BMKCloud Log in
条形pasia-03

Awọn ọja

Hi-C orisun Apejọ Genome

Hi-C jẹ ọna ti a ṣe apẹrẹ lati mu iṣeto chromosome mu nipa apapọ awọn ibaraẹnisọrọ orisun-isunmọ probing ati ilana ṣiṣe-giga.Kikan ti awọn ibaraenisepo wọnyi ni a gbagbọ pe o ni ibatan ni odi pẹlu ijinna ti ara lori awọn chromosomes.Nitorinaa, data Hi-C le ṣe itọsọna iṣakojọpọ, pipaṣẹ ati iṣalaye awọn ilana ti o pejọ ninu jiomeji osere ati didari awọn wọnyẹn sori nọmba kan ti awọn chromosomes.Imọ-ẹrọ yii n fun apejọ jiini ipele-chromosome ni agbara ni isansa ti maapu jiini ti o da lori olugbe.Gbogbo genome kan nilo Hi-C.

Platform: Illumina NovaSeq Platform / DNBSEQ


Awọn alaye Iṣẹ

Awọn abajade Ririnkiri

Ikẹkọ Ọran

Awọn anfani Iṣẹ

1 Ilana-ti-Hi-C-sequencing

Akopọ ti Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,ImọỌdun 2009)

● Ko si iwulo lati ṣe agbekalẹ olugbe jiini fun anchoring contig;
● iwuwo asami ti o ga julọ ti o yori si ipin idarọ awọn contigs ti o ga ni loke 90%;
● Ṣiṣe ayẹwo ati awọn atunṣe lori awọn apejọ genome ti o wa;
● Kukuru akoko akoko-yika pẹlu iṣedede ti o ga julọ ni apejọ genome;
● Iriri lọpọlọpọ pẹlu awọn ile-ikawe Hi-C ti o ju 1000 ti a ṣe fun diẹ sii ju 500 eya;
● Ju awọn ọran aṣeyọri 100 lọ pẹlu ipin ipa ti a tẹjade akopọ ti o ju 760;
● Hi-C orisun genome apejọ fun genome polyploid, 100% oṣuwọn anchoring ti waye ni iṣẹ iṣaaju;
● Awọn itọsi inu ile ati awọn aṣẹ lori ara sọfitiwia fun awọn idanwo Hi-C ati itupalẹ data;
● Sọfitiwia iṣatunṣe data wiwo ti ara ẹni ti o dagbasoke, jẹ ki iṣipopada dina afọwọṣe, yiyipada, fifagilee ati tunṣe.

Awọn pato Iṣẹ

 

Library Iru

 

 

Platform


Ka Gigun
Iṣeduro Ilana
Hi-C
Illumina NovaSeq
PE150
≥ 100X

Awọn itupalẹ bioinformatics

● Aise data didara iṣakoso

● Hi-C ìkàwé didara iṣakoso

● Hi-C orisun genome apejọ

● Agbeyewo lẹhin apejọ

HiC bisesenlo

Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ

Awọn ibeere Apeere:

Eranko
Fungus
Awọn ohun ọgbin

 

Didisini àsopọ: 1-2g fun ìkàwé
Awọn sẹẹli: 1x 10^7 awọn sẹẹli fun ile-ikawe
Didisini àsopọ: 1g fun ìkàwé
Didisini àsopọ: 1-2g fun ìkàwé

 

 
* A ṣeduro lile ni fifiranṣẹ o kere ju 2 aliquots (1 g kọọkan) fun idanwo Hi-C.

Niyanju Ifijiṣẹ Apeere

Apoti: tube centifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Fun pupọ julọ awọn ayẹwo, a ṣeduro lati ma ṣe itọju ni ethanol.
Apejuwe Apeere: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aami ni kedere ati aami si fọọmu alaye ayẹwo ti a fi silẹ.
Gbigbe: yinyin gbigbẹ: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni iṣakojọpọ ninu awọn apo akọkọ ati sin ni yinyin gbigbẹ.

Sisan Iṣẹ Iṣẹ

Ayẹwo QC

Apẹrẹ adanwo

ifijiṣẹ ayẹwo

Ifijiṣẹ apẹẹrẹ

Pilot ṣàdánwò

DNA isediwon

Igbaradi Library

Ikole ìkàwé

Titele

Titele

Itupalẹ data

Itupalẹ data

Lẹhin ti sale Services

Lẹhin-tita awọn iṣẹ


  • Ti tẹlẹ:
  • Itele:

  • *Awọn abajade demo ti o han nibi gbogbo wa lati awọn genomes ti a tẹjade pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker

    1.Hi-C ibaraenisepo ooru map ofCamptotheca acuminatajiini.Gẹgẹbi a ṣe han lori maapu, kikankikan ti awọn ibaraenisepo jẹ ibatan ni odi pẹlu ijinna laini, eyiti o tọkasi apejọ ipele-pipe chromosome ti o peye gaan.(Ìpín ìdádúró: 96.03%)

    3Hi-C-ibaraenisepo-ooru-ooru-fifihan-contigs-idaduro-ni-ipejọ-genome

    Kang M et al.,Awọn ibaraẹnisọrọ isedaỌdun 2021

     

    2.Hi-C dẹrọ afọwọsi ti inversions laarinGossypium hirsutumL. TM-1 A06 atiG. arboreumKr06

    4Hi-C-heatmap-ṣe irọrun-ifihan-ti-iyipada-laarin-genomes

    Yang Z et al.,Awọn ibaraẹnisọrọ Iseda, 2019

     

     

    3.Apejọ ati iyatọ biallelic ti genomes cassava SC205.Hi-C ooru maapu han pipin ko o ni awọn krómósómù isokan.

    5Hi-C-heatmap-fifihan-idasọpọ-chromosomes

    Hu W et al.,Ohun ọgbin MolecularỌdun 2021

     

     

    4.Hi-C heatmap lori apejọ jiini eya Ficus meji:F.microcarpa(anchoring ratio: 99,3%) atiF.hispida (ipin idaduro: 99.7%)
    6Hi-C-heatmap-fifihan-contig-anchoring-ti-Ficus-genomes

    Zhang X et al.,Ẹyin sẹẹli, Ọdun 2020

     

     

    BMK nla

    Awọn Jinomisi Ti Igi Banyan Ati Wasp Pollinator Pese Awọn Imọye Sinu Ọpọtọ-wasp Coevolution

    Atejade: Ẹyin sẹẹli, Ọdun 2020

    Ilana ilana-tẹle:

    F. microcarpa Jinomini: to.84 X PacBio RSII (36.87 Gb) + Hi-C (44 Gb)

    F. hispidaJinomini: to.97 X PacBio RSII (36.12 Gb) + Hi-C (60 Gb)

    Eupristina verticillataJinomini: to.170 X PacBio RSII (65 Gb)

    Awọn abajade bọtini

    1.Two banyan igi genomes ati ọkan pollinator wasp genome won ti won ko nipa lilo PacBio sequencing, Hi-C ati linkage map.
    (1)F. microcarpagenome: Apejọ ti 426 Mb (97.7% ti iwọn genome ti a pinnu) ni idasilẹ pẹlu contig N50 ti 908 Kb, Dimegilio BUSCO ti 95.6%.Ni apapọ awọn ilana 423 Mb ni a so mọ awọn chromosomes 13 nipasẹ Hi-C.Itumọ genome ti so awọn jiini ifaminsi amuaradagba 29,416 jade.
    (2)F. Hispidagenome: Apejọ ti 360 Mb (97.3% ti iwọn genome ti a pinnu) jẹ ikore pẹlu contig N50 ti 492 Kb ati Dimegilio BUSCO ti 97.4%.Lapapọ awọn ilana 359 Mb ni a so sori awọn chromosomes 14 nipasẹ Hi-C ati pe o jọra pupọ si maapu asopọ iwuwo giga.
    (3)Eupristina verticillatagenome: Apejọ ti 387 Mb (Iwọn genome ti a ni ifoju: 382 Mb) ni idasilẹ pẹlu contig N50 ti 3.1 Mb ati Dimegilio BUSCO ti 97.7%.

    2.Comparative genomics onínọmbà han nla nọmba ti be iyatọ laarin mejiFicusgenomes, eyiti o pese awọn orisun jiini ti ko niyelori fun awọn ẹkọ itankalẹ adaṣe.Iwadi yii, fun igba akọkọ, pese awọn oye sinu Ọpọtọ-wasp coevolution ni ipele-jinomic.

    PB-kikun-ipari-RNA-Sequencing-case-iwadi

    Aworan aworan Circos lori awọn ẹya ara-ara ti mejiFicusawọn genomes, pẹlu awọn chromosomes, awọn ẹda-ẹda apakan (SDs), awọn transposons (LTR, TEs, DNA TEs), ikosile jiini ati synteny

    PB-kikun-ipari-RNA-yiyan-splicing

    Idanimọ ti chromosome Y ati apilẹṣẹ ipinnu ibalopo

     
    Itọkasi

    Zhang, X., et al."Awọn Jinomi ti Igi Banyan ati Pollinator Wasp Pese Awọn Imọye sinu Ọpọtọ-Wasp Coevolution."Ẹyin 183.4 (2020).

    gba agbasọ

    Kọ ifiranṣẹ rẹ nibi ki o si fi si wa

    Fi ifiranṣẹ rẹ ranṣẹ si wa: