Ifiwera Genomics
Awọn anfani Iṣẹ
● Awọn akojọpọ itupale, ti o ni awọn itupale mẹjọ ti o wọpọ julọ ninu
● Igbẹkẹle giga ni itupalẹ pẹlu alaye alaye ati irọrun ti oye lori awọn abajade
● Awọn eeya ti a ṣe apẹrẹ daradara-lati tẹjade
● Ẹgbẹ bioinformatics ti o ni oye ga julọ mu awọn ibeere itupalẹ ti ara ẹni lọpọlọpọ
● Akoko akoko titan-kukuru pẹlu iṣedede ti o ga julọ ni itupalẹ
● Iriri lọpọlọpọ pẹlu awọn ọran aṣeyọri ti o ju 90 lọ pẹlu ipa ipa ti a tẹjade ti o ju 900 lọ
Awọn pato Iṣẹ
| Ifoju-yika akoko | Nọmba ti eya | Awọn itupalẹ |
| 30 ọjọ iṣẹ | 6-12 | Ikojọpọ idile Gene Imugboroosi idile Gene ati ihamọ phylogenetic igi ikole Iṣiro akoko iyatọ (ti o nilo isọdọtun Fosaili) Akoko ifibọ LTR (Fun awọn irugbin) Odidi ẹda-ara-ara (Fun awọn ohun ọgbin) Yiyan titẹ Synteny onínọmbà |
Awọn itupalẹ bioinformatics
● Ìdílé Gene
● Ẹ̀rọ Ayélujára
● Àkókò ìyàtọ̀
● titẹ yiyan
● Ayẹwo Synteny
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
Tissue tabi DNA fun ilana-ara-ara ati apejọ
Fun Tissue
| Awọn eya | Tissu | Iwadi | PacBio CCS |
| Eranko | visceral àsopọ | 0.5-1g | 3.5g |
| Isan iṣan | |||
| ≥ 5.0g | |||
| ≥ 5.0ml | |||
| Ẹjẹ ẹran ọsin | |||
| 0.5ml | |||
| Ẹjẹ adie / Ẹja | |||
| Ohun ọgbin | Ewe tuntun | 1-2g | ≥ 5.0g |
| Petal/yiyo | 1-2g | ≥ 10.0g | |
| Gbongbo/Irugbin | 1-2g | 20.0g | |
| Awọn sẹẹli | cell ti gbin | - | 1 x 108 |
Data
Awọn faili ọkọọkan genome (.fasta) ati awọn faili asọye (.gff3) ti awọn eya ti o ni ibatan pẹkipẹki
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
*Awọn abajade demo ti o han nibi gbogbo wa lati awọn genomes ti a tẹjade pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker
1.LTR fi akoko ifoju: Nọmba ti o han a oto bimodal pinpin ni LTR-RTs ifibọ igba ni Weining rye genome, akawe si miiran eya.Oke to ṣẹṣẹ julọ han ni ayika 0.5 milionu ọdun sẹyin.
Li Guang et al.,Iseda GeneticsỌdun 2021
2.Phylogeny ati itupalẹ idile apilẹṣẹ lori chayote (Sechium edule): Nipa itupalẹ chayote ati awọn ẹya 13 miiran ti o ni ibatan ninu idile apilẹṣẹ, a rii pe Chayote ni ibatan julọ pẹlu gourd ejo (Trichosanthes anguina).Chayote yo lati ejo ejo ni ayika 27-45 Mya ati gbogbo genome pidánpidán (WGD) ni a ṣe akiyesi ni chayote ni 25 ± 4 Mya, eyiti o jẹ iṣẹlẹ WGD kẹta ni cucuibitaceae.
Fu A et al.,Iwadi HorticultureỌdun 2021
3.Synteny onínọmbà: Diẹ ninu awọn Jiini ti o ni ibatan si phytohormones ni idagbasoke eso ni a rii ni chayote, gourd ejo ati elegede.Ibaṣepọ laarin chayote ati elegede jẹ diẹ ga ju ti laarin chayote ati gourd ejo.
Fu A et al.,Iwadi HorticultureỌdun 2021
Ayẹwo idile 4.Gene: Imudara KEGG lori imugboroja idile jiini ati ihamọ ni awọn genomes G.thurberi ati G.davidsonii fihan pe biosynthesis sitẹriọdu ati awọn jiini biosynthesis brassinosteroid biosynthesis ti gbooro sii.
Yang Z et al.,BMC BiologyỌdun 2021
5.Gbogbo itupale genome pipọ: 4DTV ati itupalẹ pinpin Ks ti o han gbogbo iṣẹlẹ ẹda-ara-ara.Awọn ga ju ti intraspecies han awọn iṣẹlẹ išẹpo.Awọn oke ti interspecies han awọn iṣẹlẹ pato.Onínọmbà tọkasi pe ni ifiwera pẹlu awọn ẹya mẹta miiran ti o ni ibatan pẹkipẹki, O. europaea lọ nipasẹ ilọpo pupọ pupọ diẹ sii laipẹ.
Rao G et al.,Iwadi HorticultureỌdun 2021
BMK nla
Rose laisi prickle: awọn oye genomic ti o sopọ si isọdi ọrinrin
Atejade: National Science ReviewỌdun 2021
Ilana ilana-tẹle:
'Basye'sAini elegun' (R.Wichurainan) genome:
Isunmọ.93 X PacBio + isunmọ.90 X Nanopore + 267 X Illumina
Awọn abajade bọtini
1.High didara R.wichuraiana genome ti a ti kọ nipa lilo awọn ilana ilana ilana kika gigun, eyiti o mu apejọ kan ti 530.07 Mb (Iwọn genome ti a pinnu jẹ isunmọ 525.9 Mb nipasẹ cytometry ṣiṣan ati 525.5 nipasẹ iwadi genome; Heterozygosity wa ni ayika 1.03%).BUSCO ifoju Dimegilio jẹ 93.9%.Ti a ṣe afiwe pẹlu “blush atijọ” (haploOB), didara ati aṣepari ti jiini yii ni a ti fi idi rẹ mulẹ nipasẹ iṣedede ipilẹ-ipilẹ kan ati atọka apejọ LTR (LAI = 20.03).Jiini R.wichuraiana ni awọn jiini ifaminsi amuaradagba 32,674 ninu.
2.Multi-omics apapọ onínọmbà, ti o ni awọn genomics afiwera, transcriptomics, itupalẹ QTL ti olugbe jiini, ṣafihan asọye pataki laarin R. wichuraiana ati Rosa chinensis.Pẹlupẹlu, iyatọ ikosile ti awọn jiini ti o ni ibatan ni QTL ni o ṣee ṣe lati ni nkan ṣe pẹlu apẹrẹ prickle stem.
Anaysis jinomiki afiwera laarin Basye;s Thornless ati Rosa chinensis pẹlu itupalẹ synteny, iṣupọ idile pupọ, imugboroja ati itupalẹ ihamọ, ṣafihan nọmba nla ti awọn iyatọ, eyiti o ni ibatan si awọn abuda to ṣe pataki ni awọn Roses.Imugboroosi alailẹgbẹ ni NAC ati idile jiini FAR1/FRS ṣee ṣe pupọ lati ni nkan ṣe pẹlu atako si aaye dudu.
Iṣayẹwo jinomiki afiwera laarin awọn genomes BT ati haploOB.
Zhong, M., et al."Rose laisi prickle: awọn oye genomic ti o ni asopọ si isọdi ọrinrin"National Science Review, 2021;, nwab092.
