Long Non-ifaminsi Sequencing-Illumina
Awọn anfani Iṣẹ
●Ayẹwo apapọ ti mRNA ati lncRNA: nipa pipọ pipọ ti awọn iwe afọwọkọ mRNA pẹlu iwadi ti lncRNA ati awọn ibi-afẹde wọn, o ṣee ṣe lati ni iwoye-jinlẹ ti ilana ilana ti o wa labẹ esi cellular.
●Amoye nla: A ti ni ilọsiwaju lori 230,000 awọn ayẹwo, leta ti Oniruuru ayẹwo ati ise agbese 'afojusun. A mu awọn ọrọ ti ĭrìrĭ si gbogbo ise agbese.
●Ayẹwo apapọ ti mRNA ati lncRNA: A ṣajọpọ titobi ti awọn iwe afọwọkọ mRNA pẹlu iwadi ti lncRNA ati awọn ibi-afẹde wọn, ti o jẹ ki o ṣee ṣe lati ni iwoye-jinlẹ ti ilana ilana ti o wa labẹ idahun cellular.
●Iṣakoso Didara lile: A ṣe awọn aaye iṣakoso mojuto ni gbogbo awọn ipele, lati igbaradi apẹẹrẹ si igbaradi ile-ikawe, ilana ati bioinformatics. Abojuto iṣọra wa ṣe idaniloju ifijiṣẹ ti awọn abajade didara to gaju nigbagbogbo.
●Okeerẹ Annotation: A lo awọn apoti isura infomesonu pupọ lati ṣe alaye iṣẹ-ṣiṣe Awọn Jiini Iyatọ Ti Afihan (DEGs) ati ṣe awọn itupalẹ imudara ti o baamu. Ọna okeerẹ yii n pese awọn oye sinu cellular ati awọn ilana molikula ti o wa labẹ esi transcriptome, ni idaniloju pe o gba gbogbo alaye ti o ṣeeṣe nipa data idanwo rẹ.
●Post-Tita Support: A loye bi o ṣe ṣe pataki lati wa, iyẹn ni idi ti ifaramọ wa kọja ipari iṣẹ akanṣe pẹlu akoko iṣẹ oṣu 3 lẹhin-tita. Lakoko yii, a funni ni atẹle iṣẹ akanṣe, iranlọwọ laasigbotitusita, ati awọn akoko Q&A lati koju eyikeyi awọn ibeere ti o ni ibatan si awọn abajade.
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
| Ile-ikawe | Platform | Data ti a ṣe iṣeduro | Data QC |
| rRNA depleted ikawe itọnisọna | Imọlẹ PE150 | 10-16 Gb | Q30≥85% |
Nucleotides:
| Konc.(ng/μl) | Iye (μg) | Mimo | Otitọ |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Lopin tabi ko si amuaradagba tabi idoti DNA ti o han lori jeli. | RIN≥6.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; ni opin tabi ko si igbega ipilẹ |
● Awọn ohun ọgbin:
Gbongbo, Jeyo tabi Petal: 450 mg
Ewe tabi Irugbin: 300 mg
Eso: 1.2 g
● Ẹranko:
Okan tabi ifun: 450 mg
Viscera tabi Ọpọlọ: 240 mg
Isan: 600 mg
Egungun, Irun tabi Awọ: 1.5g
● Arthropods:
Kokoro: 9g
Crustacea: 450 mg
● Gbogbo ẹjẹ:2 tubes
● Awọn sẹẹli: 106 awọn sẹẹli
● Omi ara ati Plasma: 6ml
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti: tube centifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Ifamisi apẹẹrẹ: Ẹgbẹ+ ṣe ẹda fun apẹẹrẹ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Gbigbe:
1. Gbẹ-yinyin: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aba ti awọn apo ati ki o sin ni gbẹ-yinyin.
2. Awọn tubes RNAstable: Awọn ayẹwo RNA le gbẹ ni tube imuduro RNA (fun apẹẹrẹ RNAstable®) ati gbigbe ni iwọn otutu yara.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
RNA isediwon
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
Bioinformatics
- Aise data
- Data QC
- Titete jiini
- Eto Jiini (pipa omiiran, iṣapeye igbekalẹ apilẹṣẹ ati asọtẹlẹ apilẹṣẹ aramada)
- Jiini ikosile quantification
- Iyatọ ikosile onínọmbà
- DEG annotation ati imudara + Iyatọ ti a fihan awọn jiini ibi-afẹde lncRNA
- Tiransikiripiti idanimọ
- Idanimọ lncRNA (itọju lncRNA ati lncRNA ti a mọ)
- Asọtẹlẹ awọn jiini ibi-afẹde lncRNA
- Iwọn ikosile lncRNA
- Iṣiro apapọ pẹlu data mRNA
Iyatọ Gene Expression (DEGs) onínọmbà
Quantification ti lncRNA ikosile – iṣupọ
Imudara ti awọn jiini ibi-afẹde lncRNA
MRNA apapọ ati itupalẹ ipo lncRNA - Idite Circos (aarin aarin jẹ mRNA ati cycrlce inu jẹ lncRNA)
Ṣawari awọn ilọsiwaju ti o rọrun nipasẹ BMKGene's lncRNA equencing awọn iṣẹ nipasẹ ikojọpọ ti awọn atẹjade.
Ji, H. et al. (2020) 'Idamọ, asọtẹlẹ iṣẹ, ati ijẹrisi bọtini lncRNA ti awọn lncRNA ti o ni aapọn tutu ninu ẹdọ eku',Iroyin ijinle sayensi2020 10:1, 10 (1), ojú ìwé 1–14 . doi: 10.1038 / s41598-020-57451-7.
Jia, Z. et al. (2021) 'Itupalẹ Transcriptomic Integrative Ṣafihan Ilana Ajẹsara fun Igara Carp Kan ti o wọpọ CyHV-3',Furontia ni Imunoloji, 12, p. 687151. doi: 10.3389 / FIMMU.2021.687151 / BIBTEX.
Wang, XJ ati al. (2022) 'Ọpọlọpọ-Omics Isọpọ-Ipilẹ Iṣaaju ti Idije Awọn Nẹtiwọọki Ilana Ilana RNA ti Idije ni Akàn Ẹdọfóró Ẹdọfóró Kekere: Awọn abuda Molecular ati Awọn oludije Oògùn’,Furontia ni Onkoloji, 12, p. 904865. doi: 10.3389 / FONC.2022.904865 / BIBTEX.
Xiao, L. et al. (2020) 'Pinpin Jiini ti nẹtiwọọki ijumọsọrọ jiini ti o wa labẹ photosynthesis ni Populus',Eweko Biotechnology akosile, 18 (4), oju ewe 1015–1026. doi: 10.1111 / PBI.13270.
Zheng, H. et al. (2022) 'Nẹtiwọọki Ilana Ilana Kariaye fun Ifihan Jiini Dysregulated ati Iforukọsilẹ Metabolic Aiṣedeede ninu Awọn sẹẹli Ajẹsara ninu Microenvironment ti Arun Graves ati Thyroiditis Hashimoto',Furontia ni Imunoloji, 13, p. 879824. doi: 10.3389 / FIMMU.2022.879824 / BIBTEX.
