-
Геномын хэмжээнд холбооны шинжилгээ
Геномын өргөн хүрээтэй холбооны судалгаа (GWAS)-ийн зорилго нь тодорхой шинж чанаруудтай (фенотип) холбоотой генетикийн хувилбаруудыг (генотип) тодорхойлох явдал юм. Олон тооны хүмүүсийн геномын бүхэл бүтэн генетикийн маркеруудыг нягтлан шинжилснээр GWAS нь популяцийн түвшний статистик шинжилгээгээр генотип-фенотипийн холбоог экстраполяци хийдэг. Энэхүү арга зүй нь хүний өвчнийг судлах, амьтан эсвэл ургамлын нарийн төвөгтэй шинж чанаруудтай холбоотой функциональ генийг судлахад өргөн хэрэглэгддэг.
BMKGENE дээр бид том популяцид GWAS хийх хоёр аргыг санал болгож байна: Бүхэл геномын дараалал тогтоох (WGS)-ийг ашиглах эсвэл дотооддоо боловсруулсан Тодорхой локусын олшруулсан фрагмент (SLAF)-ийг багасгасан төлөөллийн геномын дарааллын аргыг сонгох. WGS нь жижиг геномуудад тохиромжтой байдаг бол SLAF нь урт геномтой том популяцийг судлах өртөг хэмнэлттэй хувилбар болж гарч ирдэг бөгөөд дарааллын зардлыг үр дүнтэй бууруулж, генетикийн маркер илрүүлэх өндөр үр ашгийг баталгаажуулдаг.
-
Ургамал/амьтны бүхэл бүтэн геномын дараалал
Бүхэл геномын дараалал тогтоох (WGS) нь организмын геномын ДНХ-ийн дарааллыг нэг дор бүхэлд нь тодорхойлоход ашигладаг арга юм.
Ихэвчлэн уг үйлчилгээг лавлагаа геном байгаа эсэхээс хамааран хоёр өөр бүлэгт хуваадаг:
- Шинээргеномын бүхэл бүтэн дараалал.Энэ нөхцөлд дараалал тогтоох геном нь лавлагаа геномгүй бөгөөд ийм учраас энэхүү дарааллын зорилго нь үүнийг үүсгэх (эсвэл одоо байгаа генийг сайжруулах) явдал юм. Энэ техник нь уншлагын хооронд давхцал үүсгэх замаар геномын угсралтыг сайжруулахын тулд Illumina өгөгдөл болон урт уншлагын дарааллыг хоёуланг нь ашиглах шаардлагатай.
- Дахин дараалал тогтоох.Энэ нь мэдэгдэж буй лавлагаа геномтой зүйлийн өөр өөр бодгалийн геномын бүхэл бүтэн дарааллыг хэлнэ. Үүний үндсэн дээр бодгаль эсвэл популяцийн геномын ялгааг цаашид тодорхойлж болно.
-
Хувьслын Генетик
Хувьслын генетик нь SNP, InDels, SV, CNV зэрэг генетикийн хувьсалд үндэслэн олон тооны хувьслын талаар гүнзгий тайлбар өгөх зорилготой цогц дарааллын үйлчилгээ юм. Энэхүү үйлчилгээ нь популяцийн бүтэц, генетикийн олон янз байдал, филогенетикийн харилцааны үнэлгээ зэрэг популяцийн хувьслын өөрчлөлт болон генетикийн шинж чанарыг тодруулахад шаардлагатай бүх чухал шинжилгээг багтаасан болно. Түүнчлэн, энэ нь генийн урсгалын судалгааг гүнзгийрүүлэн судалж, популяцийн үр дүнтэй хэмжээ болон ялгарах хугацааг тооцоолох боломжийг олгодог. Хувьслын генетикийн судалгаа нь зүйлийн гарал үүсэл, дасан зохицох байдлын талаар үнэ цэнэтэй ойлголтуудыг өгдөг.
BMKGENE дээр бид том популяцид хувьслын генетикийн судалгаа хийх хоёр аргыг санал болгодог: бүхэл геномын дараалал тогтоох (WGS) ашиглах эсвэл дотооддоо боловсруулсан Тодорхой локусын олшруулсан фрагмент (SLAF)-ийн төлөөллийг багасгасан геномын дарааллын аргыг сонгох. WGS нь жижиг геномуудад тохиромжтой байдаг бол SLAF нь урт геномтой том популяцийг судлах өртөг хэмнэлттэй хувилбар болж гарч ирдэг бөгөөд дарааллын зардлыг үр дүнтэйгээр бууруулдаг.
-
Харьцуулсан геномик
Харьцуулсан геномик нь янз бүрийн зүйлийн геномын дараалал болон бүтцийг бүхэлд нь судлах, харьцуулахыг хамардаг. Энэ салбар нь төрөл зүйлийн хувьслыг илрүүлэх, генийн үйл ажиллагааг тайлах, янз бүрийн организмын хадгалагдсан эсвэл ялгаатай дарааллын бүтэц, элементүүдийг тодорхойлох замаар генетикийн зохицуулалтын механизмыг тодруулахыг зорьдог. Харьцуулсан геномикийн цогц судалгаанд генийн бүл, хувьслын хөгжил, геномын бүхэл бүтэн давхардлын үйл явдал, сонгомол даралтын нөлөө зэрэг шинжилгээг багтаасан болно.
