Itọpa-apakan Iṣatunṣe Ibi-Pato-Pato (SLAF-Seq)
Awọn alaye Iṣẹ
Ilana imọ-ẹrọ
Sisan iṣẹ
Awọn anfani Iṣẹ
Ṣiṣe wiwa asami giga- Imọ-ẹrọ ilana atẹle-giga ṣe iranlọwọ SLAF-Seq ni wiwa awọn ọgọọgọrun egbegberun awọn afi laarin gbogbo jiini.
Igbẹkẹle kekere lori jiini- O le lo si awọn eya boya pẹlu tabi laisi genome itọkasi kan.
Apẹrẹ eto ti o rọ- Enzyme ẹyọkan, enzyme-meji, tito nkan lẹsẹsẹ enzymu pupọ ati awọn oriṣiriṣi awọn ensaemusi, gbogbo wọn ni a le yan lati ṣaajo ibi-afẹde iwadii oriṣiriṣi tabi eya.Iṣiro-tẹlẹ ni yanrin ni a lo lati ṣe idaniloju apẹrẹ henensiamu to dara julọ.
Tito nkan lẹsẹsẹ enzymatic ti o munadoko- A ṣe idanwo-ṣaaju lati mu awọn ipo pọ si, eyiti o jẹ ki idanwo deede jẹ iduroṣinṣin ati igbẹkẹle.Imudara ikojọpọ ida le ṣaṣeyọri ju 95%.
Boṣeyẹ pin awọn aami SLAF- Awọn aami SLAF ni a pin ni deede ni gbogbo awọn krómósómù si iye ti o tobi julọ, ni iyọrisi aropin 1 SLAF fun 4 kb.
Munadoko ayi ti ntun- Atunyẹwo leralera ni data SLAF-Seq dinku si isalẹ ju 5%, ni pataki ni awọn eya pẹlu ipele giga ti awọn atunwi, gẹgẹbi alikama, agbado, ati bẹbẹ lọ.
Iriri pupọJu awọn iṣẹ akanṣe SLAF-Seq 2000 ti o ni pipade lori awọn ọgọọgọrun ti eya ti o bo awọn ohun ọgbin, awọn ẹranko, awọn ẹiyẹ, awọn kokoro, awọn oganisimu aqua, ati bẹbẹ lọ.
Ṣiṣan iṣelọpọ bioinformatic ti ara ẹni- Ṣiṣan iṣan bioinformatic ti a ṣepọ fun SLAF-Seq jẹ idagbasoke nipasẹ BMKGENE lati rii daju igbẹkẹle ati deede ti iṣelọpọ ipari.
Awọn pato Iṣẹ
| Platform | Konc.(ng/gl) | Lapapọ (ug) | OD260/280 |
| Illumina NovaSeq | >35 | >1.6(Iwọn didun>15μl) | 1.6-2.5 |
Niyanju Ọkọọkan nwon.Mirza
Ijinle ilana: 10X/Tag
| Iwon Jiini | Niyanju SLAF Tags |
| <500 Mb | 100K tabi WGS |
| 500 Mb- 1 Gb | 100 K |
| 1 Gb -2 Gb | 200 K |
| Omiran tabi eka genomes | 300 - 400K |
| Awọn ohun elo
| Ti ṣe iṣeduro Iwọn Olugbe
| Ilana titele ati ijinle
| |
| Ijinle
| Nọmba Tag
| ||
| GWAS
| Nọmba apẹẹrẹ ≥ 200
| 10X
|
Gẹgẹ bi genome iwọn
|
| Jiini Itankalẹ
| Awọn ẹni-kọọkan ti kọọkan ẹgbẹ-ẹgbẹ ≥ 10; lapapọ awọn ayẹwo ≥ 30
| 10X
| |
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti: 2 milimita tube centifuge
Fun pupọ julọ awọn ayẹwo, a ṣeduro lati ma ṣe itọju ni ethanol.
Apejuwe Apeere: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aami ni kedere ati aami si fọọmu alaye ayẹwo ti a fi silẹ.
Gbigbe: yinyin gbigbẹ: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni iṣakojọpọ ninu awọn apo akọkọ ati sin ni yinyin gbigbẹ.
Ṣiṣẹ Iṣẹ Iṣẹ
Ayẹwo QC
Pilot ṣàdánwò
SLAF-idanwo
Igbaradi Library
Titele
Data onínọmbà
Lẹhin-tita Services
1. Awọn iṣiro ti abajade maapu
2. SLAF sibomiiran idagbasoke
3. Atọka iyatọ
| Odun | Iwe akosile | IF | Akọle | Awọn ohun elo |
| 2022 | Awọn ibaraẹnisọrọ iseda | 17.694 | Ipilẹ jinomiki ti giga-chromosomes ati giga-genome ti peony igi Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| Ọdun 2015 | Onimọ-jinlẹ tuntun | 7.433 | Awọn ifẹsẹtẹ inu ile dakọ awọn agbegbe genomic ti pataki agronomic ni soybean | SLAF-GWAS |
| 2022 | Iwe akosile ti Iwadi ilọsiwaju | 12.822 | Awọn introgressions atọwọda jakejado Genome ti Gossypium barbadense sinu G. hirsutum ṣafihan loci ti o ga julọ fun ilọsiwaju nigbakanna ti didara okun owu ati ikore awọn iwa | SLAF-Evolutionary Jiini |
| Ọdun 2019 | Ohun ọgbin Molecular | 10.81 | Olugbejade Genomic Analysis ati De Novo Apejọ Ṣe afihan ipilẹṣẹ ti Weedy Rice bi Ere Itankalẹ | SLAF-Evolutionary Jiini |
| Ọdun 2019 | Iseda Genetics | 31.616 | Ilana Jiini ati oniruuru jiini ti carp ti o wọpọ, Cyprinus carpio | SLAF-Asopọ map |
| Ọdun 2014 | Iseda Genetics | 25.455 | Jinomii ti ẹpa ti a gbin n pese oye si awọn karyotypes legume, polyploid itankalẹ ati irugbin domestication. | SLAF-Asopọ map |
| 2022 | Eweko Biotechnology akosile | 9.803 | Idanimọ ti ST1 ṣafihan yiyan ti o kan hitchhiking ti mofoloji irugbin ati akoonu epo nigba ti soybean domestication | SLF-Ami idagbasoke |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Idanimọ ati Idagbasoke Aami DNA fun Alikama-Leymus mollis 2Ns (2D) Disomic Chromosome Iyipada | SLF-Ami idagbasoke |
