میٹاجینومک سیکوینسنگ - این جی ایس
سروس کے فوائد
● مائکروبیل کمیونٹی پروفائلنگ کے لیے تنہائی اور کاشت سے پاک
● ماحولیاتی نمونوں میں کم کثرت پرجاتیوں کا پتہ لگانے میں اعلی ریزولیوشن
● "میٹا-" کا خیال فنکشنل لیول، پرجاتیوں کی سطح اور جین کی سطح پر تمام حیاتیاتی خصوصیات کو مربوط کرتا ہے، جو ایک متحرک نظریہ کی عکاسی کرتا ہے جو حقیقت سے قریب تر ہے۔
● BMK 10,000 سے زیادہ نمونوں پر کارروائی کے ساتھ متنوع نمونوں کی اقسام میں وسیع تجربہ حاصل کرتا ہے۔
سروس کی تفصیلات
| پلیٹ فارم | ترتیب دینا | تجویز کردہ ڈیٹا | تبدیلی کا وقت |
| Illumina NovaSeq 6000 | PE150 | 6 جی/10 جی/20 جی | 45 کام کے دن |
بایو انفارمیٹکس کا تجزیہ
● خام ڈیٹا کوالٹی کنٹرول
● میٹاجینوم اسمبلی
● غیر فالتو جین سیٹ اور تشریح
● پرجاتیوں کے تنوع کا تجزیہ
● جینیاتی فنکشن تنوع کا تجزیہ
● بین گروپ تجزیہ
● تجرباتی عوامل کے خلاف ایسوسی ایشن کا تجزیہ
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
نمونہ کی ضروریات:
کے لیےڈی این اے کے نچوڑ:
| نمونہ کی قسم | رقم | توجہ مرکوز کرنا | طہارت |
| ڈی این اے کے نچوڑ | 100 این جی | 1 ng/μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
ماحولیاتی نمونوں کے لیے:
| نمونہ کی قسم | تجویز کردہ نمونے لینے کا طریقہ کار |
| مٹی | نمونے کی رقم: تقریبا.5 جی؛باقی سوکھے مادے کو سطح سے ہٹانے کی ضرورت ہے۔بڑے ٹکڑوں کو پیس لیں اور 2 ملی میٹر فلٹر سے گزریں۔ریزرویشن کے لیے جراثیم سے پاک EP-tube یا cyrotube میں علی کوٹ کے نمونے۔ |
| پاخانہ | نمونے کی رقم: تقریبا.5 جی؛ریزرویشن کے لیے جراثیم سے پاک ای پی ٹیوب یا کرائیوٹوب میں ایلی کوٹ کے نمونے جمع کریں۔ |
| آنتوں کے مواد | نمونوں کو ایسپٹک حالت میں پروسیس کرنے کی ضرورت ہے۔جمع شدہ ٹشو کو پی بی ایس سے دھونا؛پی بی ایس کو سینٹری فیوج کریں اور ای پی ٹیوبوں میں تیز رفتار جمع کریں۔ |
| کیچڑ | نمونے کی رقم: تقریبا.5 جی؛بکنگ کے لیے جراثیم سے پاک ای پی ٹیوب یا کرائیوٹوب میں ایلی کوٹ کیچڑ کا نمونہ جمع کریں۔ |
| آبی جسم | مائکروبیل کی محدود مقدار والے نمونے کے لیے، جیسے نل کا پانی، کنویں کا پانی، وغیرہ، کم از کم 1 L پانی جمع کریں اور جھلی پر مائکروبیل کو افزودہ کرنے کے لیے 0.22 μm فلٹر سے گزریں۔جھلی کو جراثیم سے پاک ٹیوب میں محفوظ کریں۔ |
| جلد | جراثیم سے پاک روئی کے جھاڑو یا سرجیکل بلیڈ سے جلد کی سطح کو احتیاط سے کھرچیں اور اسے جراثیم سے پاک ٹیوب میں رکھیں۔ |
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
نمونوں کو مائع نائٹروجن میں 3-4 گھنٹے کے لیے منجمد کریں اور مائع نائٹروجن یا -80 ڈگری پر طویل مدتی ریزرویشن میں محفوظ کریں۔خشک برف کے ساتھ نمونے کی ترسیل کی ضرورت ہے۔
سروس ورک فلو
نمونہ کی ترسیل
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
ہسٹوگرام: پرجاتیوں کی تقسیم
2. KEGG میٹابولک پاتھ ویز کے لیے فنکشنل جین کی تشریح
3. حرارت کا نقشہ: متعلقہ جین کی کثرت پر مبنی مختلف افعال
4. کارڈ اینٹی بائیوٹک مزاحمتی جینوں کے سرکوس
بی ایم کے کیس
اینٹی بائیوٹک مزاحمتی جینز اور بیکٹیریل پیتھوجینز کا پھیلاؤ مٹی-مینگروو جڑ کے تسلسل کے ساتھ
شائع شدہ:جرنل آف ہیزرڈوس میٹریلز، 2021
ترتیب کی حکمت عملی:
مواد: مینگروو جڑوں سے وابستہ نمونوں کے چار ٹکڑوں کے ڈی این اے کے نچوڑ: غیر پلانٹ شدہ مٹی، رائزوفیئر، ایپی اسپیئر اور اینڈوسفیئر کمپارٹمنٹس
پلیٹ فارم: Illumina HiSeq 2500
اہداف: میٹاجینوم
16S rRNA جین V3-V4 خطہ
کلیدی نتائج
مٹی سے پودوں میں اینٹی بائیوٹک مزاحمتی جینز (ARGs) کے پھیلاؤ کا مطالعہ کرنے کے لیے مینگرو کے پودوں کی مٹی کی جڑوں کے تسلسل پر میٹاجینومک ترتیب اور میٹا بار کوڈنگ پروفائلنگ پر کارروائی کی گئی۔میٹاجینومک ڈیٹا نے انکشاف کیا کہ 91.4% اینٹی بائیوٹک مزاحمتی جینز کی عام طور پر اوپر ذکر کردہ مٹی کے چاروں حصوں میں شناخت کی گئی تھی، جس نے ایک مسلسل فیشن دکھایا۔16S rRNA amplicon کی ترتیب نے 29,285 تسلسل پیدا کیے، جو 346 پرجاتیوں کی نمائندگی کرتے ہیں۔ایمپلی کون سیکوینسنگ کے ذریعے پرجاتیوں کی پروفائلنگ کے ساتھ مل کر، یہ پھیلاؤ جڑ سے وابستہ مائکرو بائیوٹا سے آزاد پایا گیا، تاہم، اس کو جینیاتی عناصر کے موبائل سے سہولت فراہم کی جا سکتی ہے۔اس مطالعے نے مٹی سے پودوں میں جڑے ہوئے مٹی کی جڑوں کے تسلسل کے ذریعے اے آر جیز اور پیتھوجینز کے بہاؤ کی نشاندہی کی۔
حوالہ
وانگ، سی، ہو، آر، اسٹرانگ، پی جے، زوانگ، ڈبلیو، اور شو، ایل۔(2020)۔مٹی کے ساتھ اینٹی بائیوٹک مزاحمتی جینز اور بیکٹیریل پیتھوجینز کا پھیلاؤ – مینگروو جڑ کے تسلسل۔خطرناک مواد کا جرنل، 408، 124985۔
