10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Awọn ẹya ara ẹrọ
● Ipinnu: 100 µM
● Opin Aami: 55 µM
● Nọmba ti awọn aaye: 4992
● Agbegbe gbigba: 6.5 x 6.5 mm
● Aaye kọọkan ti barcode ti kojọpọ pẹlu awọn alakoko ti o ni awọn apakan mẹrin:
- poly(dT) iru fun priming mRNA ati cDNA kolaginni
- Idanimọ Molecular Alailẹgbẹ (UMI) lati ṣe atunṣe abosi imudara
- Aaye kooduopo
- Asopọmọra ọkọọkan ti apa kan ka 1 alatelelehin alakoko
● H&E idoti ti awọn apakan
Awọn anfani
●Ọkan-Duro iṣẹ: ṣepọ gbogbo iriri ati awọn igbesẹ ti o da lori ọgbọn, pẹlu apakan cryo, idoti, iṣapeye ti ara, barcoding aaye, igbaradi ile-ikawe, ilana ati bioinformatics.
● Gíga ti oye egbe: pẹlu iriri ni diẹ ẹ sii ju 250 awọn iru ara ati awọn ẹya 100+ pẹlu eniyan, Asin, mammal, eja ati eweko.
●Imudojuiwọn akoko gidi lori gbogbo iṣẹ akanṣe: pẹlu iṣakoso kikun ti ilọsiwaju esiperimenta.
●Okeerẹ bioinformatics boṣewa:package pẹlu awọn itupalẹ 29 ati awọn isiro didara giga 100+.
●Adani data onínọmbà ati iworan: wa fun orisirisi awọn ibeere iwadi.
●Onínọmbà isẹpo iyan pẹlu titele mRNA sẹẹli-ẹyọkan
Awọn pato
| Awọn ibeere apẹẹrẹ | Ile-ikawe | Ilana titele | Data niyanju | Iṣakoso didara |
| Awọn ayẹwo cryo ti a fi sinu OCT, awọn apẹẹrẹ FFPE (Iwọn ila opin ti o dara julọ: isunmọ. 6x6x6 mm3) 3 ohun amorindun fun apẹẹrẹ | 10X Visium cDNA ìkàwé | Imọlẹ PE150 | 50K PE kika fun aaye kan (60Gb) | RIN>7 |
Fun awọn alaye diẹ sii lori itọsọna igbaradi ayẹwo ati ṣiṣan iṣẹ iṣẹ, jọwọ lero ọfẹ lati ba aBMKGENE iwé
Ṣiṣẹ Iṣẹ Iṣẹ
Ni ipele igbaradi ayẹwo, idanwo isediwon RNA olopobobo akọkọ ni a ṣe lati rii daju pe RNA ti o ni agbara giga le gba.Ninu ipele iṣapeye tissu awọn apakan ti ni abariwon ati wiwo ati pe awọn ipo aibikita fun itusilẹ mRNA lati ara ti wa ni iṣapeye.Ilana iṣapeye naa lẹhinna lo lakoko ikole ile-ikawe, atẹle nipasẹ ṣiṣe atẹle ati itupalẹ data.
Ṣiṣan iṣẹ iṣẹ pipe jẹ awọn imudojuiwọn akoko gidi ati awọn ijẹrisi alabara lati ṣetọju lupu esi idahun, ni idaniloju ipaniyan iṣẹ akanṣe.
Pẹlu itupale wọnyi:
Iṣakoso Didara Data:
o Data wu ati didara Dimegilio pinpin
Eyin erin Gene fun iranran
o agbegbe Tissue
Ayẹwo inu-inu:
Eyin Gene ọlọrọ
o Aami iṣupọ, pẹlu idinku iwọn onínọmbà
o Atunyẹwo ikosile iyatọ laarin awọn iṣupọ: idanimọ ti awọn Jiini asami
o Alaye iṣẹ-ṣiṣe ati imudara ti awọn Jiini asami
Inter-ẹgbẹ onínọmbà
o Tun-apapo awọn aaye lati awọn ayẹwo mejeeji (fun apẹẹrẹ. Arun ati iṣakoso) ati tun iṣupọ
o Idanimọ awọn jiini asami fun iṣupọ kọọkan
o Alaye iṣẹ-ṣiṣe ati imudara ti awọn Jiini asami
o Ifihan Iyatọ ti iṣupọ kanna laarin awọn ẹgbẹ
Inu-ayẹwo Analysis
Aami iṣupọ
Idanimọ awọn jiini asami ati pinpin aye
Inter-ẹgbẹ Analysis
Akopọ data lati awọn ẹgbẹ mejeeji ati tun iṣupọ
Awọn Jiini asami ti awọn iṣupọ tuntun
Ṣawari awọn ilọsiwaju ti o ni irọrun nipasẹ BMKGene's spatial transcriptomics iṣẹ nipasẹ 10X Visium Ninu awọn atẹjade ifihan wọnyi:
Chen, D. et al.(2023) 'mthl1, kan ti o pọju Drosophila homologue ti mammalian adhesion GPCRs, ti wa ni lowo ninu antitumor aati si abẹrẹ oncogenic ẹyin ni fo', Awọn ilana ti awọn National Academy of Sciences of the United States of America, 120(30), p.e2303462120.doi: /10.1073/pnas.2303462120
Chen, Y. et al.(2023) 'STEEL n jẹ ki iyasọtọ ipinnu giga ti data transcriptomic spatiotemporal', Awọn kukuru ninu Bioinformatics, 24 (2), oju-iwe 1-10.doi: 10.1093 / BIB / BBAD068.
Liu, C. et al.(2022) 'A spatiotemporal atlas ti organogenesis ni idagbasoke ti orchid awọn ododo', Nucleic Acids Research, 50 (17), pp. 9724-9737.doi: 10.1093 / NAR / GKAC773.
Wang, J. et al.(2023) 'Ṣiṣepọ Awọn Transcriptomics Spatial ati Nikan-nucleus RNA Sequencing Ṣe afihan Awọn ilana Itọju ailera ti O pọju fun Uterine Leiomyoma', Iwe Iroyin Kariaye ti Awọn sáyẹnsì Biological, 19 (8), pp. 2515-2530.doi: 10.7150 / IJBS.83510.
