Itọpa-apakan Iṣatunṣe Ibi-Pato-Pato (SLAF-Seq)
Ṣiṣan iṣẹ
Iṣẹ naa ni diẹ ninu apẹrẹ-tẹlẹ ni yanrin lati ṣe iṣeduro yiyan henensiamu ti o dara julọ lori igbaradi ti ile-ikawe naa.
Ilana imọ-ẹrọ
Awọn ẹya ara ẹrọ Iṣẹ
● Ṣiṣeto lori NovaSeq pẹlu PE150.
● Igbaradi ile-ikawe pẹlu kooduopo ilọpo meji, mimuuṣiṣẹpọ akojọpọ ti o ju awọn apẹẹrẹ 1000 lọ.
● Ominira ti jiini itọkasi:
Pẹlu jiini itọkasi: SNP ati Awari InDel
Laisi jiini itọkasi: iṣupọ ayẹwo ati wiwa SNP
● Ninu awọnni-ohun alumọniipele apẹrẹ-tẹlẹ ọpọ awọn akojọpọ henensiamu ihamọ ti wa ni iboju lati wa awọn ti o ṣe agbejade pinpin aṣọ kan ti awọn afi SLAF lẹgbẹẹ jiomejiini.
● Lakoko iṣaju-idanwo, awọn akojọpọ enzymu mẹta ni idanwo ni awọn apẹẹrẹ 3 lati ṣe agbekalẹ awọn ile-ikawe SLAF 9, ati pe alaye yii ni a lo lati yan idapọ enzyme ihamọ ti o dara julọ fun iṣẹ akanṣe naa.
Awọn anfani Iṣẹ
●Ga Jiini asami Awari: A ṣepọ kan ti o ga-throughput ė kooduopo eto gbigba fun awọn igbakana lesese ti o tobi olugbe, ati locus-pato ampilifaya imudara ṣiṣe, aridaju wipe tag awọn nọmba pade awọn Oniruuru ibeere ti awọn orisirisi iwadi ibeere.
● Igbẹkẹle kekere lori Genome: O le lo si awọn eya pẹlu tabi laisi genome itọkasi.
●Rọ Ero Design: Enzyme-ẹyọkan, enzyme-meji, digestion multi-enzyme, ati awọn oriṣiriṣi oriṣiriṣi awọn enzymu le ṣee yan lati ṣaajo si awọn ibi-afẹde iwadi ti o yatọ tabi eya.
● Ṣiṣe giga ni Digestion Enzymatic: Itọnisọna ti ẹyani-ohun alumọniiṣaju-apẹrẹ ati iṣaju iṣaju ṣe idaniloju apẹrẹ ti o dara julọ pẹlu paapaa pinpin awọn aami SLAF lori chromosome (1 SLAF tag / 4Kb) ati ki o dinku ilana atunṣe (<5%).
●Amoye nla: A mu ọpọlọpọ iriri wa si gbogbo iṣẹ akanṣe, pẹlu igbasilẹ orin ti pipade lori awọn iṣẹ akanṣe SLAF-Seq 5000 lori awọn ọgọọgọrun eya, pẹlu awọn ohun ọgbin, awọn ẹranko, awọn ẹiyẹ, awọn kokoro, ati awọn oganisimu omi.
● Ṣiṣan iṣan-iṣẹ Bioinformatic ti ara ẹni: A ṣe agbekalẹ iṣan-iṣẹ bioinformatic ti a ṣepọ fun SLAF-Seq lati rii daju pe igbẹkẹle ati deede ti iṣelọpọ ipari.
Awọn pato Iṣẹ
| Iru ti onínọmbà | Niyanju olugbe asekale | Ilana titele | |
| Ijinle ti tag lesese | Nọmba tag | ||
| Awọn maapu Jiini | 2 obi ati> 150 ọmọ | Awọn obi: 20x WGS Ipese: 10x | Iwọn jiini: <400 Mb: WGS ni iṣeduro <1Gb: 100K afi 1-2Gb :: 200K afi > 2Gb: 300K afi Max 500k afi |
| Awọn Iwadi Ẹgbẹ-Apapọ Genome (GWAS) | ≥200 awọn ayẹwo | 10x | |
| Jiini Itankalẹ | Awọn ayẹwo ≥30, pẹlu> awọn ayẹwo 10 lati ẹgbẹ-ẹgbẹ kọọkan | 10x | |
Awọn ibeere Iṣẹ
Ifojusi ≥ 5 ng/µL
Lapapọ iye ≥ 80 ng
Nandrop OD260/280 = 1.6-2.5
Agarose gel: ko si tabi ibajẹ ti o ni opin tabi ibajẹ
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti: 2 milimita tube centifuge
(Fun pupọ julọ awọn ayẹwo, a ṣeduro lati ma ṣe itọju ni ethanol)
Apejuwe Apeere: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aami ni kedere ati aami si fọọmu alaye ayẹwo ti a fi silẹ.
