غیر حوالہ پر مبنی mRNA تسلسل-Illumina
خصوصیات
● کسی بھی حوالہ جینوم سے آزاد،
● ڈیٹا کو نقل کی ساخت اور اظہار کا تجزیہ کرنے کے لیے استعمال کیا جا سکتا ہے۔
● متغیر کلپنگ سائٹس کی شناخت کریں۔
سروس کے فوائد
● BMKCloud پر مبنی رزلٹ ڈیلیوری: BMKCloud پلیٹ فارم کے ذریعے نتائج ڈیٹا فائل اور انٹرایکٹو رپورٹ کے طور پر ڈیلیور کیے جاتے ہیں، جو کہ صارف کے لیے پیچیدہ تجزیہ کے نتائج کو پڑھنے اور معیاری بایو انفارمیٹکس تجزیہ کی بنیاد پر حسب ضرورت ڈیٹا مائننگ کی اجازت دیتا ہے۔
● فروخت کے بعد کی خدمات: پراجیکٹ کی تکمیل کے بعد 3 ماہ کے لیے قابلِ فروخت خدمات، بشمول پروجیکٹس کا فالو اپ، ٹربل شوٹنگ، نتائج سوال و جواب وغیرہ۔
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
نمونہ کی ضروریات:
نیوکلیوٹائڈز:
| Conc.(ng/μl) | رقم (μg) | طہارت | سالمیت |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا کوئی پروٹین یا ڈی این اے آلودگی جیل پر دکھائی نہیں دیتی۔ | پودوں کے لیے: RIN≥6.5؛ جانوروں کے لیے: RIN≥7.0؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا کوئی بنیادی بلندی نہیں۔ |
ٹشو: وزن (خشک): ≥1 جی
*5 ملی گرام سے چھوٹے ٹشو کے لیے، ہم تجویز کرتے ہیں کہ فلیش منجمد (مائع نائٹروجن میں) ٹشو کا نمونہ بھیجیں۔
سیل معطلی: سیل کی گنتی = 3×107
*ہم منجمد سیل لیسیٹ بھیجنے کا مشورہ دیتے ہیں۔اس صورت میں کہ سیل کا شمار 5×10 سے چھوٹا ہو۔5، مائع نائٹروجن میں فلیش کو منجمد کرنے کی سفارش کی جاتی ہے۔
خون کے نمونے:
PA×geneBloodRNATube؛
6mLTRIzol اور 2mL خون (TRIzol:Blood=3:1)
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
کنٹینر:
2 ملی لیٹر سینٹرفیوج ٹیوب (ٹن ورق کی سفارش نہیں کی جاتی ہے)
نمونہ لیبلنگ: گروپ + نقل جیسے A1، A2، A3؛B1, B2, B3...
کھیپ:
1. خشک برف: نمونوں کو تھیلے میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
2.RNAstable tubes: RNA کے نمونے RNA سٹیبلائزیشن ٹیوب (جیسے RNAstable®) میں خشک کیے جا سکتے ہیں اور کمرے کے درجہ حرارت پر بھیجے جا سکتے ہیں۔
سروس ورک فلو
تجربہ ڈیزائن
نمونہ کی ترسیل
آر این اے نکالنا
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
بایو انفارمیٹکس
1.mRNA(denovo) اسمبلی کا اصول
تثلیث کے ذریعہ، ریڈز کو چھوٹے چھوٹے ٹکڑوں میں تقسیم کیا جاتا ہے، جسے K-mer کہا جاتا ہے۔ان K-mers کو پھر بیج کے طور پر استعمال کیا جاتا ہے تاکہ کونٹیگس میں بڑھایا جائے اور پھر کونٹیگ اوورلیپنگ پر اجزاء کی بنیاد رکھی جائے۔آخر میں، De Bruijn کو یہاں پر اجزاء میں نقل کی پہچان کے لیے لاگو کیا گیا۔
