Sequentiatio Fragmentorum Amplificatorum Loci Specifici (SLAF-Seq)
Ordo Operis
Servitium quoddam prae-designatum in silico habet ad optimam selectionem enzymorum in praeparatione bibliothecae confirmandam.
Schema Technicum
Proprietates Servitii
● Sequentiatio in NovaSeq cum PE150.
● Praeparatio bibliothecae cum duplici codice lineari, quae plus quam 1000 exemplorum collectionem permittit.
● A genoma referentiali independens:
Cum genoma referentiali: inventione SNP et InDel
Sine genoma referentiali: coacervatio exemplorum et inventio SNP
● Inin silicoCombinationes enzymorum restrictionis multiplices in stadio ante designationem examinantur ut eae inveniantur quae distributionem uniformem indices SLAF per genoma generant.
● Per experimentum praeparatorium, tres combinationes enzymorum in tribus exemplaribus probantur ad novem bibliothecas SLAF generandas, et haec informatio ad optimam combinationem enzymorum restrictionis pro incepto eligendam adhibetur.
Commoda Servitii
●Inventio Signorum Geneticorum AltorumSystema duplicis codicis linearis altae capacitatis integramus, quod simul magnarum populationum sequentiare et amplificationem loco-specificam efficientiam augere potest, quo fit ut numeri inscriptionum variis requisitis variarum quaestionum investigationis satisfaciant.
● Parva Dependentia a GenomaAd species cum vel sine genoma referentiali applicari potest.
●Designatio Schematis FlexibilisDigestio unius enzymi, duorum enzymorum, multienzymorum, et varia genera enzymorum omnia eligi possunt ad varia proposita investigationis vel species aptanda.
● Alta Efficacia in Digestione EnzymaticaConductioin silicoPraeconsilium et experimentum praeconsilium optimum consilium cum distributione aequabili signorum SLAF in chromosomate (1 signo SLAF/4Kb) et sequentia repetitiva reducta (<5%) praestant.
●Peritia AmplaAbundantiam experientiae in omne proiectum afferimus, cum historia plus quam 5000 proiectorum SLAF-Seq in centenis speciebus, inter quas plantae, mammalia, aves, insecta et organismos aquaticos, concludendi.
● Fluxus Operis Bioinformatici a Se Ipso EvolutusIntegratum fluxum operis bioinformatici pro SLAF-Seq elaboravimus ut fidelitatem et accuratiam producti finalis curaremus.
Specificationes Servitii
| Genus analysis | Scala populationis commendata | Strategia Sequentiationis | |
| Profunditas ordinationis inscriptionum | Numerus tesserae | ||
| Tabulae Geneticae | Duo parentes et plus quam centum quinquaginta proles | Parentes: 20x WGS Proles: 10x | Magnitudo genomi: <400 Mb: WGS commendatur <1Gb: 100K notae 1-2Gb:: 200K notae >2Gb: 300K notae Maxime 500 milia inscriptionum |
| Studia Associationis Totius Genomatis (GWAS) | ≥200 exempla | Decies | |
| Evolutio Genetica | ≥30 exempla, cum >10 exemplis ex unoquoque subgrege | Decies | |
Requisita Servitii
Concentratio ≥ 5 ng/µL
Summa summa ≥ 80 ng
Nanogutta OD260/280=1.6-2.5
Gel agarosum: nulla vel parva degradatio vel contaminatio
Traditio Exemplaris Commendata
Vas: Tubus centrifugae 2 ml
(Plerisque exemplis, commendamus ne in aethanolo conserventur.)
Designatio exemplorum: Exempla clare designari debent et eadem ac forma informationum exemplorum submissa.
Missio: Glacies sicca: Exempla primum in saccis conficienda et in glacie sicca sepelienda sunt.
Ordo Operis Servitii
Specimen QC
Experimentum pilotarium
Experimentum SLAF
Praeparatio Bibliothecae
Sequentiatio
Analysis Datorum
Officia Post-venditionis
Nostra analysis bioinformatica haec complectitur:
QC datorum et excisio datorum ad tollendas lectiones N-dives, lectiones adaptorum, vel lectiones qualitatis inferioris.
Secunda inspectio qualitatis lectionum mundarum ad distributionem basium, qualitatem sequentiae et aestimationem datorum inspiciendas, sed etiam ad efficientiam digestionis et inserta obtenta inspicienda.
