Long non-coding sequencing Illumina
Servitium Commoda
Service Commoda
Cellularia et TEXTUS specifica
Imprimis scaena exprimit ac dynamicam exprimit mutationem
Forma temporis ac spatii expressio
● Analysis Articulus cum variantibus data.
● BMKCloud-substructio proventuum partus: Customized data-mining available on platform.
Post-venditionis officia valet pro III mensibus in project completionem
Sample Requisita et Delivery
| Bibliotheca | Platform | Commendatur data | Data QC |
| rRNA deperditionem | Illumina PE150 | 10 Gb | Q30≥85% |
| Conc. | Moles (μg) | Puritas | Integritas |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Nullam dapibus vel dapibus vel DNA contagione gel ostensum est. | Pro plantis: RIN≥6.5; Pro animalibus: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; limitata vel non collocantur elevatione |
Nucleotides:
TEXTUS: Pondus (siccus): ≥1 g
*Pro texti minore quam 5 mg, commendamus ut mico congelato (in liquido nitrogen) texti specimen mittat.
Cellam suspensionem: Cell comitem = 3×107
* Commendamus navem gelidam cellam lysatam.In casu autem cellula minor quam V × 105mico constringitur in liquore nitrogenio commendatur.
Sanguinis exempla:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol et 2mL sanguis (TRIzol: sanguis = 3, 1)
Sample Delivery commendatur
Continens: 2 ml tubum centrifugium (foil plumbi non commendatur)
Sample labeling: Group+replicata eg A1, A2, A3;B1, B2, B3...
Shipment:
1.Dry-glacies: Exemplaria in saccis referta necesse est et in glacie siccitate defossa.
2.RNAstable tube: RNA specimina in RNA stabilizationis tubo exsiccata possunt (eg RNAstable®) et in cella temperatura exsiccata sunt.
Service Opus O
Experimentum design
Sample traditio
RNA extractionem
Library construction
Sequencing
Analysis
Post-venditionis officia
Bioinformatics
1.LncRNA divisio
LncRNA praedicta a quattuor programmatibus supra in 4 genera indicatur: lincRNA, anti-sensum-LncRNA, intronic-LncRNA;sensus—LncRNA.Notatio LncRNA in Meistorio infra monstrata est.
LncRNA genus
2. Cis-iscop genes of DE-lncRNA locupletandi analysis
ClusterProfiler adhibitum est in GO analysi locupletandi in gena cis-targetum differentiali lncRNA expressorum (DE-lncRNA), secundum processuum biologicum, functiones hypotheticas et cellularum partium.GO analysis locupletatio est processus ad cognoscendum DEG directum signanter locupletatum GO termini toti genome comparati.Termini locupletati praesentati sunt in histogramma, bulla chart, etc. ut infra patebit.
Cis-targeted genes of DE lncRNA locupletatio analysis -Bubble chart
3. Comparando longitudinem, exon numerum, ORF et expressionem quantitatem mRNA et lncRNA, differentias structurarum, sequentiarum et reliquarum inter eas intelligere possumus, ac etiam comprobare an nova lncRNA praedicta a nobis notis generalibus conformentur.
BMK Case
Expressio deregulata lncRNA in muris pulmonis adenocarcinomas cum mutatione KRAS‐G12D et P53 knockout
Published:Acta Medicinae Cellulares et Moleculares2019
Sequencing strategy
Illumina
Sample collection
In nonMMUT015812-clavatio KP (shRNA-2) cellulas et imperium negativum (sh-Scr) cellulae VI die quadam viralis infectionis specificae consecutae sunt.
Eventus key
Hoc studium investigare aberranter expressit lncRNAs in pulmone muse adenocarcinoma cum P53 knockout et mutationis KrasG12D.
1.6424 lncRNAs differentialiter expressae sunt (≥ 2 duplici mutatione P < 0.05).
2. Inter omnes 210 lncRNAs(FC≥8), 11 lncRNAs expressio regulata est a P53, 33 lncRNAs per KRAS et 13 lncRNAs per hypoxia in primis KP cellulis, respective.
3.NONMMUT015812, quae in pulmone muse adenocarcinomate egregie erecta et a re- expressione P53 regulata negative deprehensa est ad functionem cellulosam eius analysim deprehensa est.
4.Knockdown of NONMMUT015812 per shRNAs diminutae multiplicationis et migrationis facultatum cellularum KP.NONMMUT015812 erat potentia oncogene.
 KEGG analysis semitae differentialis genesis expressae in cellulis NONMMUT015812-KP |  Gene Ontologia analysis differentialis genesis expressi in cellulis NONMMUT015812-KP |
Reference
Expressio deregulata lncRNA in muris pulmonis adenocarcinomas cum mutatione KRAS‐G12D et P53 knockout[J].Acta Medicinae Cellulares et Moleculares, 2019, 23(10).DOI： 10.1111/jcmm.14584
