BMKCloud Log in
条形pasia-03

Awọn ọja

Ohun ọgbin / Animal De Novo Genome Sequencing

De Novoitọka itọka si ikole ti ẹda kan 'gbogbo genome nipa lilo awọn imọ-ẹrọ titele, fun apẹẹrẹ PacBio, Nanopore, NGS, ati bẹbẹ lọ, laisi jiini itọkasi kan.Ilọsiwaju iyalẹnu ni ipari kika ti awọn imọ-ẹrọ itẹlera iran kẹta ti mu awọn aye tuntun ni apejọ awọn genomes eka, gẹgẹbi awọn ti o ni heterozygosity giga, ipin giga ti awọn agbegbe atunwi, polyploids, bbl ipinnu awọn eroja ti atunwi, awọn agbegbe pẹlu awọn akoonu GC ajeji ati awọn agbegbe eka miiran ti o ga julọ.

Platform: PacBio Sequel II / Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq Platform


Awọn alaye Iṣẹ

Awọn abajade Ririnkiri

Ikẹkọ Ọran

Awọn anfani Iṣẹ

1 Idagbasoke-ti-tẹle-ati-bioinformatics-in-de-novo-genome-assembly

Idagbasoke ti awọn iru ẹrọ titele ati bioinformatics nide novojiini ijọ

(Amarasinghe SL et al.,Biology Biology, 2020)

● Ṣiṣe awọn genomes aramada ati imudarasi awọn genomes itọkasi ti o wa tẹlẹ fun iru iwulo.

● Iwọn to gaju, ilọsiwaju ati pipe ni apejọ

● Ṣiṣe awọn orisun ipilẹ fun iwadi ni ọna-ọna polymorphism, QTLs, atunṣe pupọ, ibisi, ati bẹbẹ lọ.

● Ti ni ipese pẹlu iwoye kikun ti awọn iru ẹrọ ilana iran-kẹta: ojutu apejọ jiini-iduro kan

● Atẹle ti o rọ ati awọn ilana iṣakojọpọ ti nmu awọn genomes oniruuru pẹlu awọn ẹya oriṣiriṣi

● Ẹgbẹ bioinformatician ti oye giga pẹlu iriri nla ni awọn apejọ genome eka, pẹlu polyploids, awọn genomes omiran, ati bẹbẹ lọ.

● Ju awọn ọran aṣeyọri 100 lọ pẹlu ikojọpọ ipa ti a tẹjade ti o ju 900 lọ

● Yipada-akoko ni iyara bi oṣu 3 fun apejọ ipele-chromosome.

● Atilẹyin imọ-ẹrọ to lagbara pẹlu lẹsẹsẹ awọn itọsi ati awọn aṣẹ lori ara sọfitiwia ni ẹgbẹ idanwo mejeeji ati bioinformatics.

Awọn pato Iṣẹ

 

Akoonu

 

 

Platform

 

 

Ka Gigun

 

 

Ibora

 

Iwadi Jiini

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

≥ 50X

 

 

Ilana Jiini

 

PacBio Revio

 

15 kb HiFi Say

 

≥ 30X

 

Hi-C

 

Illumina NovaSeq

 

PE150

 

100X

 

 

 

Sisan iṣẹ

de novo

Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ

Awọn ibeere Apeere:

Awọn eya

Tissu

Fun PacBio

Fun Nanopore

Ẹranko

Awọn ara visceral (ẹdọ, Ọlọ, bbl)

≥ 1.0 g

≥ 3.5 g

Isan-ara

≥ 1.5 g

≥ 5.0 g

Ẹjẹ ti osin

≥ 1.5 milimita

≥ 5.0 milimita

Ẹjẹ ti ẹja tabi awọn ẹiyẹ

0,2 milimita

0,5 milimita

Awọn ohun ọgbin

Ewe tuntun

≥ 1.5 g

≥ 5.0 g

Petal tabi yio

≥ 3.5 g

≥ 10.0 g

Awọn gbongbo tabi awọn irugbin

≥ 7.0 g

≥ 20.0 g

Awọn sẹẹli

Aṣa sẹẹli

≥ 3×107

≥ 1×108

Niyanju Ifijiṣẹ Apeere

Apoti: tube centifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Fun pupọ julọ awọn ayẹwo, a ṣeduro lati ma ṣe itọju ni ethanol.
Apejuwe Apeere: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aami ni kedere ati aami si fọọmu alaye ayẹwo ti a fi silẹ.
Gbigbe: yinyin gbigbẹ: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni iṣakojọpọ ninu awọn apo akọkọ ati sin ni yinyin gbigbẹ.

