Metagenomic Sequencing-Nanopore
Awọn anfani Iṣẹ
● Apejọ ti o ga julọ-Imudara deede ti idanimọ eya ati asọtẹlẹ jiini iṣẹ-ṣiṣe
● Pipade ti kokoro arun ti ara ẹni ipinya
● Ohun elo ti o lagbara ati igbẹkẹle diẹ sii ni agbegbe oniruuru, fun apẹẹrẹ wiwa awọn microorganisms pathogenic tabi awọn jiini ti o ni ibatan aporo aporo
● Ayẹwo metagenome ti o ṣe afiwe
Awọn pato Iṣẹ
| Platform | Titele | Data ti a ṣe iṣeduro | Akoko Yipada |
| Nanopore | ONT | 6 G/10 G | 65 Awọn ọjọ iṣẹ |
Awọn itupalẹ bioinformatics
● Aise data didara iṣakoso
● Apejọ Metagenome
● Eto apilẹṣẹ aiṣe-padabọ ati asọye
● Ayẹwo oniruuru
● Ayẹwo oniruuru iṣẹ jiini
● Ayẹwo laarin ẹgbẹ
● Iṣiro ẹgbẹ lodi si awọn ifosiwewe idanwo
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
Awọn ibeere ayẹwo ati ifijiṣẹ
Awọn ibeere Apeere:
FunDNA ayokuro:
| Apeere Iru | Iye | Ifojusi | Mimo |
| DNA ayokuro | 1-1.5 μg | 20ng/μl | OD260/280 = 1.6-2.5 |
Fun awọn apẹẹrẹ ayika:
| Iru apẹẹrẹ | Ilana iṣapẹẹrẹ ti a ṣe iṣeduro |
| Ile | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Ohun elo ti o gbẹ nilo lati yọ kuro ni oke;Lilọ awọn ege nla ki o kọja nipasẹ àlẹmọ 2 mm;Aliquot awọn ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cyrotube fun ifiṣura. |
| Igbẹ | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Gba ati aliquot awọn ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cryotube fun ifiṣura. |
| Awọn akoonu inu | Awọn ayẹwo nilo lati ni ilọsiwaju labẹ ipo aseptic.Wẹ àsopọ ti a gba pẹlu PBS;Centrifuge awọn PBS ati ki o gba awọn precipitant ni EP-tube. |
| Sludge | Iye iṣapẹẹrẹ: isunmọ.5 g;Gba ati aliquot sludge ayẹwo ni ifo EP-tube tabi cryotube fun ifiṣura |
| Olomi | Fun apẹẹrẹ pẹlu iye to lopin ti makirobia, gẹgẹbi omi tẹ ni kia kia, omi kanga, ati bẹbẹ lọ, Gba o kere ju 1 L omi ki o kọja nipasẹ àlẹmọ 0.22 μm lati ṣe alekun microbial lori awo ilu.Tọju awo ilu ni tube ifo. |
| Awọ ara | Ṣọra ge oju awọ ara pẹlu swab owu ti ko ni ifo tabi abẹfẹlẹ abẹ ki o gbe sinu tube ti o ni ifo. |
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Di awọn ayẹwo naa sinu omi nitrogen fun awọn wakati 3-4 ati fipamọ sinu nitrogen olomi tabi iwọn -80 si ifiṣura igba pipẹ.Ayẹwo gbigbe pẹlu yinyin gbigbẹ ni a nilo.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
1.Heatmap: Eya oloro iṣupọ
2.Awọn Jiini iṣẹ ti a ṣe alaye si awọn ipa ọna iṣelọpọ KEGG
3.Species ibamu nẹtiwọki
4.Circos ti CARD aporo resistance Jiini
BMK nla
Nanopore metagenomics jẹ ki ayẹwo ile-iwosan iyara ti ikolu ti atẹgun kekere ti kokoro arun
Atejade:Biotechnology iseda, 2019
Imọ Ifojusi
Ilana: Nanopore MinION
Metagenomics bioinformatics isẹgun: Idinku DNA ti gbalejo, WIMP ati itupalẹ ARMA
Wiwa iyara: wakati 6
Ifamọ giga: 96.6%
Awọn abajade bọtini
Ni ọdun 2006, ikolu ti atẹgun kekere (LR) fa iku eniyan 3 milionu ni agbaye.Ọna aṣoju fun wiwa pathogen LR1 jẹ ogbin, eyiti ko ni ifamọ ti ko dara, akoko-yika gigun ati aini itọnisọna ni itọju aporo aisan tete.Iyara ati deede ayẹwo makirobia ti pẹ ti jẹ iwulo iyara.Dókítà Justin láti Yunifásítì ti East Anglia àti àwọn alábàákẹ́gbẹ́ rẹ̀ ṣàṣeyọrí ní àṣeyọrí ní ìmújáde ọ̀nà mẹ́tagenomic kan tí ó jẹ́ Nanopore fún ìṣàwárí pathogen.Gẹgẹbi iṣiṣẹ iṣẹ wọn, 99.99% ti DNA agbalejo le dinku.Iwari ninu awọn pathogens ati awọn jiini sooro aporo le pari ni awọn wakati 6.
Itọkasi
Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomics jẹ ki ayẹwo ile-iwosan iyara ti ikolu ti atẹgun kekere ti kokoro arun.Biotechnology iseda, 37(7), 1.
