16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
Awọn anfani Iṣẹ
● Awọn kika gigun ti n ṣafihan lẹsẹsẹ gigun ni kikun ti 16S/18S/ITS
● Ipe ipilẹ ti o peye ga julọ pẹlu ipasẹ ipo PacBio CCS
● Ipinnu ipele-ẹya ni akọsilẹ OTU/ASV
● Tuntun QIIME2 itupale sisan pẹlu oniruuru itupale ni awọn ofin ti database, annotation, OTU/ASV.
● Ti o wulo fun awọn iwadi agbegbe microbial oniruuru
● BMK ni iriri ti o pọju pẹlu awọn ayẹwo 100,000 / ọdun, ibora ti ile, omi, gaasi, sludge, feces, ifun, awọ ara, broth bakteria, kokoro, eweko, ati be be lo.
● BMKCloud dẹrọ itumọ data ti o ni awọn irinṣẹ itupalẹ ti ara ẹni 45 ninu
Awọn pato Iṣẹ
| TitelePlatform | Ile-ikawe | Data ti a ṣe iṣeduro | Akoko Yipada |
| PacBio Sequel II | SMRT-ago | 5K/10K/20K Tags | 44 Awọn ọjọ iṣẹ |
Awọn itupalẹ bioinformatics
● Aise data didara iṣakoso
● Iṣakojọpọ OTU/De-ariwo(ASV)
● Akọsilẹ OTU
● Alfa oniruuru
● Beta oniruuru
● Ayẹwo laarin ẹgbẹ
● Iṣiro ẹgbẹ lodi si awọn ifosiwewe idanwo
● Asọtẹlẹ jiini iṣẹ
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
FunDNA ayokuro:
| Apeere Iru | Iye | Ifojusi | Mimo |
| DNA ayokuro | 1 μg | 20ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
Fun awọn apẹẹrẹ ayika:
| Iru apẹẹrẹ | Ilana iṣapẹẹrẹ ti a ṣe iṣeduro |
| Ile | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Ohun elo ti o gbẹ nilo lati yọ kuro ni oke;Lilọ awọn ege nla ki o kọja nipasẹ àlẹmọ 2 mm;Aliquot awọn ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cyrotube fun ifiṣura. |
| Igbẹ | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Gba ati aliquot awọn ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cryotube fun ifiṣura. |
| Awọn akoonu inu | Awọn ayẹwo nilo lati ni ilọsiwaju labẹ ipo aseptic.Wẹ àsopọ ti a gba pẹlu PBS;Centrifuge awọn PBS ati ki o gba awọn precipitant ni EP-tube. |
| Sludge | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Gba ati aliquot sludge ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cryotube fun ifiṣura |
| Olomi | Fun apẹẹrẹ pẹlu iye to lopin ti makirobia, gẹgẹbi omi tẹ ni kia kia, omi kanga, ati bẹbẹ lọ, Gba o kere ju 1 L omi ki o kọja nipasẹ àlẹmọ 0.22 μm lati ṣe alekun microbial lori awo ilu.Tọju awo ilu ni tube ifo. |
| Awọ ara | Ṣọra ge oju awọ ara pẹlu swab owu ti ko ni ifo tabi abẹfẹlẹ abẹ ki o gbe sinu tube ti o ni ifo. |
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Di awọn ayẹwo naa sinu omi nitrogen fun awọn wakati 3-4 ati fipamọ sinu nitrogen olomi tabi iwọn -80 si ifiṣura igba pipẹ.Ayẹwo gbigbe pẹlu yinyin gbigbẹ ni a nilo.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
1.Oṣuwọn annotation ti V3 + V4 (Ilumina) -orisun microbial awujo profaili vs. Full-ipari (PacBio) -orisun profaili.
(Data ti awọn iṣẹ akanṣe 30 ti a mu laileto ni a lo fun awọn iṣiro)
2.Annotation oṣuwọn ti kikun-ipari amplicon lesese ni eya-ipele ni orisirisi awọn ayẹwo iru
3.Species pinpin
4.Phylogenetic igi
BMK nla
Ifihan arsenic nfa ibajẹ idena ifun inu ati imuṣiṣẹ ti abajade ti ipo ẹdọ-ẹdọ ti o yori si iredodo ati pyroptosis ti ẹdọ ni awọn ewure.
Atejade:Imọ ti Apapọ Ayika,2021
Ilana ilana-tẹle:
Awọn apẹẹrẹ: Iṣakoso vs 8 mg / kg ATO ti o han ẹgbẹ
Ipese data titele: 102,583 aise awọn ilana CCS ni apapọ
Iṣakoso: 54,518 ± 747 munadoko CCS
ATO-ifihan: 45,050 ± 1675 CCS ti o munadoko
Awọn abajade bọtini
Oniruuru Alpha:Ifihan ATO ṣe pataki ni pataki yiyi ọlọrọ inu microbial ati oniruuru ninu awọn ewure.
Itupalẹ Metastats:
Ni ipele phylum: 2 kokoro arun phyla nikan ni a rii ni awọn ẹgbẹ iṣakoso
Ni ipele iwin: 6 genera ni a rii ni pataki ti o yatọ ni opo ibatan
Ni ipele eya: awọn ẹya 36 ni a mọ ni apapọ, pẹlu 6 ninu wọn yatọ ni pataki ni ọpọlọpọ isọdọtun
Itọkasi
Thingholm, LB, et al."Awọn ẹni-kọọkan ti o sanraju pẹlu ati laisi Irufẹ Àtọgbẹ Iru 2 Ṣe afihan Agbara Iṣẹ-ṣiṣe Gut Microbial Oriṣiriṣi ati Iṣọkan."Cell Gbalejo & Microbe26.2(2019).