Gbigbe: yinyin gbigbẹ: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni iṣakojọpọ ninu awọn apo akọkọ ati sin ni yinyin gbigbẹ.
Ṣiṣẹ Iṣẹ Iṣẹ
Ayẹwo QC
Pilot ṣàdánwò
SLAF-idanwo
Igbaradi Library
Titele
Data onínọmbà
Lẹhin-tita Services
Itupalẹ bioinformatical wa ni ninu:
Data QC ati gige data lati yọkuro awọn kika N-ọlọrọ, kika ohun ti nmu badọgba tabi kika didara kekere.
Iṣakoso didara keji ti mimọ ka lati ṣayẹwo pinpin ipilẹ, didara lẹsẹsẹ ati igbelewọn data, ṣugbọn tun lati ṣayẹwo ṣiṣe tito nkan lẹsẹsẹ ati awọn ifibọ ti o gba.
Ni kete ti a ba ṣayẹwo awọn kika, awọn aṣayan meji wa:
- Ìyàwòrán sí ìtọ́ka genome
- Laisi jiini itọkasi: iṣupọ
Lẹhin rẹ, itupalẹ ti awọn aami SLAF ni a lo lati ṣe diẹ ninu awọn ipe iyatọ lati ṣe iranlọwọ pẹlu wiwa asami: SNP, InDel, SNV, pipe CV ati asọye
Pipin awọn aami SLAF lori awọn krómósómù:
Pipin awọn SNP lori awọn krómósómù:
SNP asọye
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X ati Shi C (2023) aworan agbaye QTL ati itupalẹ akoonu gaari lakoko dida esoPyrus pyrifolia.Iwaju. Ohun ọgbin Sci.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., & Sun, L. (2022). Idanimọ ti st1 ṣe afihan yiyan kan ti o kan hitchhiking ti morphology irugbin ati akoonu epo lakoko ti ile soybean.Eweko Biotechnology akosile, 20 (6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et al.Ilana Jiini ati oniruuru jiini ti carp ti o wọpọ,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et al.Jinomii ti ẹpa ti a gbin n pese oye si awọn karyotypes legume, itankalẹ polyploid ati ile gbigbe irugbin.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Odun | Iwe akosile | IF | Akọle | Awọn ohun elo |
| 2022 | Awọn ibaraẹnisọrọ iseda | 17.694 | Ipilẹ jinomiki ti giga-chromosomes ati giga-genome ti peony igi Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| Ọdun 2015 | Onimọ-jinlẹ tuntun | 7.433 | Awọn ifẹsẹtẹ inu ile dakọ awọn agbegbe genomic ti pataki agronomic ni soybean | SLAF-GWAS |
| 2022 | Iwe akosile ti Iwadi ilọsiwaju | 12.822 | Awọn introgressions atọwọda jakejado Genome ti Gossypium barbadense sinu G. hirsutum ṣafihan loci ti o ga julọ fun ilọsiwaju nigbakanna ti didara okun owu ati ikore awọn iwa | SLAF-Evolutionary Jiini |
| 2019 | Ohun ọgbin Molecular | 10.81 | Olugbeye Genomic Analysis ati De Novo Apejọ Ṣe afihan ipilẹṣẹ ti Weedy Rice bi Ere Itankalẹ | SLAF-Evolutionary Jiini |
| 2019 | Iseda Genetics | 31.616 | Ilana Jiini ati oniruuru jiini ti carp ti o wọpọ, Cyprinus carpio | SLAF-Asopọ map |
| Ọdun 2014 | Iseda Genetics | 25.455 | Jinomii ti ẹpa ti a gbin n pese oye si awọn karyotypes legume, polyploid itankalẹ ati irugbin domestication. | SLAF-Asopọ map |
| 2022 | Eweko Biotechnology akosile | 9.803 | Idanimọ ti ST1 ṣafihan yiyan ti o kan hitchhiking ti mofoloji irugbin ati akoonu epo nigba ti soybean domestication | SLF-Ami idagbasoke |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Idanimọ ati Idagbasoke Aami DNA fun Alikama-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomic Chromosome Iyipada | SLF-Ami idagbasoke |
| Odun | Iwe akosile | IF | Akọle | Awọn ohun elo |
| Ọdun 2023 | Furontia ni ọgbin Imọ | 6.735 | Iṣaworan agbaye QTL ati itupalẹ transcriptome ti akoonu suga lakoko gbigbẹ eso ti Pyrus pyrifolia | Jiini Map |
| 2022 | Eweko Biotechnology akosile | 8.154 | Idanimọ ti ST1 ṣafihan yiyan kan ti o kan hitchhiking ti mofoloji irugbin ati akoonu epo lakoko ti ile soybean
| SNP pipe |
| 2022 | Furontia ni ọgbin Imọ | 6.623 | Àwòrán Ẹgbẹ́ Jimọ-jakejado ti Hulless Barely Phenotypes ni Ayika Ogbele.
| GWAS |
