جینوم ارتقاء
فطرت
مواصلات
جینوم کی ترتیب عالمی منتشر راستوں کو ظاہر کرتی ہے اور سمندری گھوڑوں کے ارتقاء میں متضاد جینیاتی موافقت تجویز کرتی ہے۔
PacBio |Illumina |ہائی-سی |WGS |جینیاتی تنوع |آبادیاتی تاریخ |جین کا بہاؤ
بائیو مارکر ٹیکنالوجیز کے ذریعے پیکبیو کی ترتیب، جینوم ڈی نوو اسمبلی اور تشریحی خدمات فراہم کی گئیں۔
جھلکیاں
1.15.5 Mb کے contig N50 کے ساتھ ایک اعلیٰ معیار کا کروموسوم لیول سی ہارس (Hippocampus erectus) جینوم حاصل کیا گیا۔
2. دنیا بھر میں سمندری گھوڑوں کی 21 پرجاتیوں کے کل 358 جینومس کو دوبارہ ترتیب دیا گیا۔
3. اولیگوسین کے اواخر میں تیار ہونے والے سمندری گھوڑوں اور اس کے نتیجے میں سرکم-عالمی نوآبادیات کے راستوں کی نشاندہی کی گئی ہے اور ان کا تعلق سمندری دھاروں اور پیلیوٹیمپورل سمندری راستے میں بدلتی ہوئی حرکیات سے ہے۔
4. بار بار چلنے والی "بونی سپائنز" انکولی فینوٹائپ کی جینیاتی بنیاد ایک اہم ترقیاتی جین میں آزاد متبادل سے منسلک ہے۔
5. سمندری دھاروں کے ذریعے رافٹنگ ناقص منتشر کی تلافی کرتی ہے اور تیزی سے موافقت نئے رہائش گاہوں کو نوآبادیاتی بنانے میں سہولت فراہم کرتی ہے۔
کامیابیاں
تصویر 1 358 سمندری گھوڑوں کے نمونوں کے جینیاتی تنوع اور فائیلوجنیٹک تعلقات
a22 کروموسومز میں 21 سمندری گھوڑوں کی انواع کے نیوکلیوٹائڈ تنوع (π) کے نمونوں کے ساتھ نمونے لیے گئے سمندری گھوڑوں کے لیے جغرافیائی نمونے لینے کے مقامات۔b 358 سمندری گھوڑوں کے جینوم وسیع SNPs کے ساتھ تعمیر شدہ پڑوسی درخت۔(a) میں مقام پن کی علامتیں اور (b) میں شاخ کا پس منظر ایک دوسرے سے مطابقت رکھتے ہیں۔
تصویر 2 سمندری گھوڑوں کی نوآبادیات اور آبادیاتی تاریخ
a21 سمندری گھوڑوں کی نسلوں کے لیے فائیلوجنیٹک درخت اور انحراف کے وقت کا تخمینہ۔برانچ لائن کی موٹائی آبادی کے سائز کے تخمینے (Ne) کے مساوی ہے اور رنگ مختلف نسبوں کی نشاندہی کرتے ہیں۔علامات I–III انشانکن پوائنٹس کی نشاندہی کرتے ہیں۔b–d سمندری گھوڑوں کے کالونائزیشن کے راستوں (رنگین تیر) کی پیشین گوئی کی گئی ہے جس کی بنیاد انحراف کے وقت، تقسیم، ویکیریئنس کے واقعات، اور سمندری دھارے (سفید تیر)۔b انڈو-آسٹریلیائی جزیرہ نما ہپپوکیمپس کی نسل کا مرکز (سرخ نشان) تھا اس سے پہلے کہ سمندری گھوڑوں نے 18-23 ایم اے کو عالمی سطح پر متنوع اور منتشر کیا۔c سمندری گھوڑوں نے ابتدائی طور پر کھلنے والے ٹیتھیان سمندری راستے کے ذریعے بحر اوقیانوس کو نوآبادیات بنایا، جس کے بند ہونے کے بعد (7-13 Ma کے دوران ٹرمینل واقعہ)، اس ٹیتھیان نسب کو اس کے بحر ہند کی بہن نسب سے الگ کر دیا۔مؤخر الذکر، بعد میں بحیرہ عرب میں تیزی سے متنوع (پیلا نشان)، سمندری گھوڑوں کے تنوع کا دوسرا مرکز قائم کرتا ہے۔بحر اوقیانوس کا دوسرا سمندری گھوڑوں کی کالونائزیشن کا واقعہ بحر ہند سے تقریباً 5Ma پر جنوبی افریقہ کے سرے سے گزر کر، اور آخر کار اب بھی کھلے پانامہ سمندری راستے سے تقریباً 3.6MA پر مشرقی بحر الکاہل میں پہنچا۔
