16S/18S/ITS Amplicon-PacBio
Servitium Commoda
Long legit revelare plena longitudo serie 16S / 18S / EJUS
Valde accurate base vocatio cum PacBio CCS modo sequencing
● species resolutionis in OTU/ASV annotation
● Ultimae QIIME2 analyses fluunt cum diversis analysibus in terminis datorum, annotationis, OTU/ASV.
Lorem diversis studiis communitatis microbial
● BMK amplam experientiam habet cum supra 100,000 exemplaria / anni tegimentum soli, aquae, gas, pituitae, faeces, intestina, cutis, fermentationis sorbitionis, insectorum, plantarum, etc.
● BMKCloud faciliorem reddit datam interpretationem continens 45 personales analyses instrumenta
Service Specifications
| SequencingPlatform | Bibliotheca | Commendatur data | Tunc turnaround |
| PacBio Sequel II | SMRT-bell | 5K/10K/20K Tags | XLIV diebus ferialibus |
Bioinformatics analyses
Rudis notitia qualis imperium
OTU pampineis/De-strepitu(ASV)
● OTU annotation
Alpha diversitatem
Beta diversitatem
inter coetus analysis
● Analysis Association contra factores experimentales
Function gene vaticinium
Sample Requisita et Delivery
Sample Requisita:
ForDNA excerpta:
| Sample Type | Moles | Coniunctis | Puritas |
| DNA excerpta | 1 μg | 20 ng/µl | OD260/280= 1.6-2.5 |
Ad exempla environmental:
| Sample type | Commendatur sampling procedure |
| Solum | Sampling amount: approx.5 g;Manens autem substantia arida debet a superficie removeri;Tere magna frusta et per 2 mm sparguntur;Aliquot specimina in sterili EP-tube vel cyrotube ad reservationem. |
| feces | Sampling amount: approx.5 g;Collecta et aliquot exempla in EP-tube vel cryotube sterili ad reservationem. |
| Intestina contenta | Exempla necesse est sub conditione aseptic discursum.Lava collecta cum PBS;Centrifuge PBS et praecipitantem in EP-tubes collige. |
| Sludge | Sampling amount: approx.5 g;Collecta et aliquot pituitae specimen in sterili ep-tube vel cryotube ad reservationem |
| Waterbody | Specimen pro limitata copia microbialium, ut sonum aquae, putei aquae, etc., collige saltem 1 L aquam et per 0.22 µm colum transi, ut microbialem in membrana locupletet.Membranam in tubo sterili repone. |
| Cutis | Superficiem cutem diligenter corradunt cum swab bombicis sterilibus vel chirurgicis mucrone et in tubo sterili pone. |
Sample Delivery commendatur
Exempla in nitrogenio liquido per 3—4 horas durata et in liquido nitrogenio vel -80 gradu ad longi temporis reservationem reponunt.Sample naviculas cum sicco-glacie requiritur.
Service Opus O
Sample traditio
Library construction
Sequencing
Analysis
Post-venditionis officia
1.Annotation rate of V3+V4(Illumina)-substructio communitatis microbialis profiling vs. Plena longitudo (PacBio) substructio profiling.
(Data passim lecta incepta applicata sunt pro XXX mutant)
2.Annotation rate plena longitudo amplicon sequencing in speciebus-gradu in diversis speciebus specimen
3.Species distributionis
4.Phylogenetic arbore
BMK Case
Arsenica detectio inducit impedimentum intestinalem obice et inde activationem axis ventris iecoris ducens ad inflammationem et pyroptosim hepatis in anatum.
Published:Scientia totius Environment;2021
De consilio sequendo:
Exempla: Imperium vs 8 mg / kg ATO expositae group
Sequentia data cedunt: 102,583 rudis CCS sequentia in total
Imperium: 54,518± 747 efficax CCS
ATO exposita: 45,050 ± 1675 efficax CCS
Eventus key
Varietas alpha;ATO detectio insigniter intestinorum microbialium opulentiam et anatum diversitatem mutavit.
Analysis metastatae:
In phylum planum: 2 phyla bacterial tantum deprehenditur in coetibus potestate
In genere gradu: 6 genera significanter diversa in abundantia relativa inventa sunt
In gradu speciei: 36 species in summa identificantur, cum 6 earum insigniter diversae in abundantia relativa
Reference
Thingholm, LB, et al."Obesus Individua cum et sine Typus II diabete Monstrare diversae Viscera Microbial muneris capacitatem et compositionem."Cellula Hostiae & Microbe26.2(2019).
