circRNA дараалал-Illumina
Онцлогууд
● rRNA-ийн хомсдол, дараа нь чиглэлийн номын сангийн бэлтгэл, хэлхээнд хамаарах өгөгдлийг дараалалд оруулах боломжийг олгодог.
● Био-информатик ажлын урсгал нь circRNA-г урьдчилан таамаглах, илэрхийлэлийг тодорхойлох боломжийг олгодог
Үйлчилгээний давуу тал
●Илүү дэлгэрэнгүй РНХ сангууд:Бид номын сангийн өмнөх бэлтгэлдээ шугаман РНХ-ийн хомсдолын оронд рРНХ-ийн хомсдолыг ашигладаг бөгөөд дарааллын өгөгдөлд зөвхөн circRNA төдийгүй mRNA болон lncRNA-г агуулсан байх ба эдгээр өгөгдлийн багц дээр хамтарсан дүн шинжилгээ хийх боломжийг олгодог.
●Өрсөлдөх чадвартай эндоген РНХ (ceRNA) сүлжээнүүдийн нэмэлт шинжилгээ: эсийн зохицуулалтын механизмын талаар илүү гүнзгий ойлголт өгөх
●Өргөн цар хүрээтэй туршлага: BMK-д 20,000 гаруй дээжийг боловсруулж, төрөл бүрийн дээжийн төрлүүд болон lncRNA төслүүдийг хамарсан туршлагатай манай баг төсөл бүрт баялаг туршлага авчирдаг.
●Чанарын хатуу хяналт: Бид дээж, номын сан бэлтгэхээс эхлээд дараалал, биоинформатик хүртэлх бүх үе шатанд үндсэн хяналтын цэгүүдийг хэрэгжүүлдэг.Энэхүү нягт нямбай хяналт нь өндөр чанартай үр дүнг тогтмол хүргэх боломжийг олгодог.
● Борлуулалтын дараах дэмжлэг: Бидний амлалт нь төслийн гүйцэтгэлээс давж, борлуулалтын дараах 3 сарын үйлчилгээний хугацаа юм.Энэ хугацаанд бид үр дүнтэй холбоотой аливаа асуултыг шийдвэрлэхийн тулд төслийн хяналт, алдааг олж засварлах, асуулт хариултын сессүүдийг санал болгодог.
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
| Номын сан | Платформ | Санал болгож буй өгөгдөл | Өгөгдлийн QC |
| Поли А баяжуулсан | Illumina PE150 | 16-20 Гб | Q30≥85% |
Загвар шаардлага:
Нуклеотидууд:
| Конц.(нг/мкл) | Хэмжээ (мкг) | Цэвэр байдал | Шударга байдал |
| ≥ 100 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гель дээр уураг, ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй. | Ургамлын хувьд: RIN≥6.5; Амьтны хувьд: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; хязгаарлагдмал буюу үндсэн өндөргүй |
● Ургамал:
Үндэс, иш эсвэл дэлбээ: 450 мг
Навч эсвэл үр: 300 мг
Жимс: 1.2 гр
● Амьтан:
Зүрх ба гэдэс: 450 мг
Дотоод эрхтнүүд эсвэл тархи: 240 мг
Булчин: 600 мг
Яс, үс эсвэл арьс: 1.5 гр
● Артропод:
Шавж: 9 гр
Хавч: 450 мг
● Бүхэл цус:2 хоолой
● Нүднүүд: 106 эсүүд
● Сийвэн ба плазм: 6 мл
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Загварын шошго: Бүлэг+хуулбар, жишээ нь A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Хүргэлт:
1. Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2. RNAstable хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ тогтворжуулах хоолойд (жишээ нь RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Туршилтын загвар
Дээж хүргэх
РНХ олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Биоинформатик
circRNA-ийн таамаглал: хромосомын тархалт
Дифференциалаар илэрхийлэгдсэн circRNAs - Галт уулын зураг
Дифференциалаар илэрхийлэгдсэн circRNAs - шаталсан бөөгнөрөл
circRNA-ийн эзэн генийн функциональ баяжуулалт
BMKGene-ийн circRNA-ийн дараалал тогтоох үйлчилгээгээр хийгдсэн судалгааны дэвшлийг сонгон шалгаруулсан нийтлэлийн цуглуулгаар судлаарай.
Ван, X. нар.(2021) 'CPSF4 нь элэгний эсийн хорт хавдарт circRNA үүсэх болон микроРНХ-ээр дамждаг генийн чимээгүй байдлыг зохицуулдаг', Oncogene 2021 40:25, 40(25), хуудас 4338–4351.doi: 10.1038/s41388-021-01867-6.
Xia, K. et al.(2023) 'X oo-responsive транскриптом нь будаа дахь OsARAB-ийн илэрхийлэлийг зохицуулах замаар өвчин эсэргүүцэх дугуй хэлбэртэй RNA133-ын үүргийг харуулж байна', Фитопатологийн судалгаа, 5(1), хуудас 1-14.doi: 10.1186/S42483-023-00188-8/ЗУРАГ/6.
Y, H. et al.(2023) "CPSF3 нь элэгний эсийн хорт хавдрын дугуй ба шугаман транскриптийн тэнцвэрийг зохицуулдаг".doi: 10.21203/RS.3.RS-2418311/V1.
Жан, Y. нар.(2023) 'Элэг шилжүүлэн суулгахаас өмнө ба дараа элэгний хатууралт кардиомиопати дахь circRNA-ийн цогц үнэлгээ', Олон улсын иммунофармакологи, 114, х.109495. doi: 10.1016/J.INTIMP.2022.109495.
