GENOME EVOLUTION
toetra
fifandraisana
Ny filaharan'ny génome dia manambara ny lalan'ny fanaparitahana eran-tany ary manolotra fampifanarahana fototarazo mifanandrify amin'ny fivoaran'ny soavaly
PacBio |Illumina |Hi-C |WGS |Fahasamihafana génétique |Tantaran'ny Demografika |Gene Flow
Ny sequence Pacbio, ny fivorian'ny genome de novo ary ny serivisy fanontana dia nomen'ny Biomarker Technologies.
Zava-nisongadina
1. Nahazo ny génomée chromosome-level (Hippocampus erectus) avo lenta miaraka amin'ny contig N50 amin'ny 15.5 Mb.
2. Ny fitambaran'ny génome 358 avy amin'ny karazana soavalin-dranomasina 21 maneran-tany no naverina.
3. Ny soavalin-dranomasina nivoatra tany amin'ny faran'ny Oligocene sy ny lalan'ny fanjanahan-tany manerana izao tontolo izao dia fantatra ary mifamatotra amin'ny fiovan'ny toetr'andro amin'ny rian-dranomasina sy ny fisokafan'ny ranomasina paleotemporal.
4. Ny fototry ny fototarazo amin'ny phenotype adaptive "taolam-paty" miverimberina dia mifamatotra amin'ny fanoloana tsy miankina amin'ny fototarazo lehibe iray.
5. Ny rafting amin'ny alàlan'ny onjan-dranomasina dia manonitra ny tsy fahampian'ny fiparitahana ary ny fampifanarahana haingana dia manamora ny fanjanahan-tany vaovao
zava-bita
Fig. 1 Fahasamihafan'ny fototarazo sy ny fifandraisan'ny filogenetika amin'ny santionany soavaly 358
nyToerana fanaovana santionany ara-jeografika ho an'ny soavaly dranomasina santionany miaraka amin'ny sarin'ny fahasamihafan'ny nucleotide (π) amin'ireo karazana soavaly 21 manerana ny krômôzôma 22.b Hazo mifanolo-bodirindrina vita amin'ny SNP mirefy 358 amin'ny soavalin-dranomasina.Mifanaraka amin'ny tsirairay ny marika pin toerana ao amin'ny (a) sy ny sampana ao amin'ny (b).
Fig. 2 Fanjanahantany sy tantaran'ny demografika ny soavalin-dranomasina
nyNy hazo phylogenetic sy ny vanim-potoanan'ny divergence dia tombanana ho an'ny karazana soavaly 21.Ny hatevin'ny tsipika sampana dia mifanandrify amin'ny tombantomban'ny haben'ny mponina (Ne) ary ny loko dia manondro taranaka samihafa.Ny mari-pamantarana I–III dia manondro ireo teboka calibration.b–d vinavinaina ny lalan'ny fanjanahantany (zana-tsipìka miloko) an'ny soavalin-dranomasina mifototra amin'ny fotoana tsy mitovy, ny fitsinjarana, ny fisehoan-javatra misolo toerana ary ny rian-dranomasina (zana-tsipìka fotsy).b Ny Vondronosy Indo-Australianina no ivon'ny fiaviana (marika mena) ny karazana Hippocampus talohan'ny nisarahan'ny soavaly an-dranomasina sy niparitaka naneran-tany 18–23 Ma.c Nanjanaka ny Ranomasimbe Atlantika tamin'ny voalohany ny soavalin-dranomasina tamin'ny alàlan'ny ranomasina Tethyan misokatra, izay, taorian'ny fanakatonana azy (Fihetsiketsehana Terminal nandritra ny 7–13 Ma), dia nanasaraka an'io taranaka Tethyan io tamin'ny firazanana rahavavin'ny Ranomasimbe Indianina.Ity farany, izay nanova haingana (marika mavo) tany amin'ny Ranomasina Arabo, nanangana foibe faharoa amin'ny fanamafisam-peo.d nitrangan'ny fanjanahan-tsoavaly faharoa tamin'ny Ranomasimbe Atlantika avy any amin'ny Ranomasimbe Indianina tokony ho 5Ma tamin'ny alalan'ny fandalovana ny tendron'i Afrika Atsimo, ary farany tonga tany amin'ny Oseana Pasifika Atsinanana tamin'ny alalan'ny ranomasina Panama mbola misokatra eo amin'ny 3,6 Ma eo ho eo.
