-
Геномын хэмжээний холбооны шинжилгээ
Геномын өргөн хүрээний нийгэмлэгийн судалгаа (GWAS) нь тодорхой шинж чанартай (фенотип) холбоотой генетикийн хувилбаруудыг (генотип) тодорхойлох зорилготой.GWAS судалгаа нь олон тооны хүмүүсийн геномын бүхэл бүтэн геномоор дамждаг генетик маркеруудыг судалж, популяцийн түвшинд статистик дүн шинжилгээ хийх замаар генотип-фенотипийн холбоог урьдчилан таамагладаг.Энэ нь хүний өвчин судлалын судалгаа, амьтан, ургамлын нарийн төвөгтэй шинж чанаруудын функциональ ген олборлолтод өргөн хэрэглэгддэг.
-
Нэг цөмт РНХ-ийн дараалал
Нэг эсийг барьж авах, номын сан байгуулах техникийг өндөр үр дүнтэй дараалалтай хослуулсан нь генийн экспрессийг эс тус бүрээр судлах боломжийг олгодог.Энэ нь нарийн төвөгтэй эсийн популяци дээр илүү гүнзгий бөгөөд бүрэн системийн дүн шинжилгээ хийх боломжийг олгодог бөгөөд энэ нь бүх эсийн дундажийг авах замаар тэдний нэг төрлийн бус байдлыг далдлахаас ихээхэн зайлсхийдэг.
Гэсэн хэдий ч зарим эсийг нэг эсийн суспенз болгоход тохиромжгүй байдаг тул дээж бэлтгэх өөр аргууд - эд эсээс цөм гаргаж авах шаардлагатай, өөрөөр хэлбэл цөмийг эд эс эсвэл эсээс шууд гаргаж аваад нэг цөмт суспенз болгон бэлтгэдэг. эсийн дараалал.
BMK нь 10 × Genomics ChromiumTM-д суурилсан нэг эсийн РНХ дарааллын үйлчилгээг үзүүлдэг.Энэ үйлчилгээг дархлааны эсийн ялгарал, хавдрын нэг төрлийн бус байдал, эд эсийн хөгжил гэх мэт өвчинтэй холбоотой судалгаанд өргөн ашигладаг.
Орон зайн транскриптомын чип: 10 × Геном
Платформ: Illumina NovaSeq платформ
-
Ургамал/амьтны бүхэл геномын дараалал
WGS гэгддэг бүхэл геномын дахин дараалал нь нэг нуклеотидын полиморфизм (SNP), оруулах устгалт (InDel), бүтцийн өөрчлөлт (SV), хуулбарын дугаарын өөрчлөлт (CNV) зэрэг бүх геномын нийтлэг ба ховор мутацуудыг илрүүлэх боломжийг олгодог. ).SVs нь SNP-ээс илүү өөрчлөлтийн суурийн илүү их хэсгийг бүрдүүлдэг бөгөөд амьд организмд чухал нөлөө үзүүлдэг геномд илүү их нөлөө үзүүлдэг.Удаан уншсан дахин дараалал нь том фрагментууд болон төвөгтэй өөрчлөлтүүдийг илүү нарийвчлалтай тодорхойлох боломжийг олгодог, учир нь урт унших нь тандемийн давталт, GC/AT-аар баялаг бүсүүд, хэт хувьсах бүсүүд гэх мэт нарийн төвөгтэй бүс нутгуудын хромосомын хөндлөн огтлолцлыг илүү хялбар болгодог.
Платформ: Illumina, PacBio, Nanopore
-
BMKMANU S1000 Орон зайн транскриптом
Эсийн орон зайн зохион байгуулалт нь дархлааны нэвчилт, үр хөврөлийн хөгжил гэх мэт янз бүрийн биологийн үйл явцад чухал үүрэг гүйцэтгэдэг. Орон зайн байршлын мэдээллийг хадгалахын зэрэгцээ генийн экспрессийн профайлыг заадаг орон зайн транскриптомын дараалал нь транскриптомын түвшний эдийн бүтэцтэй холбоотой агуу ойлголтыг өгдөг.Технологи хөгжихийн хэрээр хэт тунгалаг эдийн морфологи, орон зайн молекулын илэрхийлэлийн бодит бүтцийн ялгааг илүү өндөр нарийвчлалтайгаар судлах шаардлагатай болдог.BMKGENE нь дээжээс биологийн ойлголт хүртэл орон зайн транскриптомын дараалал тогтоох цогц үйлчилгээг нэг цэгийн үйлчилгээ үзүүлдэг.