تصویر 3. آبادی کے موثر سائز میں جین کا بہاؤ اور اتار چڑھاؤ
aجنوبی بحر اوقیانوس میں رہنے والی پرجاتیوں کے درمیان جین کے بہاؤ کا پتہ چلا۔جین کے بہاؤ کو سفید لکیروں کے قریب G-PhoCS کے ذریعہ نقل مکانی کی شرح کے طور پر دکھایا گیا ہے۔تیروں کی موٹائی اور سمت بالترتیب شرحوں اور جین کے بہاؤ کی سمت کے مطابق ہے۔b PSMC کے ذریعہ آبادی کے موثر سائز میں اتار چڑھاؤ۔x محور موجودہ سے پہلے کے سالوں میں وقت کی نمائندگی کرتا ہے جبکہ y محور آبادی کے موثر سائز کی نمائندگی کرتا ہے۔چارٹس کو بنیادی طور پر تقسیم کے مختلف علاقوں کے ساتھ ہر ایک پرجاتی کی جغرافیائی تقسیم کے مطابق ترتیب دیا گیا ہے۔c پچھلے 1 ملین سالوں کے دوران سطح سمندر میں میٹر 33 میں تبدیلی۔پیلی لکیر آخری عالمی بین البرقی چوٹی کی نشاندہی کرتی ہے جبکہ سائین شیڈ آخری برفانی زیادہ سے زیادہ مدت کی نشاندہی کرتی ہے۔
تصویر 4 ریڑھ کی ہڈی کا ارتقاء۔
aبائیں، سمندری گھوڑوں میں ریڑھ کی ہڈی کے آزاد ارتقاء کو ظاہر کرنے والا پرجاتی درخت۔شاخ کی لمبائی فی سائٹ متبادل کی تعداد کی نشاندہی کرتی ہے۔سمندری گھوڑوں کی چار انواع نیلے رنگ میں نمایاں ہیں۔موٹی شاخیں bmp3 جین کے لیے غیر مترادف سے مترادف متبادل (dN/dS) کی اعلی شرحوں کے مساوی ہیں۔bmp3 جین کے لیے کیننیکل اور جنرلائزڈ میکڈونلڈ اور کریٹ مین ٹیسٹ (MKT) تین جوڑے والی بہن پرجاتیوں کے لیے کیا گیا تھا جس میں پس منظر کے رنگوں سے روشنی ڈالی گئی مختلف اسپائنی اور نان اسپائنی خصوصیات ہیں، جن کی اہمیت کی سطح بالترتیب نیلے اور سرخ فونٹ کے ساتھ p ویلیو سے ظاہر کی گئی تھی۔دائیں، bmp3 پروٹین میں امینو ایسڈ کے متبادل کا موازنہ، اسپائنی سمندری گھوڑوں میں پولیمورفک اور فکسڈ متبادلات کو بالترتیب سرخ اور نیلے رنگ کے دائروں سے اشارہ کیا گیا ہے۔b غیر اسپائنی پرجاتیوں کے مقابلے اسپائنی سمندری گھوڑوں میں bmp3 میں dN/dS اقدار کی تقسیم۔c فائیلوجنیٹک درخت میں آزاد ارتقاء bmp3 کے ذریعہ انکوڈ شدہ پروٹین کے لئے دوبارہ تشکیل دیا گیا ہے۔d ہپپوکیمپس ایریکٹس میں بی ایم پی 3 کے سیٹو ہائبرڈائزیشن میں مکمل ماؤنٹ۔
حوالہ
لی سی وغیرہ۔جینوم کی ترتیب عالمی منتشر راستوں کو ظاہر کرتی ہے اور سمندری گھوڑوں کے ارتقاء میں متضاد جینیاتی موافقت تجویز کرتی ہے۔نیٹ کمیون۔2021 فروری 17؛ 12(1):1094۔
خبریں اور جھلکیاں اس کا مقصد بائیو مارکر ٹیکنالوجیز کے ساتھ تازہ ترین کامیاب کیسز کا اشتراک کرنا، نئی سائنسی کامیابیوں کے ساتھ ساتھ مطالعہ کے دوران استعمال کی جانے والی نمایاں تکنیکوں کو حاصل کرنا ہے۔
پوسٹ ٹائم: جنوری 06-2022