circRNA sequencing-Ilumina
Awọn ẹya ara ẹrọ
● Idinku rRNA ti o tẹle pẹlu igbaradi ile-ikawe itọnisọna, ṣiṣe awọn data tito lẹsẹsẹ ti o jẹ pato-okun kan.
● Ṣiṣan iṣẹ-ṣiṣe bioinformatic jẹ ki asọtẹlẹ circRNA ati iwọn ikosile
Awọn anfani Iṣẹ
●Awọn ile-ikawe RNA ti o ni kikun diẹ sii:a lo idinku rRNA dipo idinku RNA laini ni igbaradi ile-ikawe wa tẹlẹ, ni idaniloju pe data atẹle pẹlu kii ṣe circRNA nikan ṣugbọn tun mRNA ati lncRNA, ṣiṣe itupalẹ apapọ lori awọn ipilẹ data wọnyi.
●Iṣayẹwo iyan ti awọn nẹtiwọọki RNA endogenous ifigagbaga (ceRNA).: pese awọn oye ti o jinlẹ si awọn ilana ilana ilana cellular
●Amoye nla: pẹlu igbasilẹ orin ti sisẹ lori awọn ayẹwo 20,000 ni BMK, ti o ni awọn iru apẹẹrẹ oniruuru ati awọn iṣẹ akanṣe lncRNA, ẹgbẹ wa mu ọpọlọpọ iriri wa si gbogbo iṣẹ akanṣe.
●Iṣakoso Didara lile: a ṣe awọn aaye iṣakoso mojuto ni gbogbo awọn ipele, lati apẹẹrẹ ati igbaradi ile-ikawe si ilana ati bioinformatics.Abojuto to ṣe pataki yii ṣe idaniloju ifijiṣẹ ti awọn abajade didara to gaju nigbagbogbo.
● Atilẹyin Tita-lẹhin: Ifaramo wa ti kọja ipari iṣẹ akanṣe pẹlu akoko iṣẹ-iṣẹ 3-osu lẹhin-tita.Lakoko yii, a funni ni atẹle iṣẹ akanṣe, iranlọwọ laasigbotitusita, ati awọn akoko Q&A lati koju eyikeyi awọn ibeere ti o ni ibatan si awọn abajade.
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
| Ile-ikawe | Platform | Data ti a ṣe iṣeduro | Data QC |
| Poly A idarato | Imọlẹ PE150 | 16-20 Gb | Q30≥85% |
Awọn ibeere Apeere:
Nucleotides:
| Konc.(ng/μl) | Iye (μg) | Mimo | Òtítọ́ |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Lopin tabi ko si amuaradagba tabi idoti DNA ti o han lori jeli. | Fun awọn ohun ọgbin: RIN≥6.5; Fun eranko: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ni opin tabi ko si igbega ipilẹ |
● Awọn ohun ọgbin:
Gbongbo, Jeyo tabi Petal: 450 mg
Ewe tabi Irugbin: 300 mg
Eso: 1.2 g
● Ẹranko:
Okan tabi ifun: 450 mg
Viscera tabi Ọpọlọ: 240 mg
Isan: 600 mg
Egungun, Irun tabi Awọ: 1.5g
● Arthropods:
Kokoro: 9g
Crustacea: 450 mg
● Gbogbo ẹjẹ:2 tubes
● Awọn sẹẹli: 106 awọn sẹẹli
● Omi ara ati Plasma: 6ml
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti: tube centifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Ifamisi apẹẹrẹ: Ẹgbẹ+ ṣe ẹda fun apẹẹrẹ A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Gbigbe:
1. Gbẹ-yinyin: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aba ti awọn apo ati ki o sin ni gbẹ-yinyin.
2. Awọn tubes RNAstable: Awọn ayẹwo RNA le gbẹ ni tube imuduro RNA (fun apẹẹrẹ RNAstable®) ati gbigbe ni iwọn otutu yara.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
RNA isediwon
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
Bioinformatics
circRNA asọtẹlẹ: chromosomal pinpin
Awọn circRNAs Iyatọ Ti Afihan – Idite onina
Awọn circRNA Ti Afihan Iyatọ – ikojọpọ akoso
Imudara iṣẹ-ṣiṣe ti awọn jiini ogun ti circRNA
Ṣawakiri awọn ilọsiwaju iwadii ti o ni irọrun nipasẹ awọn iṣẹ itọsẹ circRNA BMKGene nipasẹ ikojọpọ ti awọn atẹjade.
Wang, X. et al.(2021) 'CPSF4 n ṣe ilana idasile circRNA ati ipalọlọ jiini ti aarin ti microRNA ni carcinoma hepatocellular', Oncogene 2021 40:25, 40(25), oju-iwe 4338-4351.doi: 10.1038 / s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsive transcriptome ṣe afihan ipa ti RNA133 ipin ni idena arun nipasẹ ṣiṣe ilana ikosile ti OsARAB ni iresi', Iwadi Phytopathology, 5 (1), oju-iwe 1-14.doi: 10.1186 / S42483-023-00188-8 / awọn olusin / 6.
Y, H. et al.(2023) 'CPSF3 ṣe atunṣe iwọntunwọnsi ti ipin ati awọn iwe afọwọkọ laini ni carcinoma hepatocellular'.doi: 10.21203 / RS.3.RS-2418311 / V1.
Zhang, Y. et al.(2023) 'Ayẹwo pipe ti awọn circRNAs ni cirrhotic cardiomyopathy ṣaaju ati lẹhin gbigbe ẹdọ', International Immunopharmacology, 114, p.109495. doi: 10.1016 / J.INTIMP.2022.109495.