-
Hi-C дээр суурилсан геномын угсралт
Hi-C нь ойр зайд суурилсан харилцан үйлчлэл болон өндөр хүчин чадалтай дарааллыг хослуулан хромосомын тохиргоог авахад зориулагдсан арга юм. Эдгээр харилцан үйлчлэлийн эрчим нь хромосом дээрх физик зайтай сөрөг хамааралтай гэж үздэг. Тиймээс Hi-C өгөгдлийг ноорог геном дахь угсарсан дарааллыг бөөгнөрөх, дараалалд оруулах, чиглүүлэх, тэдгээрийг тодорхой тооны хромосом дээр бэхлэхэд ашигладаг. Энэхүү технологи нь популяцид суурилсан генетикийн газрын зураг байхгүй үед хромосомын түвшний геномын угсралтыг идэвхжүүлдэг. Геном бүрт Hi-C хэрэгтэй.
-
Ургамал/Амьтны Де Ново геномын дараалал
Де НовоДараалал тогтоох гэдэг нь лавлагаа геном байхгүй үед дарааллын технологи ашиглан зүйлийн бүхэл бүтэн геномыг бүтээхийг хэлнэ. Урт хугацааны уншлагатай гурав дахь үеийн дарааллыг нэвтрүүлж, өргөнөөр хэрэгжүүлснээр уншлагын хоорондох давхцлыг нэмэгдүүлснээр геномын угсралтыг мэдэгдэхүйц сайжруулсан. Энэхүү сайжруулалт нь өндөр гетерозигот байдал, давтагдсан бүсүүдийн өндөр харьцаа, полиплоид, давтагдсан элементүүдтэй, хэвийн бус GC агууламжтай эсвэл зөвхөн богино хугацааны дарааллыг ашиглан муу угсардаг өндөр нарийн төвөгтэй геномуудтай харьцах үед онцгой ач холбогдолтой юм.
Манай нэг цэгийн шийдэл нь өндөр чанартай шинээр угсарсан геномыг хүргэх нэгдсэн дарааллын үйлчилгээ болон биоинформатик шинжилгээг санал болгодог. Illumina-тай хийсэн анхны геномын судалгаагаар геномын хэмжээ болон нарийн төвөгтэй байдлын тооцооллыг хийдэг бөгөөд энэхүү мэдээллийг PacBio HiFi ашиглан урт унших дарааллын дараагийн алхамыг чиглүүлэхэд ашигладаг бөгөөд дараа ньшинээрКонтигуудын угсралт. HiC угсралтыг дараа нь ашиглах нь контигуудыг геномд бэхлэх, хромосомын түвшний угсралтыг авах боломжийг олгодог. Эцэст нь геномыг генийн таамаглал болон илэрхийлэгдсэн генүүдийн дарааллаар тэмдэглэж, богино болон урт уншлагатай транскриптомуудыг ашигладаг.
-
Хүний бүхэл бүтэн экзомын дараалал
Хүний бүхэл экзомын дараалал тогтоох (hWES) нь өвчин үүсгэгч мутацийг тодорхойлох өртөг багатай, хүчирхэг дараалал тогтоох арга гэж өргөнөөр хүлээн зөвшөөрөгдсөн. Нийт геномын ердөө 1.7%-ийг эзэлдэг ч экзонууд нь нийт уургийн үйл ажиллагааны профайлыг шууд тусгаснаар чухал үүрэг гүйцэтгэдэг. Хүний геномд өвчинтэй холбоотой мутацийн 85 гаруй хувь нь уургийн кодчилдог бүс нутагт илэрдэг болохыг онцлон тэмдэглэх нь зүйтэй. BMKGENE нь янз бүрийн судалгааны зорилгод хүрэхийн тулд хоёр өөр экзон барих стратеги бүхий цогц, уян хатан хүний бүхэл экзомын дарааллын үйлчилгээг санал болгодог.
-
Тодорхой локусын олшруулсан фрагментийн дараалал (SLAF-Seq)
BMKGene-ийн бие даан боловсруулсан энэхүү аргыг геномын багасгасан төлөөллийн дараалалд ангилж болно. Энэ нь төсөл бүрийн хувьд хязгаарлалтын ферментийн багцыг оновчтой болгодог. Энэ нь давтагдах хэсгүүдээс үр дүнтэй зайлсхийхийн зэрэгцээ геномын дагуу жигд тархсан олон тооны SLAF шошго (дараалсан геномын 400-500 bps бүс) үүсгэхийг баталгаажуулж, улмаар генетикийн хамгийн сайн тэмдэглэгээг илрүүлэх боломжийг олгодог.
Энэ нь хурдан генотипжүүлэлтийг хангаж, функциональ генийн нээлт эсвэл хувьслын шинжилгээний үндэс суурийг тавьж, генетикийн маркерийн нээлтийн үр ашгийг хадгалахын зэрэгцээ дээж тус бүрийн зардлыг бууруулна. RRGS нь ДНХ-ийг рестрикцийн ферментүүдээр боловсруулж, тодорхой фрагментийн хэмжээний хүрээнд анхаарлаа төвлөрүүлж, улмаар геномын зөвхөн багахан хэсгийг дарааллаар нь ангилснаар үүнийг хэрэгжүүлдэг. RRGS-ийн янз бүрийн аргачлалуудын дундаас Тодорхой-Локусын Олшруулсан Фрагментийн Дараалал (SLAF) нь өөрчлөх боломжтой, өндөр чанартай арга юм.
