MOLADH GENOME
nàdur
CONALTRADH
Bidh sreathan genome a’ nochdadh slighean sgaoilidh cruinne agus a’ moladh atharrachaidhean ginteil co-thaobhach ann an mean-fhàs seahorse
PacBio |Illumina |Hi-C |WGS |Iomadachd Ginteil |Eachdraidh deamografach |Sruth gine
Chaidh seirbheisean sreath Pacbio, co-chruinneachadh genome de novo agus notaichean a thoirt seachad le Biomarker Technologies.
Prìomh thachartasan
1.Chaidh genome seahorse ìre cromosome àrd-inbhe (Hippocampus erectus) le contig N50 de 15.5 Mb fhaighinn.
2. Chaidh 358 genomes gu h-iomlan bho 21 gnè each-mara air feadh an t-saoghail a leantainn.
3. Thàinig seahorses air adhart aig deireadh an Oligocene agus tha slighean coloinidh circum-global às deidh sin air an comharrachadh agus air an ceangal ri daineamaigs caochlaideach ann an sruthan cuain agus fosglaidhean slighe-mara paleotemporal
4. Tha bunait ginteil an phenotype atharrachail “bony spines” a tha a’ nochdadh a-rithist ceangailte ri luchd-ionaid neo-eisimeileach ann am prìomh ghine leasachaidh.
5.Tha rafting tro shruth a’ chuain a’ dèanamh dìoladh airson droch sgapadh agus atharrachadh luath a’ comasachadh tuineachadh àrainnean ùra
Euchdan
Fig. 1 Iomadachd ginteil agus dàimhean phylogenetic de 358 sampallan seahorse
aÀiteachan samplachaidh cruinn-eòlasach airson eich-mara air an samplachadh le pàtrain iomadachd nucleotide (π) de na gnèithean each-mara 21 thairis air 22 cromosoma.b Crann faisg air làimh air a thogail le SNPan genome air feadh de 358 each-mara.Tha samhlaidhean prìne suidheachaidh ann an (a) agus cùl-raon meur ann an (b) a’ freagairt ri chèile.
Fig. 2 Tuineachadh agus eachdraidh deamografach each-mara
aTha craobh phylogenetic agus ùine eadar-dhealachaidh a’ dèanamh tuairmse air 21 gnè each-mara.Tha tiugh na loidhne meòir a’ freagairt ris na tuairmsean meud sluaigh (Ne) agus tha dathan a’ nochdadh sreathan eadar-dhealaichte.Tha samhlaidhean I–III a’ comharrachadh puingean calibration.b–d Slighean tuineachaidh ro-mheasta (saigheadan dathte) de dh’ eich-mhara stèidhichte air ùine eadar-dhealachaidh, cuairteachadh, tachartasan borb, agus sruthan cuain (saighdean geal).b Bha na h-eileanan Indo-Astràilianach na mheadhan air tùs (comharradh dearg) den genus Hippocampus mus do dh’ atharraich eich mara agus gun do sgaoil iad air feadh na cruinne 18–23 Ma.c Rinn Seahorses tuineachadh air a’ Chuan Atlantaig an toiseach tro shlighe-mara fosglaidh Tethyan, a dhealaich, às deidh dha dùnadh (Tachartas Terminal rè 7–13 Ma), an loidhne Tethyan seo bhon t-sreath piuthar aca sa Chuan Innseanach.Chaidh an tè mu dheireadh, às deidh sin iomadachadh gu luath (comharra buidhe) anns a’ Mhuir Arabach, a’ stèidheachadh dàrna ionad airson iomadachadh each-mara.d Thachair dàrna tachartas tuineachaidh each-mara den Chuan Siar bhon Chuan Innseanach mu 5Ma le bhith a’ dol seachad air bàrr Afraga a-Deas, agus mu dheireadh a’ ruighinn a’ Chuan Sèimh an Ear tro shlighe-mara Panama a tha fhathast fosgailte timcheall air 3.6 Ma.
Fig. 3 Sruth gine agus caochlaidhean ann am meud an t-sluaigh èifeachdach
aSruth gine air a lorg eadar gnèithean a tha a’ fuireach anns a’ Chuan Siar a Deas.Tha sruthadh gine air a shealltainn faisg air na loidhnichean geala mar ìre imrich air a thoirt air falbh le G-PhoCS.Bidh tiugh agus stiùireadh nan saighdean a rèir ìrean agus stiùireadh sruthadh gine, fa leth.b Caochlaidhean ann am meud sluaigh èifeachdach a rèir PSMC.Tha an x-axis a’ riochdachadh ùine ann am bliadhnaichean ron latha an-diugh fhad ‘s a tha an axis y a’ riochdachadh meud an t-sluaigh èifeachdach.Tha na clàran air an eagrachadh sa mhòr-chuid a rèir cuairteachadh cruinn-eòlasach gach gnè le diofar raointean sgaoilidh.c Atharrachadh ann an ìre na mara thar nan 1 millean bliadhna a dh’ fhalbh ann an meatairean33.Tha an loidhne bhuidhe a’ comharrachadh an stùc eadar-eigh-shruthach mu dheireadh air feadh na cruinne agus tha an dubhar cyan a’ comharrachadh an ùine eigheachail as àirde.
Fig. 4 A' mean-fhàs de spìcean.
aAir an taobh chlì, craobh gnè a’ taisbeanadh mean-fhàs neo-eisimeileach spìcean ann an eich-mara.Tha fad a’ mheur a’ comharrachadh an àireamh de luchd-ionaid gach làrach.Tha ceithir gnèithean seahorse spìosrach air an comharrachadh ann an gorm.Tha meuran nas tiugha a’ freagairt ri ìrean nas àirde de luchd-ionaid neo-chiallach (dN/dS) airson gine bmp3.Chaidh deuchainn Canonical agus coitcheann McDonald agus Kreitman (MKT) airson gine bmp3 a dhèanamh airson trì gnèithean piuthar le feartan spìosrach agus neo-spiny eadar-dhealaichte air an comharrachadh le dathan cùl-raoin, aig an robh ìrean cudromachd air an comharrachadh le luach p le cruth-clò gorm is dearg, fa leth.Gu ceart, tha coimeas eadar ionadan aminoideach ann am pròtain bmp3, ionadan polymorphic agus stèidhichte ann an eich-mara spìosrach air an comharrachadh le cearcallan dearga is gorm, fa leth.b Sgaoileadh luachan dN/dS ann am bmp3 ann an eich-mara spìosrach an taca ri gnèithean neo-shnìomhanach.c Mean-fhàs neo-eisimeileach anns a’ chraobh phylogenetic air ath-chruthachadh airson a’ phròtain a chaidh a chòdachadh le bmp3.d Tar-chronachadh làn-chòmhnard in situ de bmp3 ann an Hippocampus erectus.
Iomradh
Li C et al.Bidh sreathan genome a’ nochdadh slighean sgaoilidh cruinne agus a’ moladh atharrachaidhean ginteil co-thaobhach ann an mean-fhàs seahorse.Nat Comunn.2021 17 Gearran; 12(1): 1094.
Naidheachdan agus Prìomh thachartasan ag amas air na cùisean soirbheachail as ùire a cho-roinn le Biomarker Technologies, a’ glacadh euchdan saidheansail ùr-nodha a bharrachd air dòighean follaiseach a chaidh a chuir an sàs tron sgrùdadh.
Ùine puist: Faoilleach-06-2022