Метагеномик дараалал -NGS
Үйлчилгээний давуу тал
● Бичил биетний бүлгийг тодорхойлох зорилгоор тусгаарлах, тариалах шаардлагагүй
● Хүрээлэн буй орчны дээжээс цөөн тооны төрөл зүйлийг илрүүлэх өндөр нарийвчлалтай
● “Мета-” гэсэн санаа нь функциональ түвшин, төрөл зүйл, генийн түвшинд биологийн бүх шинж чанарыг нэгтгэсэн бөгөөд энэ нь бодит байдалд илүү ойр динамик үзлийг илэрхийлдэг.
● BMK нь 10,000 гаруй дээж боловсруулсан янз бүрийн төрлийн дээжийн асар их туршлага хуримтлуулдаг.
Үйлчилгээний үзүүлэлтүүд
| Платформ | Дараалал | Санал болгож буй өгөгдөл | Өөрчлөгдөх цаг |
| Illumina NovaSeq платформ | PE150 | 6 Г/10 Г/20 Г | Ажлын 45 өдөр |
Биоинформатикийн шинжилгээ
● Түүхий өгөгдлийн чанарын хяналт
● Метагеномын угсралт
● Илүүдэл бус генийн багц ба тайлбар
● Зүйлийн олон янз байдлын шинжилгээ
● Генетик функцийн олон янз байдлын шинжилгээ
● Бүлэг хоорондын шинжилгээ
● Туршилтын хүчин зүйлсийн эсрэг ассоциацийн шинжилгээ
Дээжийн шаардлага ба хүргэлт
Загвар шаардлага:
Учир ньДНХ-ийн ханд:
| Дээжийн төрөл | Дүн | Төвлөрөл | Цэвэр байдал |
| ДНХ-ийн ханд | ＞ 30 нг | ＞ 1 нг/мкл | OD260/280= 1.6-2.5 |
Байгаль орчны дээжийн хувьд:
| Дээжийн төрөл | Зөвлөмж болгож буй дээж авах журам |
| Хөрс | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Хуурайшсан бодисыг гадаргуугаас зайлуулах шаардлагатай;Том хэсгүүдийг нунтаглаж, 2 мм-ийн шүүлтүүрээр дамжина;Захиалга хийх дээжийг ариутгасан EP-хоолой эсвэл cyrotube-д хийнэ. |
| Баас | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Захиалга авахын тулд дээжийг ариутгасан EP хоолой эсвэл крио хоолойд цуглуулж, хэсэгчлэн хийнэ. |
| Гэдэсний агууламж | Дээжийг асептик нөхцөлд боловсруулах шаардлагатай.Цуглуулсан эдийг PBS-ээр угаана;PBS-ийг центрифуг хийж, тунадасыг EP хоолойд цуглуулна. |
| Лаг | Дээж авах хэмжээ: ойролцоогоор.5 гр;Лагийн дээжийг ариутгасан EP-хоолой эсвэл крио хоолойд цуглуулж, нөөцлөнө. |
| Усны бие | Цоргоны ус, худгийн ус гэх мэт бичил биетний хязгаарлагдмал хэмжээтэй дээжийн хувьд дор хаяж 1 л ус цуглуулж, мембран дээрх бичил биетнийг баяжуулахын тулд 0.22 μм шүүлтүүрээр дамжуулна.Мембраныг ариутгасан хоолойд хадгална. |
| Арьс | Арьсны гадаргууг ариутгасан хөвөн арчдас эсвэл мэс заслын ирээр болгоомжтой хусаж, ариутгасан хоолойд хийнэ. |
Санал болгож буй дээжийн хүргэлт
Шингэн азотын дээжийг 3-4 цагийн турш хөлдөөж, шингэн азот буюу -80 хэмээс удаан хугацаагаар хадгална.Хуурай мөстэй дээж тээвэрлэх шаардлагатай.
Үйлчилгээний ажлын урсгал
Дээж хүргэх
Номын сангийн барилга
Дараалал
Мэдээллийн дүн шинжилгээ хийх
Борлуулалтын дараах үйлчилгээ
1.Гистограм: Зүйлийн тархалт
2. KEGG бодисын солилцооны замд тэмдэглэсэн функциональ генүүд
3.Дулааны зураг: Харьцангуй генийн элбэг дэлбэг байдалд тулгуурласан дифференциал функцууд
4. CARD антибиотикт тэсвэртэй генийн циркүүд
BMK хэрэг
Хөрс-мангрын үндэсийн үргэлжлэл дагуу антибиотикт тэсвэртэй ген ба бактерийн эмгэг төрүүлэгчдийн тархалт
Нийтэлсэн:Аюултай материалын сэтгүүл, 2021
Дараалсан стратеги:
Материал: Мангровын үндэстэй холбоотой дөрвөн хэлтэрхий дээжийн ДНХ-ийн ханд: тарьаагүй хөрс, үндэс мандал, эписфер, дотоод мандлын хэсгүүд
Платформ: Illumina HiSeq 2500
Зорилтот зорилго: Метагеном
16S rRNA генийн V3-V4 бүс
Гол үр дүн
Хөрсөөс ургамалд антибиотикт тэсвэртэй ген (ARG) тархаж буйг судлах зорилгоор мангровын суулгацын хөрс-үндэс тасралтгүй дээр метагеномик дараалал тогтоох, метабаркодлох профайлыг боловсруулав.Метагеномик мэдээллээс үзэхэд антибиотикт тэсвэртэй генийн 91.4% нь дээр дурдсан хөрсний бүх дөрвөн хэсэгт тодорхойлогддог бөгөөд энэ нь тасралтгүй хэв маягийг харуулсан.16S рРНХ ампликоны дараалал нь 346 зүйлийг төлөөлсөн 29,285 дараалал үүсгэсэн.Ампликоны дарааллаар төрөл зүйлийн профайлыг хослуулан энэ тархалт нь үндэстэй холбоотой микробиотоос хамааралгүй болох нь тогтоогдсон боловч генетикийн элементүүдийн хөдөлгөөнийг хөнгөвчлөх боломжтой.Энэхүү судалгаагаар хөрсөн дэх ARG болон эмгэг төрүүлэгч бичил биетүүдийн ургамлууд руу харилцан уялдаатай хөрс-үндэс тасралтгүйгээр дамжин урсах урсгалыг тодорхойлсон.
Лавлагаа
Ван, С., Ху, Р., Хүчтэй, П.Ж., Жуан, В., Шу, Л.(2020).Хөрс-мангр модны үндэсийн үргэлжлэл дагуу антибиотикт тэсвэртэй ген ба бактерийн эмгэг төрүүлэгчдийн тархалт.Аюултай материалын сэтгүүл, 408, 124985.
