مکمل لمبائی mRNA کی ترتیب -PacBio
سروس کے فوائد
● 3'- اختتام سے 5'- اختتام تک مکمل لمبائی والے cDNA مالیکیول کا براہ راست پڑھنا
● ترتیب کی ساخت میں آئی ایس او فارم لیول ریزولوشن
● اعلیٰ درستگی اور دیانت کے ساتھ نقلیں۔
● vaours پرجاتیوں کے لئے انتہائی ہم آہنگ
● 4 PacBio Sequel II ترتیب دینے والے پلیٹ فارمز کے ساتھ بڑی ترتیب دینے کی گنجائش
● 700 سے زیادہ Pacbio کی بنیاد پر RNA کی ترتیب کے منصوبوں کے ساتھ انتہائی تجربہ کار
● BMKCloud پر مبنی نتیجہ کی ترسیل: پلیٹ فارم پر اپنی مرضی کے مطابق ڈیٹا مائننگ دستیاب ہے۔
● بعد از فروخت خدمات پروجیکٹ کی تکمیل کے بعد 3 ماہ کے لیے درست ہیں۔
سروس کی تفصیلات
پلیٹ فارم: PacBio سیکوئل II
ترتیب دینے والی لائبریری: پولی A- افزودہ mRNA لائبریری
تجویز کردہ ڈیٹا کی پیداوار: 20 جی بی / نمونہ (پرجاتیوں پر منحصر ہے)
FLNC（%）：≥75%
*FLNC: مکمل طوالت کے نان چائمرک ٹرانسپٹس
بایو انفارمیٹکس کا تجزیہ
● خام ڈیٹا پروسیسنگ
● نقل کی شناخت
● ترتیب کا ڈھانچہ
● اظہار کی مقدار
● فنکشن تشریح
نمونے کی ضروریات اور ترسیل
نمونہ کی ضروریات:
نیوکلیوٹائڈز:
| Conc.(ng/μl) | رقم (μg) | طہارت | سالمیت |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا کوئی پروٹین یا ڈی این اے آلودگی جیل پر دکھائی نہیں دیتی۔ | پودوں کے لیے: RIN≥7.5؛ جانوروں کے لیے: RIN≥8.0؛ 5.0≥ 28S/18S≥1.0; محدود یا کوئی بنیادی بلندی نہیں۔ |
ٹشو: وزن (خشک):≥1 گرام
*5 ملی گرام سے چھوٹے ٹشو کے لیے، ہم تجویز کرتے ہیں کہ فلیش منجمد (مائع نائٹروجن میں) ٹشو کا نمونہ بھیجیں۔
سیل معطلی:سیل کی گنتی = 3×106- 1×107
*ہم منجمد سیل لیسیٹ بھیجنے کا مشورہ دیتے ہیں۔اس صورت میں کہ سیل کا شمار 5×10 سے چھوٹا ہو۔5، مائع نائٹروجن میں منجمد فلیش کی سفارش کی جاتی ہے، جو مائیکرو نکالنے کے لیے بہتر ہے۔
خون کے نمونے:حجم ≥1 ایم ایل
مائکروجنزم:ماس ≥ 1 جی
تجویز کردہ نمونے کی ترسیل
کنٹینر:
2 ملی لیٹر سینٹرفیوج ٹیوب (ٹن ورق کی سفارش نہیں کی جاتی ہے)
نمونہ لیبلنگ: گروپ + نقل جیسے A1، A2، A3؛B1, B2, B3...
