Metagenomic Sequencing -NGS
Servitium Commoda
Solitudo et cultura liberum ad microbialem communitatem profiling
High resolution in detecting low-abundance species in environmental samples
Idea "meta-" integrat omnes lineas biologicas in gradu functionis, speciei plani et generum, quae dynamicam sententiam reflectit quae veritati propior est.
● BMK ingens experientiam in diversis speciebus specimen accumulat, cum supra 10,000 exempla processit.
Service Specifications
| Platform | Sequencing | Commendatur data | Tunc turnaround |
| Illumina NovaSeq Platform | PE150 | 6 G/10 G/20 G | 45 Days |
Bioinformatics analyses
Rudis notitia qualis imperium
Metagenome conventus
Non-abundans gene set et annotation
Species diversitatis analysis
Munus geneticae diversitatis analysis
inter coetus analysis
● Analysis Association contra factores experimentales
Sample Requisita et Delivery
Sample Requisita:
ForDNA excerpta:
| Sample Type | Moles | Coniunctis | Puritas |
| DNA excerpta | 30 ng | 1 ng/µl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ad exempla environmental:
| Sample type | Commendatur sampling procedure |
| Solum | Sampling amount: approx.5 g;Manens autem substantia arida debet a superficie removeri;Tere magna frusta et per 2 mm sparguntur;Aliquot specimina in EP-tube vel cyrotube sterili ad reservationem. |
| feces | Sampling amount: approx.5 g;Collecta et aliquot exempla in EP-tube vel cryotube sterili ad reservationem. |
| Intestina contenta | Exempla necesse est sub conditione aseptic discursum.Lava collecta cum PBS;Centrifuge PBS et praecipitantem in EP-tubes collige. |
| Sludge | Sampling amount: approx.5 g;Collecta et aliquot pituitae specimen in sterili ep-tube vel cryotube ad reservationem |
| Waterbody | Specimen pro limitata copia microbialium, ut sonum aquae, putei aquae, etc., collige saltem 1 L aquam et per 0.22 µm colum transi, ut microbialem in membrana locupletet.Membranam in tubo sterili repone. |
| Cutis | Superficiem cutem diligenter corradunt cum swab bombicis sterilibus vel chirurgicis mucrone et in tubo sterili pone. |
Sample Delivery commendatur
Exempla in nitrogenio liquido per 3—4 horas durata et in liquido nitrogenio vel -80 gradu ad longi temporis reservationem reponunt.Sample naviculas cum sicco-glacie exquiritur.
Service Opus O
Sample traditio
Library construction
Sequencing
Analysis
Post-venditionis officia
1.Histogram: Species distributionis
2.Functional genes annotatae ad KEGG metabolicae meatus
3.Heat map: Differential functions based on relative gene abundance
4.Circos card resistentiae antibioticae genes
BMK Case
Praevalentia resistentiae antibioticae genesis et pathogens bacterial circa radicem continuum solo mangrota.
Published:Acta Materiae Hazardoae, 2021
De consilio sequendo:
Materiae: DNA extracta quattuor fragmentorum radicis mangrovi adiuncti exempla: solum plantatum, rhizosphaera, episphaera et cellulae endosphaerae.
Rostra: Illumina HiSeq 2500
Scuta: Metagenome
16S rRNA gene V3-V4 region
Eventus key
Metagenomica sequencia et metabarcoding profilinge in radicibus soli continuum mangroti incisis discesserunt ut disseminationem resistentiae genesis antibioticae (ARGs) e solo in plantas studerent.Data metagenomica patefecit 91.4% generum resistentiae antibioticae communiter notari in omnibus quattuor locis supra memoratis, quae modum continuum ostenderunt.16S rrNA amplicon secantium generata 29,285 sequentia, figurans 346 species.Coniungendo cum speciebus profluentibus per amplicon sequelam, haec disseminatio inventa est sine microbiota radice associata, tamen faciliorem fieri potuit a mobilibus elementorum geneticorum.Hoc studium ARGs et pathogens e solo in plantas fluxum per continuum radicum solo connexum notavit.
Reference
Wang, C. Hu, R. Fortis, PJ, Zhuang, W. , & Shu, L. .(2020).Praevalentia resistentiae antibioticae genesis et pathogens bacterial circa radicem continuum solo-magna.Acta Materiae Periculosae 408, 124985.
