Эукариот мРНХ-ийн дараалал-Illumina
Давуу тал
ØӨндөр туршлагатай: эсийн өсгөвөр, эд, биеийн шингэн гэх мэт төрөл бүрийн дээжийг хамарсан 200,000 гаруй дээжийг BMK-д боловсруулж, судалгааны янз бүрийн чиглэлийг хамарсан 7,000 гаруй mRNA-Seq төслийг хаасан.
ØЧанарын хяналтын хатуу систем: Дээж бэлтгэх, номын сан бэлтгэх, дараалал тогтоох, биоинформатик зэрэг бүх үе шатыг дамжсан чанарын хяналтын үндсэн цэгүүд нь өндөр чанартай үр дүнд хүрэхийн тулд нарийн хяналтанд байдаг.
ØТөрөл бүрийн судалгааны зорилгыг биелүүлэхийн тулд функцийн тайлбар, баяжуулалтын судалгаанд зориулсан олон мэдээллийн сан байдаг.
ØБорлуулалтын дараах үйлчилгээ: Төсөл хэрэгжиж дууссаны дараа 3 сарын хугацаанд хүчинтэй борлуулалтын дараах үйлчилгээ, үүнд төслийн хяналт, алдааг олж засварлах, үр дүнгийн асуулт, хариулт гэх мэт.
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
| Номын сан | Дараалсан стратеги | Өгөгдлийг санал болгож байна | Чанарын шалгалт |
| Поли А баяжуулсан | Illumina PE150 | 6 Гб | Q30≥85% |
Загвар шаардлага:
Нуклеотидууд:
| Цэвэр байдал | Шударга байдал | Дүн |
| OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Хязгаарлагдмал эсвэл байхгүй уураг эсвэл ДНХ-ийн бохирдол гель дээр харагдаж байна. | Ургамлын хувьд: RIN≥6.5;Амьтдын хувьд: RIN≥7;28S/18S≥1.0;хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй | Conc.≥30 нг/мкл;Эзлэхүүн ≥ 10 мкл;Нийт ≥ 1.5 мкг |
Эд: Жин (хуурай):≥1 гр
*5 мг-аас бага хэмжээтэй эд эсийн хувьд бид хөлдөөсөн (шингэн азотын) эдийн дээжийг илгээхийг зөвлөж байна.
Эсийн суспенз:Эсийн тоо = 3×106- 1×107
* Бид хөлдөөсөн эсийн лизатыг тээвэрлэхийг зөвлөж байна.Хэрэв эсийн тоо 5 × 105-аас бага байвал шингэн азотоор хөлдөөсөн флаш хийхийг зөвлөж байна, энэ нь бичил олборлолтод илүү тохиромжтой.
Цусны дээж:Эзлэхүүн≥1 мл
Бичил биетэн:Масс ≥ 1 г
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Хүргэлт:
- Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
- RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
РНХ олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Биоинформатик
Эукариот мРНХ-ийн дарааллын шинжилгээний ажлын урсгал
Биоинформатик
ØТүүхий мэдээллийн чанарын хяналт
ØЛавлагааны геномын тохируулга
ØТранскриптийн бүтцийн шинжилгээ
ØИлэрхийллийн тоон үзүүлэлт
ØДифференциал илэрхийллийн шинжилгээ
ØФункцийн тайлбар болон баяжуулалт
1.mRNA Data Saturation муруй
2.Дифференциал илэрхийллийн шинжилгээ- Галт уулын талбай
3.DEGs дээрх KEGG тайлбар
4.DEG дээр GO ангилал