کھیپ:
1. خشک برف: نمونوں کو تھیلے میں پیک کرنے اور خشک برف میں دفن کرنے کی ضرورت ہے۔
2. RNAstable tubes: RNA کے نمونے RNA سٹیبلائزیشن ٹیوب (جیسے RNAstable®) میں خشک کیے جا سکتے ہیں اور کمرے کے درجہ حرارت پر بھیجے جا سکتے ہیں۔
سروس ورک فلو
تجربہ ڈیزائن
نمونہ کی ترسیل
آر این اے نکالنا
لائبریری کی تعمیر
ترتیب دینا
ڈیٹا کا تجزیہ
فروخت کے بعد کی خدمات
1.FLNC لمبائی کی تقسیم
فل لینتھ نان چائمرک ریڈ (FLNC) کی لمبائی لائبریری کی تعمیر میں cDNA کی لمبائی کی نشاندہی کرتی ہے۔لائبریری کی تعمیر کے معیار کو جانچنے میں FLNC کی لمبائی کی تقسیم ایک اہم اشارہ ہے۔
FLNC پڑھنے کی لمبائی کی تقسیم
ORF علاقہ کی لمبائی کی تقسیم مکمل کریں۔
ہم TransDecoder کا استعمال پروٹین کوڈنگ والے علاقوں اور متعلقہ امینو ایسڈ کی ترتیبوں کی پیشن گوئی کرنے کے لیے کرتے ہیں تاکہ یونیجین سیٹ تیار کیے جا سکیں، جس میں تمام نمونوں میں مکمل غیر فالتو نقل کی معلومات موجود ہوتی ہے۔
ORF علاقہ کی لمبائی کی تقسیم مکمل کریں۔
3.KEGG راستے کی افزودگی کا تجزیہ
PacBio سیکوینسنگ ڈیٹا کے ذریعے تیار کردہ مکمل طوالت کے ٹرانسکرپٹ سیٹوں پر NGS پر مبنی RNA سیکوینسنگ ڈیٹا کو سیدھ میں لا کر تفریق سے اظہار شدہ ٹرانسکرپٹس (DETs) کی شناخت کی جا سکتی ہے۔یہ DETs مختلف فنکشنل تجزیہ کے لیے مزید کارروائی کر سکتے ہیں، جیسے KEGG پاتھ وے افزودگی تجزیہ۔
DET KEGG پاتھ وے کی افزودگی - ڈاٹ پلاٹ
بی ایم کے کیس
پاپولس اسٹیم ٹرانسکرپٹوم کی ترقیاتی حرکیات
شائع شدہ: پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی جرنل، 2019
ترتیب کی حکمت عملی:
نمونہ جمع:اسٹیم ریجنز: نانلن 895 سے سب سے اوپر، پہلا انٹرنوڈ (IN1)، دوسرا انٹرنوڈ (IN2)، تیسرا انٹرنوڈ (IN3)، انٹرنوڈ (IN4) اور انٹرنوڈ (IN5)
این جی ایس کی ترتیب:15 افراد کے آر این اے کو ایک حیاتیاتی نمونے کے طور پر جمع کیا گیا تھا۔این جی ایس ترتیب کے لئے ہر پوائنٹس کی تین حیاتیاتی نقل تیار کی گئیں۔
ٹی جی ایس کی ترتیب:تنوں کے علاقوں کو تین خطوں میں تقسیم کیا گیا تھا، یعنی apex، IN1-IN3 اور IN4-IN5۔ہر علاقے میں چار قسم کی لائبریریوں کے ساتھ PacBio کی ترتیب کے لیے کارروائی کی گئی تھی: 0-1 kb، 1-2 kb، 2-3 kb اور 3-10 kb۔
کلیدی نتائج
1. کل 87150 مکمل طوالت کے ٹرانسکرپٹس کی نشاندہی کی گئی، جس میں، 2081 ناول آئسوفارمز اور 62058 ناول متبادل کٹے ہوئے آئسفارمز کی نشاندہی کی گئی۔
2.1187 lncRNA اور 356 فیوژن جینوں کی نشاندہی کی گئی۔
3. بنیادی نمو سے لے کر ثانوی نمو تک، 995 مختلف جینز میں سے 15838 مختلف انداز میں ظاہر کردہ ٹرانسکرپٹس کی نشاندہی کی گئی۔تمام ڈی ای جیز میں، 1216 ٹرانسکرپشن عوامل تھے، جن میں سے بیشتر کی ابھی تک اطلاع نہیں ملی ہے۔
4.GO کی افزودگی کے تجزیے نے بنیادی اور ثانوی ترقی میں سیل ڈویژن اور آکسیڈیشن میں کمی کے عمل کی اہمیت کو ظاہر کیا۔
متبادل splicing واقعات اور مختلف isoforms
نقل کے عوامل پر WGCNA تجزیہ
حوالہ
چاو کیو، گاو زیڈ ایف، ژانگ ڈی، وغیرہ۔پاپولس اسٹیم ٹرانسکرپٹوم کی ترقیاتی حرکیات۔پلانٹ بائیو ٹیکنالوجی J. 2019;17(1):206-219۔doi:10.1111/pbi.12958
