MABADILIKO YA GENOME
asili
MAWASILIANO
Mlolongo wa jenomu unaonyesha njia za mtawanyiko wa kimataifa na kupendekeza urekebishaji wa kijeni katika mageuzi ya seahorse.
PacBio |Ilumina |Hi-C |WGS |Tofauti za Kinasaba |Historia ya Idadi ya Watu |Mtiririko wa Jeni
Mfuatano wa Pacbio, mkusanyiko wa genome de novo na huduma za ufafanuzi zilitolewa na Biomarker Technologies.
Vivutio
1.Jenomu ya seahorse ya kiwango cha juu cha kromosomu (Hippocampus erectus) yenye contig N50 ya 15.5 Mb ilipatikana.
2.Jumla ya jenomu 358 kutoka duniani kote spishi 21 za seahorse ziliwekwa upya.
3.Seahorses walioibuka mwishoni mwa Oligocene na njia zilizofuata za ukoloni wa mzunguko wa dunia zinatambuliwa na kuhusishwa na mabadiliko ya mienendo ya mikondo ya bahari na fursa za njia za bahari za paleotemporal.
4.Msingi wa maumbile wa "miiba ya mifupa" ya mara kwa mara ya phenotype inayobadilika inahusishwa na uingizwaji wa kujitegemea katika jeni muhimu ya maendeleo.
5. Rafting kupitia mikondo ya bahari hufidia mtawanyiko duni na urekebishaji wa haraka huwezesha ukoloni wa makazi mapya.
Mafanikio
Mtini. 1 Anuwai ya kijeni na mahusiano ya kifilojenetiki ya vielelezo vya 358 seahorse
aMaeneo ya sampuli za kijiografia kwa sampuli za farasi wa baharini walio na ruwaza za anuwai ya nyukleotidi (π) kati ya spishi 21 za farasi-maji kwenye kromosomu 22.b Mti unaoungana uliojengwa kwa upana wa jenomu SNP za farasi 358 za baharini.Alama za pini za eneo katika (a) na usuli wa tawi katika (b) zinalingana.
Mtini. 2 Ukoloni na historia ya idadi ya watu wa baharini
aMakadirio ya miti ya filojenetiki na muda wa mseto kwa spishi 21 za farasi wa baharini.Unene wa mstari wa tawi unalingana na makadirio ya ukubwa wa idadi ya watu (Ne) na rangi zinaonyesha nasaba tofauti.Alama I-III zinaonyesha alama za urekebishaji.b–d Njia za ukoloni zilizotabiriwa (mishale ya rangi) ya farasi wa baharini kulingana na wakati mseto, usambazaji, matukio ya urithi, na mikondo ya bahari (mishale nyeupe).b Visiwa vya Indo-Australian vilikuwa kitovu cha asili (alama nyekundu) ya jenasi ya Hippocampus kabla ya farasi wa baharini kutawanywa na kutawanywa kimataifa 18–23 Ma.Hapo awali, Seahorses walikoloni Bahari ya Atlantiki kupitia njia ya bahari ya Tethyan iliyofunguliwa, ambayo, baada ya kufungwa kwake (Tukio la Kituo wakati wa 7–13 Ma), ilitenganisha ukoo huu wa Tethyan kutoka kwa dada yake wa Bahari ya Hindi.Hii ya mwisho, iliyofuata kwa haraka mseto (alama ya manjano) katika Bahari ya Arabia, na kuanzisha kituo cha pili cha mseto wa farasi wa baharini.d Tukio la pili la ukoloni wa farasi wa baharini wa Bahari ya Atlantiki lilitokea kutoka Bahari ya Hindi karibu 5Ma kwa kupita ncha ya Afrika Kusini, na hatimaye kuwasili katika Bahari ya Pasifiki ya Mashariki kupitia njia ya bahari ya Panama ambayo bado iko wazi takriban 3.6 Ma.
Mtini. 3 Mtiririko wa jeni na kushuka kwa thamani kwa ukubwa unaofaa wa idadi ya watu
aMtiririko wa jeni umegunduliwa kati ya spishi zinazoishi Bahari ya Atlantiki ya Kusini.Mtiririko wa jeni huonyeshwa karibu na mistari nyeupe kama kiwango cha uhamaji kinachokadiriwa na G-PhoCS.Unene na mwelekeo wa mishale yanahusiana na viwango na mwelekeo wa mtiririko wa jeni, kwa mtiririko huo.b Kushuka kwa viwango vya ufanisi vya idadi ya watu na PSMC.Mhimili wa x unawakilisha muda katika miaka kabla ya sasa wakati mhimili y unawakilisha ukubwa wa idadi ya watu.Chati zimepangwa hasa kulingana na usambazaji wa kijiografia kwa kila spishi zilizo na maeneo tofauti ya usambazaji.c Mabadiliko ya kina cha bahari katika kipindi cha miaka milioni 1 katika mita33.Mstari wa manjano unaonyesha kilele cha mwisho cha barafu ilhali kivuli cha samawati kinaonyesha kipindi cha mwisho cha barafu.
Mtini. 4 Mageuzi ya miiba.
aKushoto, mti wa Spishi unaoonyesha mabadiliko huru ya miiba katika farasi wa baharini.Urefu wa tawi unaonyesha idadi ya vibadala kwa kila tovuti.Aina nne za farasi wa baharini wenye miiba zimeangaziwa kwa rangi ya samawati.Matawi mazito yanalingana na viwango vya juu vya vibadala visivyo na jina moja hadi nyingine (dN/dS) vya jeni ya bmp3.Jaribio la kanuni na la jumla la McDonald na Kreitman (MKT) la jeni la bmp3 lilifanywa kwa spishi tatu za dada za jozi zenye vipengele tofauti vya miiba na visivyo na miiba vilivyoangaziwa na rangi za mandharinyuma, ambazo viwango vyake vya umuhimu vilionyeshwa kwa thamani ya p na fonti ya bluu na nyekundu, mtawalia.Kulia, kulinganisha kwa uingizwaji wa asidi ya amino katika protini ya bmp3, uingizwaji wa polymorphic na fasta katika seahorses za spiny huonyeshwa kwa duru nyekundu na bluu, kwa mtiririko huo.b Usambazaji wa thamani za dN/dS katika bmp3 katika farasi wa baharini wenye miiba ikilinganishwa na spishi zisizo na miiba.c Mageuzi huru katika mti wa filojenetiki ulioundwa upya kwa ajili ya protini iliyosimbwa na bmp3.d Uchanganyaji wa Whole-mount in situ wa bmp3 katika Hippocampus erectus.
Rejea
Li C et al.Mfuatano wa jenomu hufichua njia za mtawanyiko wa kimataifa na kupendekeza urekebishaji wa kijeni katika mageuzi ya farasi wa baharini.Nat Commun.2021 Feb 17;12(1):1094.
Habari na Muhimu inalenga kushiriki kesi za hivi punde zilizofaulu na Biomarker Technologies, kupata mafanikio mapya ya kisayansi na pia mbinu maarufu zilizotumika wakati wa utafiti.
Muda wa kutuma: Jan-06-2022