mRNA (De novo) تثلیث کا جائزہ
2.mRNA (De novo) جین کے اظہار کی سطح کی تقسیم
RNA-Seq جین کے اظہار کا ایک انتہائی حساس تخمینہ حاصل کرنے کے قابل ہے۔عام طور پر، ٹرانسکرپٹ ایکسپریشن FPKM کی قابل شناخت رینج 10^-2 سے 10^6 تک ہوتی ہے۔
mRNA (De novo) ہر نمونے میں FPKM کثافت کی تقسیم
3.mRNA (De novo) GO DEGs کی افزودگی کا تجزیہ
GO (جین آنٹولوجی) ڈیٹا بیس ایک منظم حیاتیاتی تشریح کا نظام ہے جس میں جین اور جین پروڈکٹس کے افعال کی معیاری الفاظ شامل ہیں۔یہ متعدد سطحوں پر مشتمل ہے، جہاں سطح جتنی کم ہوگی، افعال اتنے ہی مخصوص ہیں۔
mRNA (De novo) GO دوسری سطح پر DEGs کی درجہ بندی
بی ایم کے کیس
پیاز میں بلب کی سوجن اور نشوونما کے دوران سوکروز میٹابولزم کا ٹرانسکرپٹوم تجزیہ (ایلیم سیپا ایل۔)
شائع شدہ: پلانٹ سائنس میں سرحدیں2016
ترتیب کی حکمت عملی
Illumina HiSeq2500
نمونے کا مجموعہ
اس تحقیق میں یوٹاہ یلو سویٹ اسپین کی کلٹیور "Y1351" استعمال کی گئی۔جمع کیے گئے نمونوں کی تعداد تھی۔
بلب کی سوجن (DAS) کے 15ویں دن (2-سینٹی میٹر قطر اور 3-4 گرام وزن)، 30ویں DAS (5-سینٹی میٹر قطر اور 100-110 گرام وزن)، اور 40ویں DAS پر ∼3 (7-سینٹی میٹر قطر اور 260–300 گرام)۔
کلیدی نتائج
1. وین ڈایاگرام میں، ترقیاتی مراحل کے تینوں جوڑوں میں کل 146 ڈی ای جی کا پتہ چلا
2. "کاربوہائیڈریٹ کی نقل و حمل اور میٹابولزم" کی نمائندگی صرف 585 یونجینز (یعنی تشریح شدہ COG کا 7%) کے ذریعے کی گئی۔
GO ڈیٹا بیس میں کامیابی کے ساتھ تشریح کردہ یونیجینز کو بلب کی ترقی کے تین مختلف مراحل کے لیے تین بنیادی زمروں میں درجہ بندی کیا گیا تھا۔"حیاتیاتی عمل" کے بنیادی زمرے میں سب سے زیادہ نمائندگی "میٹابولک عمل" تھی، اس کے بعد "سیلولر عمل"۔"مالیکیولر فنکشن" کے پرنسپل زمرے میں سب سے زیادہ نمائندگی کرنے والے دو زمرے "بائنڈنگ" اور "کیٹلیٹک سرگرمی" تھے۔
 آرتھولوجس گروپس (COG) کی درجہ بندی کے کلسٹرز کا ہسٹوگرام |  ہسٹوگرام آف جین آنٹولوجی (GO) کی درجہ بندی تین ترقیاتی مراحل میں بلب سے اخذ کردہ یونی جینز کے لیے |
 وین ڈایاگرام پیاز کے بلب کی نشوونما کے کسی بھی دو مراحل میں جینوں کو مختلف طریقے سے ظاہر کرتا ہے۔ |
حوالہ
Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.پیاز میں بلب کی سوجن اور نشوونما کے دوران سوکروز میٹابولزم کا ٹرانسکرپٹوم تجزیہ (ایلیم سیپا ایل۔)[جے]۔فرنٹیئرز ان پلانٹ سائنس، 2016، 7:1425۔DOI: 10.3389/fpls.2016.01425