Postquam lectiones probatae sunt, duae optiones sunt:
- Mappatio ad genoma referentiale
- Sine genoma referentiali: coacervatio
Post hoc, analysis inscriptionum SLAF adhibita est ad aliquas vocationes variantium faciendas, quae inventioni indicatorum auxilium ferant: SNP, InDel, SNV, vocationes CV et annotationes.
Distributio signorum SLAF in chromosomatibus:
Distributio SNP in chromosomatibus:
Annotatio SNP
Jiang S, Li S, Luo J, Wang X et Shi C (2023) Descriptio QTL et analysis transcriptomica contenti sacchari per maturationem fructus...Pyrus pyrifolia.Frons. Scientiae Plantarum.14:1137104. doi: 10.3389/fpls.2023.1137104
Li, J., Zhang, Y., Ma, R., Huang, W., Hou, J., Fang, C., et Sun, L. (2022). Identificatio st1 selectionem ostendit quae morphologiam seminum et contentum olei per domesticationem soiae mutationem graduum implicat.Acta Biotechnologiae Plantarum, 20(6), 1110-1121. https://doi.org/10.1111/pbi.13791
Xu, P., Zhang, X., Wang, X.et alii.Sequentia genomatis et diversitas genetica cyprini vulgaris,Cyprinus carpio.Nat Genet 46, 1212–1219 (2014). https://doi.org/10.1038/ng.3098
Zhuang, W., Chen, H., Yang, M.et alii.Genomum arachidis cultae perspicuitatem praebet in karyotypa leguminum, evolutionem polyploidum et domesticationem frugum.Nat Genet 51, 865–876 (2019). https://doi.org/10.1038/s41588-019-0402-2
| Annus | Diarium | IF | Titulus | Applicationes |
| anno MMXXII | Communicationes naturae | 17.694 | Basis genomica giga-chromosomatum et giga-genomatis paeoniae arboris Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| MMXV | Phytologus Novus | 7.433 | Vestigia domesticationis regiones genomicas momenti agronomici in ... ancorant. soiae | SLAF-GWAS |
| anno MMXXII | Acta Investigationis Provectae | 12.822 | Introgressiones artificiales per totum genoma *Gossypii barbadensis* in *G. hirsutum* Loci superiores revelant ad simul qualitatem et proventum fibrae gossypii emendandum proprietates | SLAF-Genetica Evolutionaria |
| MMXIX | Planta Molecularis | 10.81 | Analysis Genomica Populationis et Assemblatio De Novo Originem Herbarum Revelant Oryza ut Ludus Evolutionis | SLAF-Genetica Evolutionaria |
| MMXIX | Genetica Naturae | 31.616 | Sequentia genomatis et diversitas genetica cyprini communis, Cyprini carpi | Tabula nexus SLAF |
| MMXIV | Genetica Naturae | 25.455 | Genoma arachidis cultae perspicuitatem in karyotypa leguminum, polyploida praebet. evolutio et domesticatio frugum. | Tabula nexus SLAF |
| anno MMXXII | Acta Biotechnologiae Plantarum | 9.803 | Identificatio ST1 selectionem ostendit quae morphologiam seminum per autostop implicat. et contentum olei per domesticationem soiae | Elaboratio SLAF-Marker |
| anno MMXXII | Acta Internationalia Scientiarum Molecularum | 6.208 | Identificatio et Elaboratio Signorum ADN pro Tritico-Leymo mollis 2Ns (2D) Substitutio Chromosomatis Disomica | Elaboratio SLAF-Marker |
| Annus | Diarium | IF | Titulus | Applicationes |
| anno MMXXIII | Fines in scientia plantarum | 6.735 | Descriptio QTL et analysis transcriptomica contenti sacchari per maturationem fructus Pyri pyrifoliae. | Tabula Genetica |
| anno MMXXII | Acta Biotechnologiae Plantarum | 8.154 | Identificatio ST1 selectionem ostendit quae morphologiam seminum et contentum olei per domesticationem soiae mutationem graduum implicat.
| Vocatio SNP |
| anno MMXXII | Fines in scientia plantarum | 6.623 | Delineatio Associationis Totius Genomatis Phaenotyporum Vix Hulless in Ambiente Siccitatis.
| GWAS |