Sisan Iṣẹ Iṣẹ

Ayẹwo QC

Apẹrẹ adanwo

ifijiṣẹ ayẹwo

Ifijiṣẹ apẹẹrẹ

Pilot ṣàdánwò

DNA isediwon

Igbaradi Library

Ikole ìkàwé

Titele

Titele

Itupalẹ data

Itupalẹ data

Lẹhin ti sale Services

Lẹhin-tita awọn iṣẹ


  • Ti tẹlẹ:
  • Itele:

  • * Awọn abajade demo ti o han nibi gbogbo wa lati awọn genomes ti a tẹjade pẹlu Awọn imọ-ẹrọ Biomarker

    1.Circos lori chromosome-ipele genome ijọ tiG. rotundifoliumnipasẹ Nanopore lesese Syeed

    3Circos-on-genomic-awọn ẹya-ara-ti-owu-genome

    Wang M et al.,Isedale Molikula ati ItankalẹỌdun 2021 

    2.Statistics of Weining rye genome ijọ ati annotation

    4 Awọn iṣiro-ti-genome-apejọ-ati-annotation

    Li G et al.,Iseda GeneticsỌdun 2021

    3.Gene asọtẹlẹ tiSechium edulegenome, ti o wa lati awọn ọna asọtẹlẹ mẹta:De novoAsọtẹlẹ ti o da lori Homology ati asọtẹlẹ orisun data RNA-Seq

    5Gene-asọtẹlẹ

    Fu A et al.,Iwadi HorticultureỌdun 2021

    4.Identification ti mule gun ebute tun ni owu mẹta genomes

    6 Idanimọ-ti-genome-atunse-eroja

    Wang M et al.,Isedale Molikula ati ItankalẹỌdun 2021

    5.Hi-C ooru maapu ti awọnC. acuminatagenome ti n ṣe afihan jiini-jakejado gbogbo-nipasẹ-gbogbo awọn ibaraẹnisọrọ.Kikan ti awọn ibaraenisepo Hi-C jẹ iwon si aaye laini laarin awọn contigs.Laini taara ti o mọ lori maapu ooru yii tọkasi didari deede ti awọn contigs lori awọn chromosomes.(Ipin idaduro ti nlọsiwaju: 96.03%)

    7Hi-C-ooru-map-on-pejo-sequencing-anchoring

    kang M et al.,Awọn ibaraẹnisọrọ iseda,2021

     

    BMK nla

    Apejọ jiini ti o ni agbara giga ṣe afihan awọn abuda genomic rye ati awọn jiini pataki agronomically

    Atejade: Iseda GeneticsỌdun 2021

    Ilana ilana-tẹle:

    Apejọ Genome: Ipo PacBio CLR pẹlu ile-ikawe 20 kb (497 Gb, isunmọ. 63×)
    Atunse ọkọọkan: NGS pẹlu ile-ikawe DNA 270 bp (430 Gb, isunmọ. 54 ×) lori pẹpẹ Illumina
    Idaduro awọn ọna kika: Ile-ikawe Hi-C(560 Gb, isunmọ. 71×) lori pẹpẹ Illumina
    Maapu opiti: (779.55 Gb, isunmọ. 99×) lori Bionano Irys

    Awọn abajade bọtini

    1.An apejọ ti genome Weining rye ti a tẹjade pẹlu iwọn jiini lapapọ ti 7.74 Gb (98.74% ti iwọn genome ti a pinnu nipasẹ cytometry ṣiṣan).Scaffold N50 ti apejọ yii ṣaṣeyọri 1.04 Gb.93.67% ti awọn contigs ni a ti daduro ni aṣeyọri lori awọn chromosomes pseudo-7.Apejọ yii jẹ iṣiro nipasẹ maapu ọna asopọ, LAI ati BUSCO, eyiti o yorisi awọn ikun giga ni gbogbo awọn igbelewọn.

    2.Awọn ilọsiwaju siwaju sii lori awọn genomics afiwera, maapu asopọ asopọ jiini, awọn ẹkọ transcriptomics ni a ṣe lori ipilẹ ti jiini yii.Ọpọlọpọ awọn ami-ara ti o ni ibatan awọn ẹya ara ẹrọ jiini ni a fihan pẹlu awọn ẹda-ẹda jiini jakejado-jiini ati ipa wọn lori awọn jiini biosynthesis sitashi;agbari ti ara ti eka prolamin loci, awọn ẹya ikosile jiini ti o wa labẹ ami akọle ni kutukutu ati awọn agbegbe chromosomal ti o ni ibatan si inu ile ati loci ni rye.

    PB-kikun-ipari-RNA-Sequencing-case-iwadi

    Aworan aworan Circos lori awọn ẹya ara-ara ti Genoming rye genome

    PB-kikun-ipari-RNA-yiyan-splicing

    Awọn itupale itankalẹ ati chromosome synteny ti jiini rye

    Itọkasi

    Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Apejọ jiini ti o ni agbara giga ṣe afihan awọn abuda genomic rye ati awọn jiini pataki agronomically.Nat Genet 53,574–584 (2021).

    https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z

    gba agbasọ

    Kọ ifiranṣẹ rẹ nibi ki o si fi si wa

    Fi ifiranṣẹ rẹ ranṣẹ si wa: