Бүтэн урттай mRNA дараалал-Нанопор
Онцлог шинж чанарууд
● Поли-А мРНХ-г барьж аваад дараа нь кДНХ-ийн синтез болон номын сан бэлтгэх
● Бүрэн хэмжээний бичлэгийн дарааллыг тогтоох
● Лавлах геномтой уялдуулан биоинформацийн шинжилгээ
● Биоинформатик шинжилгээнд зөвхөн ген болон изоформын түвшинд илэрхийлэл төдийгүй lncRNA, генийн нэгдэл, полиаденилжилт болон генийн бүтцийн шинжилгээ багтана.
Үйлчилгээний давуу талууд
●Изоформын түвшинд илэрхийлэлийг тоон үзүүлэлтээр тодорхойлох: генийн экспрессийг бүхэлд нь шинжлэх үед далдлагдсан байж болзошгүй өөрчлөлтийг илрүүлэх, дэлгэрэнгүй, үнэн зөв экспрессийн шинжилгээ хийх боломжийг олгоно
●Өгөгдлийн хэрэгцээг бууруулсан:Дараагийн үеийн дараалал (NGS)-тай харьцуулахад Nanopore дараалал нь өгөгдлийн шаардлагыг бага харуулдаг бөгөөд энэ нь жижиг өгөгдөлтэй генийн экспрессийн тоон ханалтын тэнцүү түвшинг хангах боломжийг олгодог.
●Илэрхийллийн тоон үзүүлэлтийн өндөр нарийвчлалген болон изоформын түвшинд хоёуланд нь
●Нэмэлт транскриптомик мэдээллийг тодорхойлох: өөр полиадениляци, нэгдлийн генүүд ба lcnRNA болон тэдгээрийн зорилтот генүүд
●Өргөн хүрээтэй мэргэшилМанай баг 850 гаруй Nanopore бүрэн хэмжээний транскриптом төслийг гүйцэтгэж, 8000 гаруй дээж боловсруулсан бөгөөд төсөл бүртээ арвин туршлага хуримтлуулдаг.
●Борлуулалтын дараах дэмжлэг: Бидний үүрэг амлалт нь төслийн гүйцэтгэлээс гадна борлуулалтын дараах 3 сарын үйлчилгээний хугацаатай. Энэ хугацаанд бид төслийн хяналт, алдааг олж засварлах тусламж, үр дүнтэй холбоотой аливаа асуултад хариулахын тулд асуулт хариултын уулзалтуудыг санал болгодог.
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
| Номын сан | Дарааллын стратеги | Санал болгож буй өгөгдөл | Чанарын хяналт |
| Поли А баяжуулсан | Нанопор ПрометИОН 48 | 6/12 ГБ | Чанарын дундаж оноо: Q10 |
Жишээ шаардлага:
Нуклеотидууд:
| Конц.(нг/мкл) | Хэмжээ (мкг) | Цэвэр ариун байдал | Шударга байдал |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Гель дээр уураг эсвэл ДНХ-ийн бохирдол хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй байгааг харуулсан. | Ургамлын хувьд: RIN≥7.0; Амьтдын хувьд: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; суурь өндрийн хязгаарлагдмал эсвэл огт байхгүй |
● Ургамал:
Үндэс, иш эсвэл дэлбээ: 450 мг
Навч эсвэл үр: 300 мг
Жимс: 1.2 гр
● Амьтан:
Зүрхний өвчин эсвэл гэдэсний өвчин: 300 мг
Дотоод эрхтэн буюу тархи: 240 мг
Булчин: 450 мг
Яс, үс эсвэл арьс: 1г
● Үе хөлтнүүд:
Шавьж: 6г
Хавч хэлбэртэн: 300 мг
● Бүхэл цус: 1 хоолой
● Эсүүд: 106 эсүүд
Санал болгож буй дээж хүргэлт
Сав: 2 мл центрифугийн хоолой (цагаан тугалган цаас хэрэглэхийг зөвлөдөггүй)
Жишээ шошгололт: Бүлэг+хуулбар жишээ нь A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Тээвэрлэлт:
1. Хуурай мөс: Дээжийг уутанд хийж, хуурай мөсөнд булах шаардлагатай.
2. РНХ-тэй тогтвортой хоолой: РНХ-ийн дээжийг РНХ-ийн тогтворжуулагч хоолойд (жишээ нь, RNAstable®) хатааж, өрөөний температурт тээвэрлэж болно.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Нуклеотидууд:
Дээж хүргэлт
Номын сангийн барилга
Дараалал тогтоох
Өгөгдлийн шинжилгээ
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Эд:
Туршилтын загвар
Дээж хүргэлт
РНХ-ийн олборлолт
Номын сангийн барилга
Дараалал тогтоох
Өгөгдлийн шинжилгээ
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
● Түүхий өгөгдөл боловсруулах
● Хуулбарын тодорхойлолт
● Альтернатив залгах
● Генийн түвшин болон изоформын түвшинд илэрхийллийн тоон үзүүлэлт
● Дифференциал илэрхийллийн шинжилгээ
● Функцийн тэмдэглэгээ ба баяжуулалт (DEG ба DET)
Альтернатив залгах шинжилгээ
Полиадениляцийн өөр хувилбарын шинжилгээ (APA)
lncRNA-ийн таамаглал
Шинэ генийн тайлбар
DET-ийн кластерчлал
DEG дахь уураг-уургийн сүлжээнүүд
Байгуулагдсан хэвлэлийн цуглуулгаар дамжуулан BMKGene-ийн Nanopore бүрэн хэмжээний mRNA дарааллын үйлчилгээний тусламжтайгаар бий болсон дэвшлүүдийг судлаарай.
Гонг, Б. нар. (2023) 'Глиом дахь онкоген болох FAM20C нууц киназын эпигенетик ба транскрипцийн идэвхжил', Genetics and Genomics сэтгүүл, 50(6), хх. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
He, Z. et al. (2023) 'IFN-γ-д хариу үйлдэл үзүүлдэг лимфоцитуудын бүрэн хэмжээний транскриптомын дарааллыг тодорхойлох нь камбала загасанд (Paralichthys olivaceus) Th1-ийн гажуудсан дархлааны хариу урвал байгааг харуулж байна', Загас ба хясааны дархлаа судлал, 134, х. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
Ма, Ю. нар. (2023) 'Немопилема Номурайн хорыг тодорхойлоход зориулсан PacBio болон ONT РНХ-ийн дарааллын аргуудын харьцуулсан шинжилгээ', Genomics, 115(6), х. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Ю, Д. нар. (2023) 'Нано-seq шинжилгээ нь hUMSC-ээс гаргаж авсан экзосом ба микровезикулуудын хоорондын өөр өөр функциональ хандлагыг харуулж байна', Үүдэл эсийн судалгаа ба эмчилгээ, 14(1), хх. 1–13. doi: 10.1186/S13287-023-03491-5/TABLES/6.
