Mole Segregant analysis
Servitium Commoda
Takagi et al., Acta plantarum, 2013
● Accurate localizationis: Moles immixtae cum 30+30 ad 200+200 singulae ad strepitum rotundum extenuandum;non-synonyma mutatants-substructio candidatorum regionis vaticinium.
● Analysis comprehensiva: Candidatus in profundis functionis generum annotationem, inclusa NR, SwissProt, GO, KEGG, COG, KOG, etc.
● Velocius Turnaround tempus: Celeri gene localizationis intra dies 45 operantes.
● Extensiva experientia: BMK millia notarum localizationis contulit, species varias obtegens sicut fruges, aquatiles, silvae, flores, fructus, etc.
Service Specifications
Plebs:
Segregans sobolem parentum cum phaenotypis oppositis.
eg F2 progenies, Backcrossing (BC), Recombinante innata linea (RIL)
Mixtio piscinae
Pro conditione qualitativa: 30 ad 50 singulos (minimum 20)/mole
Pro tratis quantitatis: top 5% ad 10% singulorum cum phaenotypis vel extremis in tota multitudine (minimum 30+30).
Commendatur sequenti profundum
Saltem 20X/parentis et 1X/prolis individui (exempli gratia prolis mixtionis piscinae uniuscuiusque 30+30, sequens profunditas erit 30X per molem)
Bioinformatics analyses
Totum genome resenecing
MGE
SNP/Indel vocatio
petitorem regione protegendo
Candidatum gene functionis annotationem
Sample Requisita et Delivery
Sample Requisita:
Nucleotides:
| gDNA sample | TEXTUS sample |
| Retrahitur: ≥30 ng/μl | Plantae: 1-2 g |
| Amount: ≥2 μg (Volumnus ≥15 μl) | Animalia: 0.5-1 g* |
| Puritas: OD260/280= 1.6-2.5 | Totum sanguinem: 1.5 ml |
Service Opus O
Experimentum design
Sample traditio
RNA extractionem
Library construction
Sequencing
Analysis
Post-venditionis officia
1. Associatio analysis basis in Euclideica (ED) ad cognoscendam regionem candidatus.In sequenti figura
X-axis: chromosomatum numerus;Singula dos repraesentat ED valorem ipsius SNP.Linea nigra respondent valori ED aptato.Valor altior ED maiorem coniunctionem significantem inter situs et phaenotypum indicat.Red infusa linea limen significantis consociationis repraesentat.
2.Association analysis based no SNP-index
X-axis: chromosomatum numerus;Singula dot repraesentat SNP-indicem pretii.Linea nigra stat pro valore aptum SNP-index.Quo maior utilitas, eo insignior consociatio.
BMK Case
Maior effectus quantitatis traits locus Fnl7.1 encodes a late embryogenesis abundans interdum cum fructu colli longitudine in cucumere coniungitur
Published: Planta Biotechnology Journal, 2020
De consilio sequendo:
Parentes (Jin5-508, YN): Totum genome sequentum pro 34× et 20×.
DNA stagnis (50 longae cervicis et 50 breve cervicis): Resequencing for 61× et 52×
Eventus key
In hoc studio, multitudo segregantium (F2 et F2:3) generata est per lineam cucumeris longi-colli transeundo Jin5-508 et breve collum YN.Duae DNA lacus constructae sunt per 50 extremitatem colli-longi unius et 50 extremitatis breves singulorum colli.Maior-effectus QTL in Chr07 ab analysi BSA ac traditionalis QTL destinata notus est.Regionem candidatus amplius coarctari subtilitate tabularum, expressionis generum quantitatis et experimentorum transgenicorum, quae gena clavorum patefacti sunt in gubernatione colli-longitudinis, CsFnl7.1.Praeterea polymorphismus in regione promotoris CsFnl7.1 inventa est ut cum expressione debita coniungatur.Praeterea analysis phylogenetica suadet Fnl7.1 locum ex India oriri verisimile esse.
 QTL-mapping in analysi BSA ad cognoscendum candidatum regionis cucumeris colli longitudinem consociata |  LOD profiles cucumeris colli longitudo QTL identified in Chr07 " |
Xu, X. et al."Maior effectus quantitatis traits locus Fnl7.1 encodes nuper embryogenesis copiosam dapibus cum fructu colli longitudinem in cucumere coniungens."Plant Biotechnology Journal 18.7(2020).