Fig. 3 Ny fikorianan'ny fototarazo sy ny fiovaovan'ny isan'ny mponina mahomby
nyHita ny fikorianan'ny fototarazo eo amin'ireo karazana monina ao amin'ny Ranomasimbe Atlantika Atsimo.Ny fikorianan'ny fototarazo dia aseho eo akaikin'ny tsipika fotsy satria ny tahan'ny fifindra-monina notsoahan'ny G-PhoCS.Ny hateviny sy ny fitarihan'ny zana-tsipìka dia mifanaraka amin'ny tahan'ny sy ny fizotry ny fototarazo.b Fiovaovan'ny isan'ny mponina mahomby araka ny PSMC.Ny axe x dia maneho ny fotoana amin'ny taona mialoha ny ankehitriny raha ny y axis kosa maneho ny haben'ny mponina mahomby.Ny tabilao dia voalamina indrindra araka ny fizarazarana ara-jeografika ho an'ny karazam-biby tsirairay izay misy faritra fizarana samihafa.c Ny fiovan'ny haavon'ny ranomasina nandritra ny 1 tapitrisa taona lasa teo amin'ny metatra33.Ny tsipika mavo dia manondro ny tampon'ny interglacial farany eran-tany raha ny aloky ny cyan kosa dia manondro ny vanim-potoana farany ambony indrindra amin'ny glacial.
Fig. 4 Ny fivoaran'ny hazondamosina.
nyAnkavia, hazo karazana mampiseho ny fivoaran'ny hazondamosina tsy miankina amin'ny soavalin-dranomasina.Ny halavan'ny sampana dia manondro ny isan'ny fanoloana isaky ny toerana.Karazan-tsoavaly misy tsilo efatra no asongadina amin'ny manga.Ny sampana matevina dia mifanandrify amin'ny tahan'ny fanoloana tsy mitonona anarana-to-synonyme (dN/dS) ho an'ny fototarazo bmp3.Ny fitsapana McDonald sy Kreitman kanonika sy ankapobeny (MKT) ho an'ny fototarazo bmp3 dia natao ho an'ny karazana anabavy telo miaraka amin'ny endri-javatra miavaka sy tsy misy spiny nasongadina tamin'ny loko ambadika, izay ny haavony dia aseho amin'ny sanda p miaraka amin'ny endritsoratra manga sy mena.Raha ny marina, ny fampitahana ny fanoloana asidra amine amin'ny proteinina bmp3, ny fanoloana polymorphic ary ny fanoloana raikitra amin'ny soavalin-dranomasina spiny dia aseho amin'ny faribolana mena sy manga.b Fizarana ny sandan'ny dN/dS amin'ny bmp3 amin'ny soavalin-dranomasina mitsilopilopy raha oharina amin'ny karazana tsy misy spiny.c Evolisiona mahaleo tena ao amin'ny hazo filogenetika natsangana ho an'ny proteinina voahodidin'ny bmp3.d Ny hybridization an'ny bmp3 manontolo ao amin'ny Hippocampus erectus.
Reference
Li C et al.Ny filaharan'ny génome dia manambara ny lalan'ny fanaparitahana eran-tany ary manolotra fampifanarahana fototarazo mifanandrify amin'ny fivoaran'ny soavaly.Nat Commun.17 Feb 2021; 12(1):1094.
Vaovao sy zava-nisongadina mikendry ny hizara ireo tranga mahomby farany amin'ny Biomarker Technologies, maka ireo zava-bita ara-tsiansa vaovao ary koa ireo teknika malaza ampiharina mandritra ny fandalinana.
Fotoana fandefasana: Jan-06-2022