNA פראַגמענטאַציע ראַנדאָמנאַס, ינסערט גרייס און סיקוואַנסינג סאַטוראַטיאָן
● פונקציאָנעלע אַנאָטאַציע פון פאָרויסגעזאָגטע קאָדירנדיקע גענעס
● אויסדריק אנאליז: קארעלאציע און הויפט קאמפאנענט אנאליז (PCA)
● דיפערענציעלע גענע אויסדרוק (DEGs)
● פונקציאָנעלע אַנאָטאַציע און באַרייַכערונג פון DEGs
● sRNA אנאליז: פאראויסזאגונג, אנאטאציע, ציל, און צווייטיקע סטרוקטור פאראויסזאגונג
● טראַנסקריפּט סטרוקטור אַנאַליז: אָפּעראָנס, אָנהייב און ענדיקונג פּאָזיציעס, נישט-איבערגעזעצטע געגנט (UTS), פּראָמאָטער, און SNP/InDel אַנאַליז
סיקווענסינג סאַטוראַציע
פונקציאָנעלע אַנאָטאַציע פון קאָדירנדיקע גענעס
קאָרעלאַציע צווישן מוסטערן
דיפערענציעל אויסגעדריקטע גענעס (DEGs) אנאליז
פונקציאָנעלע ענריטשמענט אַנאַליז
sRNA אנאטאציע
אויספאָרשן די פֿאָרשריטן וואָס זענען געוואָרן ערמעגליכט דורך BMKGene'ס Nanopore פֿול-לענג mRNA סיקוואַנסינג באַדינונגען אין דעם אויסגעצייכנטן פּובליקאַציע.
גואַן, סי. פי. און אַנדערע (2018) 'גלאבאלע טראַנסקריפּטאָם ענדערונגען פון ביאָפילם-פאָרמינג סטאַפילאָקאָקוס עפּידערמידיס רעאַגירנדיק צו גאַנץ אַלקאַלוידז פון סאָפאָרעאַ אַלאָפּעקורוידעס',פּוילישער זשורנאַל פֿון מיקראָביאָלאָגיע, 67 (2), פּ. 223. דאָי: 10.21307/PJM-2018-024.
