Gbogbo transcriptome lesese – Illumina
Awọn ẹya ara ẹrọ
● Ile-ikawe meji lati ṣe ilana tiranscriptome pipe: idinku rRNA ti o tẹle pẹlu igbaradi ile-ikawe PE150 ati yiyan iwọn ti o tẹle pẹlu igbaradi ile-ikawe SE50
● Itupalẹ bioinformatics pipe ti mRNA, lncRNA, circRNA ati miRNA ni awọn ijabọ bioinformatics lọtọ
● Ayẹwo apapọ ti gbogbo ikosile RNA ni ijabọ apapọ, pẹlu itupalẹ awọn nẹtiwọki ceRNA.
Awọn anfani Iṣẹ
●Ayẹwo ti o jinlẹ ti awọn nẹtiwọọki ilanaOnínọmbà nẹtiwọọki ceRNA ṣiṣẹ nipasẹ ilana apapọ ti mRNA, lncRNA, circRNA ati miRNA ati nipasẹ iṣan-iṣẹ bioinformatic pipe.
●Okeerẹ Annotation: a lo awọn apoti isura infomesonu pupọ lati ṣe alaye iṣẹ-ṣiṣe Awọn Jiini Iyatọ Awọn Jiini (DEGs) ati ṣe iṣiro imudara imudara ti o baamu, pese awọn imọran lori awọn ilana cellular ati molikula ti o wa labẹ idahun transcriptome.
●Amoye nla: pẹlu igbasilẹ orin ti pipade ni aṣeyọri lori 2000 gbogbo awọn iṣẹ akanṣe transcriptome ni ọpọlọpọ agbegbe iwadi, ẹgbẹ wa mu ọpọlọpọ iriri wa si gbogbo iṣẹ akanṣe.
●Iṣakoso Didara lile: a ṣe awọn aaye iṣakoso mojuto ni gbogbo awọn ipele, lati apẹẹrẹ ati igbaradi ile-ikawe si ilana ati bioinformatics.Abojuto to ṣe pataki yii ṣe idaniloju ifijiṣẹ ti awọn abajade didara to gaju nigbagbogbo.
● Itọkasi Okeerẹ: a lo awọn apoti isura infomesonu pupọ lati ṣe alaye iṣẹ-ṣiṣe Awọn Jiini Iyatọ Awọn Jiini (DEGs) ati ṣe iṣiro imudara imudara ti o baamu, pese awọn imọran lori awọn ilana cellular ati molikula ti o wa labẹ idahun transcriptome.
●Post-Tita Support: Ifaramo wa ti kọja ipari iṣẹ akanṣe pẹlu akoko iṣẹ-iṣẹ 3-osu lẹhin-tita.Lakoko yii, a funni ni atẹle iṣẹ akanṣe, iranlọwọ laasigbotitusita, ati awọn akoko Q&A lati koju eyikeyi awọn ibeere ti o ni ibatan si awọn abajade
Awọn ibeere Ayẹwo ati Ifijiṣẹ
| Ile-ikawe | Ilana titele | Data niyanju | Iṣakoso didara |
| rRNA ti dinku | Imọlẹ PE150 | 16 gb | Q30≥85% |
| Ti yan iwọn | Illumina SE50 | 10-20M kika |
Awọn ibeere Apeere:
Nucleotides:
| Konc.(ng/μl) | Iye (μg) | Mimo | Òtítọ́ |
| ≥ 100 | ≥ 1 | OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 Lopin tabi ko si amuaradagba tabi idoti DNA ti o han lori jeli. | Awọn ohun ọgbin: RIN≥6.5 Eranko: RIN≥7.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ni opin tabi ko si igbega ipilẹ |
Niyanju Ifijiṣẹ Apeere
Apoti:
tube centrifuge 2 milimita (a ko ṣeduro bankanje Tin)
Ifamisi apẹẹrẹ: Ẹgbẹ+ ṣe ẹda fun apẹẹrẹ A1, A2, A3;B1, B2, B3......
Gbigbe:
1.Dry-ice: Awọn ayẹwo nilo lati wa ni aba ti awọn apo ati ki o sin ni gbẹ-yinyin.
2.RNAstable tubes: Awọn ayẹwo RNA le gbẹ ni tube imuduro RNA (fun apẹẹrẹ RNAstable®) ati gbigbe ni iwọn otutu yara.
Sisan Iṣẹ Iṣẹ
Apẹrẹ adanwo
Ifijiṣẹ apẹẹrẹ
RNA isediwon
Ikole ìkàwé
Titele
Itupalẹ data
Lẹhin-tita awọn iṣẹ
Bioinformatics
RNA ikosile Akopọ
Awọn Jiini Iyatọ Ti Afihan
ayẹwo ceRNA
Awọn miRNA ti a fihan ni iyatọ ati awọn RNA ti o ni ibatan
Ṣawakiri awọn ilọsiwaju iwadii ti o ni irọrun nipasẹ BMKGene'gbogbo awọn iṣẹ ṣiṣe itọsẹ transcriptome nipasẹ ikojọpọ ti awọn atẹjade ti a ti ṣoki.
Dai, Y. et al.(2022) 'Awọn profaili ikosile pipe ti mRNAs, lncRNAs ati awọn miRNAs ni arun Kashin-Beck ti a mọ nipasẹ RNA-sequencing', Molecular Omics, 18(2), oju-iwe 154-166.doi: 10.1039 / D1MO00370D.
Liu, N. nan et al.(2022) 'Transcriptomes ipari ni kikun igbekale ti tutu-resistance ti Apis cerana ni Changbai Mountain nigba overwintering akoko.', Gene, 830, p. 146503–146503.doi: 10.1016 / J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ ati al.(2022) 'Multi-Omics Integration-based Prioritization of Idije Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, p.904865. doi: 10.3389 / FONC.2022.904865 / BIBTEX.
Xu, P. et al.(2022) 'Itupalẹ iṣọpọ ti awọn profaili ikosile lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA ṣe afihan awọn oye aramada si awọn ilana ti o pọju ni idahun si awọn nematodes root-sora ninu epa', BMC Genomics, 23(1), pp. 1-12.doi: 10.1186 / S12864-022-08470-3 / isiro / 7.
Yan, Z. et al.(2022) 'Transkriptome gbogboogbo RNA ṣe afihan awọn ilana molikula ti o ni nkan ṣe pẹlu itọju didara ikore ni broccoli nipasẹ itanna LED pupa', Isedale ati Imọ-ẹrọ Postharvest, 188, p.111878. doi: 10.1016 / J.POSTHARVBIO.2022.111878.