Орон зайн транскриптомикийн технологи нь гетероген дээж дэх орон зайн агуулга бүхий генийн илэрхийллийн профайлыг шийдвэрлэх замаар судалгааны олон талт талбарт шинэ хэтийн төлөвийг бий болгосон.
Орон зайн транскриптомын чип: BMKMANU S1000
Платформ: Illumina NovaSeq платформ
-
10x Genomics Visium Spatial Transscriptome
Visium Spatial Gene Expression нь нийт мРНХ дээр тулгуурлан эдийг ангилах орон зайн транскриптомын дарааллын гол технологи юм.Хэвийн хөгжил, өвчний эмгэг судлал, эмнэлзүйн орчуулгын судалгааны талаархи шинэ ойлголтыг олж авахын тулд транскриптомыг бүхэлд нь морфологийн контекстээр буулга.BMKGENE нь дээжээс биологийн ойлголт хүртэл орон зайн транскриптомын дараалал тогтоох цогц үйлчилгээг нэг цэгийн үйлчилгээ үзүүлдэг.
Орон зайн транскриптомикийн технологи нь гетероген дээж дэх орон зайн агуулга бүхий генийн илэрхийллийн профайлыг шийдвэрлэх замаар судалгааны олон талт салбарт шинэ хэтийн төлөвийг бий болгосон..
Орон зайн транскриптомын чип: 10x Genomics Visium
Платформ:Illumina NovaSeq платформ
-
Бүрэн урттай мРНХ-ийн дараалал-нанопор
РНХ-ийн дараалал нь транскриптомын цогц шинжилгээ хийхэд үнэлж баршгүй хэрэгсэл болсон.Богино уншлагын уламжлалт дараалал нь энд олон чухал хөгжилд хүрсэн нь эргэлзээгүй.Гэсэн хэдий ч энэ нь ихэвчлэн бүрэн хэмжээний изоформыг тодорхойлох, тоон үзүүлэлт, ПГУ-ын хэвийх хязгаарлалттай тулгардаг.
Нанопорын дараалал нь нуклеотидууд нь ДНХ-ийн нийлэгжилтгүйгээр шууд уншигдаж, хэдэн арван килобазад урт уншилт үүсгэдэг гэдгээрээ бусад дарааллын платформуудаас ялгардаг.Энэ нь бүрэн хэмжээний хуулбарыг шууд унших, изоформ түвшний судалгаанд тулгарч буй бэрхшээлийг шийдвэрлэх боломжийг олгодог.
Платформ:Nanopore PromethION
Номын сан:cDNA-ПГУ
-
Бүрэн хэмжээний мРНХ-ийн дараалал - PacBio
De novoбүрэн хэмжээний транскриптомын дараалал гэж нэрлэдэгDe novoIso-Seq нь унших уртын хувьд PacBio дараалагчийн давуу талыг ашигладаг бөгөөд энэ нь бүрэн хэмжээний cDNA молекулуудыг ямар ч завсарлагагүйгээр дараалалд оруулах боломжийг олгодог.Энэ нь транскриптийг угсрах үе шатанд үүссэн аливаа алдаанаас бүрэн зайлсхийж, изоформ түвшний нарийвчлалтай унигений багцуудыг байгуулдаг.Энэхүү унигений багц нь транскриптомын түвшинд "лавлагаа геном" болох хүчирхэг генетик мэдээллийг өгдөг.Нэмж дурдахад, энэ үйлчилгээ нь дараагийн үеийн дарааллын өгөгдөлтэй хослуулан изоформын түвшний илэрхийлэлийг үнэн зөв тооцоолох боломжийг олгодог.
Платформ: PacBio Sequel IIНомын сан: SMRT хонхны номын сан -
Эукариот мРНХ-ийн дараалал-Illumina
мРНХ-ийн дараалал нь тодорхой нөхцөлд эсүүдээс хуулбарласан бүх мРНХ-ийн профайлыг тодорхойлох боломжийг олгодог.Энэ нь генийн илэрхийлэл, генийн бүтэц, биологийн тодорхой үйл явцын молекулын механизмыг илрүүлэх хүчирхэг технологи юм.Өнөөдрийг хүртэл мРНХ-ийн дарааллыг суурь судалгаа, эмнэлзүйн оношлогоо, эм боловсруулах гэх мэт өргөн хүрээнд ашиглаж байна.
