TOTUM GENOME RESEQUENCING
Structurae variantes in Sinensi multitudine earumque impulsum in phaenotypis, morbis et hominum adaptatione
Nanopore |PacBio |Totum genome re-sequentia |Variatio structuralis vocatio
In hoc studio, Nanopore PromethION sequencing a Biomarker Technologies cautum est.
Quisque ornare
In hoc studio, altiore landscape variationum structuralium (SVs) in genome humano revelatum est ope diuturnae lectionis sequelae in plat frome Nanopore PromethION, quae profundit intellectum SVs in phaenotypis, morbis et evolutionibus.
Design Experimentalis
Exempla: Periphericum sanguinis leukocytae 405 hominum Sinensium affinium (206 masculi et 199 foeminae) cum 68 mensuris phenotypicis et clinicis.Inter omnes homines, avitas regiones 124 singularum provinciarum in Septentrionali erant, singulae 198 erant Meridionalis, 53 meridionalis et 30 notae erant.
Deerant sequentia: Totum genome longum-legitur sequencing (LRS) cum Nanopore 1D legit et PacBio HiFi legit.
Sequencing platform: Nanopore PromethION;PacBio Sequel II
Structura Variation Vocatio
Figure 1. Workflow de SV vocatione et eliquatione
Pelagus Facta
Structura variatio inventionis et sanationis
Nanopore dateset: In summa 20.7 Tb munda legit generata in PromethION sequencing suggestu, assequendum medium 51 Gb data per specimen, approx.17 duplici modo patebat.
Relatio genome alignment (GRCh38): Mediocris tabularum faciendarum 94.1% consecuta est.Medius error rate (12.6%) similis erat priori studio benchmarking (12.6%) (Figura 2b et 2c)
Variatio structurae (SV) vocantem: SV callers applicatum in hoc studio Sniffles, NanoVar et NanoSV comprehendit.Fiducia SVs summa definita est ut SVs a duobus saltem salutatoribus notarentur et filtrationes in altitudinem, longitudinem et regionem transissent.
Mediocris inter 18,489 (a 15,439 ad 22,505) summus fiducia SVs in singulis sample identificabantur.(Figura 2d, 2e et 2f).
Figura 2. Super landscape de SVs notatur a Nanopore dataset
Convalidatio auctore PacBio: SVs in uno exemplo (HG002, puer) notati sunt a PacBio HiFi dataset.Suprema rate inventio falsa (FDR) erat 3.2%, illustrans respective certum SV agnitionem Nanopore legit.
Non redundans SVs et lineamenta genomica
SVs non-redundans: Copia ex 132,312 SVs non redundans impetrata sunt in bus SVs in omnibus exemplaribus, in quibus sunt 67,405 DELs, 60,182 INSs, 3,956 DUPs et 769 INVs.(Figura 3a)
Comparatio cum SV datasets exstitit: Haec dataset comparata est cum evulgandis TGS vel NGS dataset.Intra quattuor datastas comparatas, LRS15, quae etiam solae notitiae e suggestu longi-lectis sequendo (PacBio) maximas lapsus cum hac scriptione communicaverunt.Praeterea, 53,3% (70,471) de SVs in hac dataset relata sunt primum.Inspicere singulas SV generis, numerus INSs receptae cum longitudinis scriptionis sequelae notitias multo maior erat quam ceterae breves lectas, significans longum sequen- tum lecturum praecipue efficacem esse in deprehendendo INSs.(Figura 3b et 3c)
Figure 3. Proprietates non-superabundantis SVs ad sulum SV type
Lineamenta genomica: Numerus SVs cum chromosomate longitudinis insigniter connectuntur.Distributio genesis repetit, DELs(viridis), INS(blue), DUP(flavae) et INV(orange) in Circos diagrammate positae, ubi generale incrementum in SV in fine chromosomatis bracchiorum observatum est.(Figura 3d et 3e)
Longitudo SVs: Longitudines INSs et DELs signanter breviores inventae sunt quam DUPs et INVs, quae cum iis, quae a PacBio HiFi dataset, consenserunt.Longitudo omnium identificandorum SVs adiectae sunt usque ad 395.6 Mb, qui 13.2% totius genome humani generis occupavit.SVs affectus 23.0 Mb (approx. 0.8%) genome per singulos in mediocris.(Figura 3f et 3g)
Eget, phaenotypicae et orci impulsus SVs
Praedicta amissio functionis(pLoF) SVs: pLoF SVs definita sunt ut SVs cum CDS interacted, ubi coding nucleotides deletae sunt vel ORFs mutatae sunt.In summa 1,929 pLoF SVs circa CDS 1,681 genes annotatae sunt.Intra illos 38 genes extulit "receptor immunoglobulin ligamen" in GO analysi locupletandi.Haec pLoF SVs a GWAS, OMIM et COSMIC respective annotata sunt.(Figura 4a et 4b);
Phenotypice et cinematographice ad SVs pertinentes: A numerus SV in nanopore dataset ostensus est ad phenotypice et amet pertinet.Rara heterozygous DEL 19.3 kb, notae alpha-thalassemia causa, in tribus individuis notae sunt, quae dysfunctiones genesis Hemoglobin Subunit Alpha 1 et 2(HBA1 et HBA2).Alius DEL de 27.4 kb in gene coding Hemoglobin Subunit Beta (HBB) in alio individuo notus est.Hoc SV cognitum est hemoglobinopathiae graves causa.(Figura 4c)
Figure 4. pLoF SVs cum phaenotypis et morbis consociata
Commune DEL of 2.4 kb observatum est 35 homozygous et 67 heterozygous cursorium qui operit regionem integram 3 exonis incrementi Homone Receptor (GHR).Portitores homozygosi insigniter breviores quam heterzygosi inventi sunt(p=0.033).(Figura 4d)
Praeterea, hi SVs ad studia hominum evolutionis inter duos circulos regionales processit: Sinis Septentrionalis et Meridionalis.Insigniter differentiales SVs distributae inventae sunt in Chr 1, 2, 3, 6,10, 12, 14 et 19, in quibus, supremae regiones immunitatibus sociatae sunt, ut IGH, MHC, etc. differentiatio in his SVs potest ob calliditate genetica et diuturno exponere diversis inflexionibus pro sub-populationibus in Sinis.
Reference
Wu, Zhikun, et al."Varietatio structuralis in Sinensi multitudine eorumque impulsum in phaenotypis, morbis et hominum adaptatione".bioRxiv(2021).
News and Highlights intendit ad communicandas causas novissimas prosperos cum Biomarker Technologies, res gestas scientificas novas capiendo necnon artes principales in studio applicatas.
Post tempus: Jan-06-2022