میٹاجینومک سیکوینسنگ - این جی ایس
میٹاجینوم حیاتیات کی مخلوط برادری کے کل جینیاتی مواد کا مجموعہ ہے، جیسے ماحولیاتی اور انسانی میٹاجینوم۔ اس میں قابل کاشت اور ناقابل کاشت دونوں مائکروجنزموں کے جینوم ہوتے ہیں۔ NGS کے ساتھ شاٹگن میٹاجینومک ترتیب ٹیکونومک پروفائلنگ سے زیادہ فراہم کرکے ماحولیاتی نمونوں میں شامل ان پیچیدہ جینومک مناظر کے مطالعہ کو قابل بناتی ہے، جس سے انواع کے تنوع، کثرت کی حرکیات، اور آبادی کے پیچیدہ ڈھانچے کے بارے میں دانے دار بصیرت بھی ملتی ہے۔ ٹیکونومک اسٹڈیز سے ہٹ کر، شاٹگن میٹاجینومکس ایک فنکشنل جینومکس کا نقطہ نظر بھی پیش کرتا ہے، جو انکوڈ شدہ جینز کی تلاش اور ماحولیاتی عمل میں ان کے اہم کردار کو قابل بناتا ہے۔ آخر میں، جینیاتی عناصر اور ماحولیاتی عوامل کے درمیان ارتباط کے نیٹ ورکس کا قیام مائکروبیل کمیونٹیز اور ان کے ماحولیاتی پس منظر کے درمیان پیچیدہ تعامل کی مکمل تفہیم میں معاون ہے۔ آخر میں، metagenomic تسلسل متنوع مائکروبیل کمیونٹیز کی جینومک پیچیدگیوں کو کھولنے کے لیے ایک اہم آلہ کے طور پر کھڑا ہے، ان پیچیدہ ماحولیاتی نظاموں کے اندر جینیات اور ماحولیات کے درمیان کثیر جہتی تعلقات کو روشن کرتا ہے۔
پلیٹ فارمز: Illumina NovaSeq اور DNBSEQ-T7
سروس کے فوائد
●مائکروبیل کمیونٹی پروفائلنگ کے لیے تنہائی اور کاشت سے پاک طریقہ: ناقابل کاشت جانداروں سے جینیاتی مواد کی ترتیب کو فعال کرنا۔
●ہائی ریزولوشن: ماحولیاتی نمونوں میں کم کثرت والی انواع کا پتہ لگائیں۔
●جامع بایو انفارمیٹکس تجزیہ:نہ صرف ٹیکونومک تنوع پر بلکہ کمیونٹی کے فعال تنوع پر بھی توجہ مرکوز کی۔
●وسیع تجربہ:مختلف تحقیقی ڈومینز میں متعدد میٹاجینومکس پروجیکٹس کو کامیابی کے ساتھ بند کرنے اور 200,000 سے زیادہ نمونوں کی پروسیسنگ کے ٹریک ریکارڈ کے ساتھ، ہماری ٹیم ہر پروجیکٹ کے لیے کافی تجربہ لاتی ہے۔
سروس کی تفصیلات
| ترتیب دینے والا پلیٹ فارم | ترتیب کی حکمت عملی | ڈیٹا تجویز کیا گیا۔ | کوالٹی کنٹرول |
| Illumina NovaSeq یا DNBSEQ-T7 | PE150 | 6-20 جی بی | Q30≥85% |
سروس کے تقاضے
| ارتکاز (ng/µL) | کل رقم (ng) | حجم (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● مٹی/ کیچڑ: 2-3 گرام
● آنتوں کا مواد-جانور: 0.5-2 گرام
● آنتوں کے مواد-کیڑے: 0.1-0.25 گرام
● پودوں کی سطح (افزودہ تلچھٹ): 0.5-1 گرام
● ابال شوربہ افزودہ تلچھٹ): 0.2-0.5 گرام
● پاخانہ (بڑے جانور): 0.5-2 گرام
● پاخانہ (ماؤس): 3-5 دانے
● Pulmonary alveolar lavage سیال: فلٹر پیپر
● اندام نہانی کی جھاڑو: 5-6 جھاڑو
