רידוסט רעפּרעזענטאַציע ביסולפיט סיקוואַנסינג (RRBS)
רעדוצירטע רעפּרעזענטאַציע ביסולפֿיט סיקווענסינג (RRBS) פֿאַרלאָזט זיך אויף דער באַרײַכערונג פֿון CpG אינזל-רײַכע געגנטן דורך MspI שפּאַלטונג, און דערנאָך גרייס סעלעקציע פֿון 200-500/600 bps פֿראַגמענטן. דעריבער, ווערן נאָר געגנטן נאָענט צו CpG אינזלען סיקווענסט, בשעת יענע מיט ווײַטע CpG אינזלען ווערן אויסגעשלאָסן פֿון דער אַנאַליז. דער פּראָצעס, צוזאַמען מיט ביסולפֿיט סיקווענסינג, דערמעגלעכט הויך-רעזאָלוציע דעטעקציע פֿון DNA מעטילאַציע, און דער סיקווענסינג צוגאַנג, PE150, פֿאָקוסירט ספּעציפֿיש אויף די ענדס פֿון די ינסערץ אַנשטאָט די מיטל, וואָס פֿאַרגרעסערט די עפֿעקטיווקייט פֿון מעטילאַציע פּראָפֿילירונג.
די טעכניק איז ארויסגעקומען אלס א קאסטן-עפעקטיווע און עפעקטיווע אלטערנאטיוו צו גאנצע גענאם ביסולפיט סיקווענסינג (WGBS) אין דנ״א מעטילאציע פארשונג. כאטש WGBS גיט קאמפרעהענסיווע איינזיכטן דורך אויספארשן דעם גאנצן גענאם מיט איין באזע רעזאלוציע, קען איר הויכע קאסט זיין א באגרענעצנדיקער פאקטאר, וואס RRBS סטראטעגיש פארמינערט די דאזיקע שוועריקייט דורך סעלעקטיוו אנאליזירן א רעפרעזענטאטיוון טייל פונעם גענאם. די מעטאדאלאגיע איז אן אומשאצבארער געצייג וואס ערמעגליכט קאסטן-עפעקטיווע דנ״א מעטילאציע פארשונג און פארבעסערט וויסן פון עפיגענעטישע מעכאניזמען.
סערוויס פֿעיִטשערז
● סיקווענסינג אויף אילומינאַ נאָוואַסעק.
● פארלאנגט א רעפערענץ גענאָם.
● לאַמבדאַ דנאַ ווערט גענוצט צו מאָניטאָרירן ביסולפֿיט קאָנווערסיע עפֿעקטיווקייט.
● MspI פארדייאונג עפעקטיווקייט ווערט אויך מאָניטאָרירט.
● טאָפּל ענזיים דיידזשעסטשאַן פֿאַר פלאַנצן מוסטערן.
סערוויס מעלות
●קאָסטן-עפעקטיוו און עפעקטיוו אַלטערנאַטיוו צו WGBSעס ערמעגליכט די אנאליז צו ווערן דורכגעפירט מיט א נידעריקערן פרייז און מיט נידעריקערע מוסטער באדערפענישן.
●גאַנצע פּלאַטפאָרמע:מיר צושטעלן איין-סטאָפּ ויסגעצייכנט סערוויס פון מוסטער פּראַסעסינג, ביבליאָטעק קאַנסטראַקשאַן און סיקוואַנסינג ביז ביאָאינפאָרמאַטיק אַנאַליז.
●ברייטע עקספּערטיזמיר האָבן הצלחה אין אַ פֿאַרשיידענע סאָרטן מינים. BMKGENE ברענגט איבער אַ יאָרצענדלינג דערפאַרונג, אַ העכסט באַגאַבט אַנאַליז מאַנשאַפֿט, קאָמפּרעהענסיוו אינהאַלט, און ויסגעצייכנטע נאָך-פאַרקויף שטיצע.
סערוויס ספּעציפֿיקאַציעס
| ביבליאָטעק | סיקווענסינג סטראַטעגיע | רעקאָמענדירטע דאַטן רעזולטאַט | קוואַליטעט קאָנטראָל |
| MspI דיידזשעסטיד און ביסולפיט באהאנדלט ביבליאָטעק | אילומינאַ PE150 | 8 גיגאבייט | Q30 ≥ 85% ביסולפיט קאָנווערסיע > 99% MspI שנייד עפעקטיווקייט > 95% |
מוסטער רעקווייערמענץ
| קאָנצענטראַציע (נג/µל) | גאַנץ סומע (µg) |
| |
| גענאָמישע דנאַ | ≥ 30 | ≥ 1 | לימיטירטע דעגראַדאַציע אָדער קאַנטאַמאַניישאַן |
סערוויס ארבעט פלוס
מוסטער ליפערונג
ביבליאָטעק קאַנסטרוקציע
סיקווענסינג
דאַטן אַנאַליז
נאך-פארקויף סערוויסעס
די BI אנאליז נעמט אריין:
● רוי סיקווענסינג קוואַליטעט קאָנטראָל;
● מאַפּינג צו רעפערענץ גענאָם;
● דעטעקציע פון 5mC מעטילירטע באזעס און מאטיוו אידענטיפיקאציע;
● אנאליז פון מעטילאציע פארשפרייטונג און מוסטער פארגלייך;
● אנאליז פון דיפערענציעל מעטילירטע געגנטן (DMRs);
● פונקציאָנעלע אַנאָטאַציע פון גענעס פֿאַרבונדן מיט DMRs.
קוואַליטעט קאָנטראָל: דיידזשעסטשאַן עפעקטיווקייט (אין גענאָם מאַפּינג)
קוואַליטעט קאָנטראָל: ביסולפֿיט קאָנווערסיע (אין מעטילאַציע אינפֿאָרמאַציע עקסטראַקציע)
מעטילאַציע מאַפּע: 5mC מעטילאַציע גענאָם-ברייט פאַרשפּרייטונג
מוסטער פארגלייך: הויפט קאמפאנענט אנאליז
דיפערענציעל מעטילירטע געגנטן (DMRs) אנאליז: היץ-מאפע
אויספאָרשן די פאָרשונג פֿאָרשריטן וואָס זענען געוואָרן ערמעגליכט דורך BMKGene'ס גאַנצע גענאָם ביסולפֿיט סיקוואַנסינג באַדינונגען דורך אַ קוראַטירטע זאַמלונג פֿון פּובליקאַציעס.
לי, ז. און אנדערע (2022) 'הויך-געטרייקייט רעפּראָגראַמירן אין ליידיג-ווי צעלן דורך CRISPR אַקטיוואַציע און פּאַראַקרין פאַקטאָרן',פּי-ען-עס נעקסוס, קסנומקס (קסנומקס). דאָי: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
טיאַן, ה. און אַנדערע (2023) 'גענאָם-ברייטע דנאַ מעטילאַציע אַנאַליז פון גוף זאַץ אין כינעזישע מאָנאָזיגאָטישע צווילינגען',אייראפעישער זשורנאַל פון קלינישער אויספאָרשונג, 53(11), פּ. e14055. דאָי: 10.1111/ECI.14055.
וואו, י. און אנדערע (2022) 'דנאַ מעטילאַציע און טאַליע-צו-היפּ פאַרהעלטעניש: אַן עפּיגענאָם-ברייט אַסאָוסייישאַן שטודיע אין כינעזישע מאָנאָזיגאָטיק צווילינגען',זשורנאַל פון ענדאָקרינאָלאָגישער אויספאָרשונג, 45 (12), זז 2365-2376. דאָי: 10.1007/S40618-022-01878-4.