Платформ: Illumina NovaSeq платформ
-
Лавлагаа бус мРНХ-ийн дараалал-Illumina
мРНХ-ийн дараалал нь дараагийн үеийн дарааллын техникийг (NGS) ашигладаг бөгөөд зарим тусгай функцууд идэвхжиж байгаа тодорхой хугацаанд эукариотын элч РНХ (мРНХ)-ийг барьж авдаг.Хамгийн урт хуулбарыг 'Unigene' гэж нэрлэсэн бөгөөд дараагийн шинжилгээнд лавлах дараалал болгон ашигласан нь тухайн зүйлийн молекулын механизм, зохицуулалтын сүлжээг лавлагаагүйгээр судлах үр дүнтэй хэрэгсэл юм.
Транскриптомын өгөгдлийн цуглуулга ба унигений функциональ тайлбарын дараа
(1) SSR шинжилгээ, CDS таамаглал, генийн бүтцийг урьдчилан бэлтгэнэ.
(2) Дээж тус бүр дэх унигений илэрхийллийн тоон үзүүлэлтийг хийнэ.
(3) Дээж (эсвэл бүлгүүд) хоорондын ялгавартай илэрхийлэгдсэн унигенийг унигений илэрхийлэлд үндэслэн илрүүлэх болно.
(4) Дифференциалаар илэрхийлэгдсэн унигенүүдийн бөөгнөрөл, функциональ тайлбар, баяжуулалтын шинжилгээг хийнэ.
-
Урт кодчилолгүй дараалал-Illumina
Урт кодчилдоггүй РНХ (lncRNAs) нь 200 н-ээс дээш урттай РНХ молекулуудын нэг төрөл бөгөөд кодлох чадвар нь маш бага байдаг.LncRNA нь кодчилдоггүй РНХ-ийн гол гишүүний хувьд голчлон цөм болон плазмд байдаг.Дараалал тогтоох технологи, биоинформатикийн хөгжил нь олон тооны шинэ lncRNA-г таних, тэдгээрийг биологийн функцтэй холбох боломжийг олгодог.Хуримтлагдсан нотолгоонууд нь lncRNA нь эпигенетик зохицуулалт, транскрипцийн зохицуулалт, транскрипцийн дараах зохицуулалтад өргөнөөр оролцдог болохыг харуулж байна.
-
Жижиг РНХ-ийн дараалал-Illumina
Жижиг РНХ гэдэг нь микро РНХ (miRNA), жижиг интерференцийн РНХ (siRNA) болон piwi-харилцаж буй РНХ (piRNA) зэрэг 200 нт-ээс бага урттай кодчилдоггүй РНХ молекулуудын ангиллыг хэлдэг.
МикроРНХ (миРНХ) нь 20-24 н урттай эндоген жижиг РНХ-ийн анги бөгөөд эсэд янз бүрийн чухал зохицуулалтын үүрэг гүйцэтгэдэг.миРНХ нь амьдралын олон үйл явцад оролцдог бөгөөд эд эсийн өвөрмөц болон үе шаттай өвөрмөц илэрхийлэлийг илрүүлдэг бөгөөд янз бүрийн зүйлүүдэд маш их хадгалагддаг.
-
circRNA дараалал-Illumina
CircRNAs (Циркуляр РНХ) нь кодчилдоггүй РНХ молекулуудын нэг анги бөгөөд 5′ төгсгөл ба 3′ төгсгөлийн поли(A) сүүлээс богино байдаг.ЦиркРНХ нь РНХ экзонуклеазын задралын эсрэг статус болох ковалент холбоогоор дугуй бүтцийг гүйцэтгэдэг.circRNA нь организмын өсөлт хөгжилт, тэдгээрийн гадаад орчинд тэсвэртэй байдалд чухал үүрэг гүйцэтгэдэг.
CircRNA нь миРНХ-г өрсөлдөх чадвартай холбож, ceRNA-ийн зохицуулах үүргийг гүйцэтгэж, генийн илэрхийлэлийг зохицуулах олон үүрэгтэй.Сүүлийн жилүүдэд энэ нь өвчний илрэл, хөгжилтэй нягт холбоотой болох нь тогтоогдсон бөгөөд өвчний оношлогооны маркер гэх мэт чиглэлд өргөн хэрэглээний хэтийн төлөвтэй байна.