● جلد/جننٹل جھاڑو/لعاب/زبانی نرم بافتوں/فرینجیل سویب/ریکٹل سویب: 2-3 جھاڑو
● سطحی مائکروجنزم: 5-6 جھاڑو
● واٹر باڈی/ایئر/بائیو فلم: فلٹر پیپر
● اینڈوفائٹس: 2-3 گرام
● دانتوں کی تختی: 0.5-1 گرام
سروس ورک فلو
نمونہ کی ترسیل
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
مندرجہ ذیل تجزیہ پر مشتمل ہے:
● ڈیٹا کوالٹی کنٹرول کو ترتیب دینا
● Metagenome اسمبلی اور جین کی پیشن گوئی
● جین کی تشریح
● ٹیکسونومک الفا تنوع کا تجزیہ
● کمیونٹی کا فنکشنل تجزیہ: حیاتیاتی فعل، میٹابولک، اینٹی بائیوٹک مزاحمت
● فنکشنل اور ٹیکنومک تنوع دونوں پر تجزیہ:
بیٹا تنوع کا تجزیہ
انٹر گروپ تجزیہ
ارتباط کا تجزیہ: ماحولیاتی عوامل اور آؤٹ کمپوزیشن اور تنوع کے درمیان
فنکشنل تجزیہ: کارڈ اینٹی بائیوٹک مزاحمت
KEGG میٹابولک راستوں کا تفریق تجزیہ: اہم راستوں کا ہیٹ میپ
ٹیکونومک ڈسٹری بیوشن کا الفا تنوع: ACE انڈیکس
ٹیکونومک ڈسٹری بیوشن کا بیٹا تنوع: PCoA
Illumina کے ساتھ BMKGene کی میٹاجینوم سیکوینسنگ سروسز کے ذریعے فراہم کردہ پیشرفت کو پبلیکیشنز کے کیوریٹڈ مجموعے کے ذریعے دریافت کریں۔
ہائی، کیو وغیرہ۔ (2023) 'مختلف ثقافت کے پانی کے درجہ حرارت پر متعدی ہیماٹوپوائٹک نیکروسس وائرس سے متاثرہ رینبو ٹراؤٹ (اونکورینچس مائکیس) کے آنتوں کے مواد میں تبدیلیوں کا میٹاجینومک اور میٹابولومک تجزیہ'،مائکرو بایولوجی میں فرنٹیئرز، 14، ص۔ 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
Mao, C. et al. (2023) مختلف ٹرافک ریاستوں کی شہری جھیلوں میں مائکروبیل کمیونٹیز، مزاحمتی جینز اور مزاحمتی خطرات: اندرونی روابط اور بیرونی اثرات،جرنل آف ہیزرڈس میٹریل ایڈوانسز،9،ص۔ 100233. doi: 10.1016/J.HAZADV.2023.100233.
Su, M. et al. (2022) 'میٹاجینومک تجزیہ نے بھیڑ رومن کے مائع سے وابستہ اور ٹھوس سے وابستہ مائکروجنزموں کے درمیان ساخت اور فنکشن میں فرق ظاہر کیا'،مائکرو بایولوجی میں فرنٹیئرز، 13، ص۔ 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
Yin، J. et al. (2023) 'موٹے ننگزیانگ سور سے ماخوذ مائکرو بائیوٹا دبلے پتلے DLY خنزیروں میں پٹھوں میں فیٹی ایسڈ جمع کرنے کو فروغ دینے کے لیے کارنیٹائن میٹابولزم کو دوبارہ تیار کرتا ہے'،دی انوویشن، 4(5)، صفحہ۔ 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
Zhao, X. et al. (2023) 'ہائی ایسٹوری، چین کے اوپری اور نچلے حصوں میں نمائندہ بائیو/نان ڈیگریڈیبل پلاسٹک اور غیر پلاسٹک کے ملبے کے ممکنہ خطرات کی میٹاجینومک بصیرت'،کل ماحولیات کی سائنس، 887، ص۔ 164026. doi: 10.1016/J.SCITOTENV.2023.164026.
